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Su Anaxes, Anakin Skywalker e Mace Windu guidano un attacco per difendere il principale cantiere navale della Repubblica dall'ammiraglio separatista Trench. A loro si unisce un gruppo di cloni mutanti di eccezionale talento: la Clone Force 99, nota anche come "Bad Batch".

Anakin Skywalker, Rex, e la Bad Batch fanno una scioccante scoperta su Skako Minor.

Il Jedi Anakin Skywalker e i cloni fuggono dalla trappola di Wat Tambor e aiutano a difendere un villaggio di nativi dall'attacco dell'Ammiraglio Separatista Trench.

Mentre i Jedi Mace Windu e Obi-Wan Kenobi guidano un attacco contro le forze Separatiste su Anaxes, la Bad Batch e Anakin Skywalker si infiltrano su una nave nemica per assicurare la vittoria alla Repubblica.

Dopo aver lasciato l'Ordine dei Jedi, Ahsoka Tano finisce nei bassifondi di Coruscant dove fa amicizia con l'aspirante pilota Trace Martez. Assunta dalla sorella di Trace, Rafa, per aiutarla a costruire dei pericolosi droidi, Ahsoka decide di mantenere segreto il suo passato Jedi.

Ahsoka, Trace, e Rafa vengono incaricati di consegnare della merce preziosa, ma presto le cose si complicheranno

Fatte prigioniere dai Pykes, Ahsoka e le sorelle Martez tentano la fuga.

Ahsoka trova un accordo per far liberare le sorelle Martez e fa una sconvolgente scoperta.

Anakin e Obi-Wan devono decidere se aiutare Ahsoka a dar la caccia a Maul o soccorrere Palpatine.

Ahsoka e le forze della Repubblica si confrontano con Maul su Mandalore.

Dopo il successo nella cattura di Maul su Mandalore, Ahsoka si prepara a consegnarlo al Consiglio dei Jedi su Coruscant. Quando l'Ordine 66 viene dato, il suo mondo viene totalmente sconvolto.

Ahsoka e Rex must usano astuzia e abilità per soppravvivere alla turbolenta fine della Guerra dei Cloni.