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A Malta, Alex cerca risposte sul passato di suo padre e si avvicina a Scorpia, mentre l'organizzazione prepara un nuovo e micidiale piano sotto una nuova leadership.

Il governo britannico riceve una minaccia da Scorpia. Alex segue uno scienziato fino a un laboratorio segreto allestito su una nave dismessa a Malta.

Alex viene catturato e Tom, Kyra e Jack tentano di salvarlo. Scorpia dimostra la potenza della nuova arma, mentre Julia Rothman rivela ad Alex verità scomode su suo padre.

Separato dagli amici e costretto a lavorare con il nemico, Alex affronta il brutale addestramento di Scorpia insieme a giovani aspiranti assassini.

Per dimostrare la propria fedeltà, Alex riceve una missione da Scorpia. Tom e Kyra lo seguono, mentre il Dipartimento cerca di comprendere il funzionamento della nuova arma.

Alex torna a casa con una missione di vendetta. Jack, Tom e Kyra cercano alleati improbabili per fermarlo prima che il legame con Scorpia diventi irreversibile.

Catturato e interrogato dal Dipartimento, Alex deve affidarsi agli amici perché gli ricordino chi è davvero, mentre continuano a emergere segreti sul suo passato.

Scorpia avvia la fase finale del piano mettendo in pericolo un'intera città. Alex torna sotto copertura per fermare Julia Rothman prima che la Spada Invisibile venga attivata.