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Un flashback ci mostra le origini della Kiheitai, e come il gruppo in realtà si sia formato per salvare Matako, arrestata ingiustamente per aver parlato con Shinsuke e Bansai.

Proprio quando la situazione sembra disperata, i pirati Harusame arrivano ad aiutare le forze terrestri: sia con la loro flotta nello spazio che con la settima divisione Yato sulla Terra.

Sadaharu, incaricato da Kagura di proteggere Nobume e Soyo, si lancia invece in una misteriosa missione. Nel frattempo, sull'Uccello Celeste, i Tre Astri della Sventura e la Kiheitai cercano di sabotare il cannone che rischia di distruggere la Terra.

Ensho ripensa al suo passato, rivelando di avere causato la morte del fratello maggiore per poterne sposare la moglie. Takasugi riesce a distruggere il centro di controllo del cannone dell'Uccello Celeste, ma l'atto sembra lasciarlo mortalmente ferito.

Termina lo scontro tra Ensho e Takasugi, ma Nobunobu che desidera la fine della guerra è ferito mortalmente.

Umibozu è arrivato portando armi realizzate con i cristalli di Altana che sono in grado di nullificare l'immortalità dei nemici. Nel frattempo, nello spazio Hata e Madao cercano di fermare l'Uccello Celeste che sta precipitando sulla Terra.

Nella battaglia per fermare Utsuro, anche Sadaharu cade sotto la sua lama, ma riesce a sopravvivere e a mantenere l'eruzione dell'Altana sotto controllo.

Spinti dai ricordi dei momenti passati con Sadaharu, i Tuttofare si lanciano nuovamente in battaglia contro Utsuro. Tutto sembra perduto finché la popolazione di Edo non accorre, incanalando la propria energia vitale attraverso Ane e Mone per convertirla in forza spirituale da inviare a Sadaharu.

Sono passati due anni dalla battaglia contro Utsuro. Shinpachi è rimasto l'unico Tuttofare mentre Gintoki e Kagura sono partiti per cercare di far svegliare Sadaharu.

Katsura è stato eletto come primo Primo Ministro del nuovo governo del Giappone, ma Matsudaira, seppur fautore della sua elezione, complotta per assassinarlo, coinvolgendo anche Shinpachi che si troverà a ricevere una bambina di nome Kanna, che afferma di essere la figlia di Kagura.

Gintoki è alla ricerca di Shinsuke Takasugi, e nel mentre si imbatte nei membri della Kiheitai; anche loro stanno cercando il loro capo. I tre riusciranno a trovarlo mentre Gintoki viene attaccato da un gruppo misterioso.

Gintoki rivela a Takasugi cos'ha fatto nei due anni passati: ha viaggiato alla ricerca di ogni singolo foro di drago per cercare tracce di Utsuro, dal momento che aveva sentito le sue ultime minacciose parole prima della fine dello scontro.

Gintoki e Takasugi tornano a Edo due anni dopo la battaglia finale alla ricerca del maestro risorto come bambino. La città è stata ricostruita, ma Gintoki si vergogna di incontrare le sue vecchie conoscenze e fa di tutto per evitarlo, fingendosi un manichino da esposizione.

Gintoki, travestito da Takasugi, è stato catturato da Tsukuyo e dalle altre ragazze che vogliono sapere cosa sta facendo adesso il tuttofare, mentre Hijikata continua a osservare la situazione dalla distanza.