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雷克斯、科迪和新登场的99号克隆人部队去执行一个看似不可能完成的任务，但一个令人难以置信的真相等待着他们。

雷克斯发现MIA士兵回声可能还活着，任务变得更加重要。与残次品小队、阿纳金·天行者一起，展开了一次危险的秘密营救。

随着回声的回归，雷克斯、阿纳金和99号克隆人部队期待以战斗的方式脱离分离主义基地。

共和国计划对特伦奇上将进行一次大胆的最后打击，再次将雷克斯、阿纳金·天行者和99号克隆人部队聚集在一起。

离开绝地武士团后，阿索卡·塔诺发现自己来到了科洛桑的地下世界，在那里她遇到了有抱负的飞行员特蕾斯·马特斯。阿索卡被特雷斯的妹妹拉法·马特斯招募来帮助制造机器人。

阿索卡·塔诺，特蕾斯·马特斯和拉法·马特斯被雇来寻找一些香料，但事情很快变得复杂。

落入走私者派克的陷阱中，马特斯姐妹和阿索卡展开反击。

阿索卡为了姐妹俩的自由而讨价还价，并有了惊人的发现，博-卡坦·克里兹找到阿索拉，请求合作。

博-卡坦·克里兹说出了摩尔的下落，阿索卡联系了阿纳金和欧比旺，他们必须在追击摩尔和保卫科洛桑之间做出选择。

阿索卡带领克隆人军队在曼达洛与摩尔的军队对抗。曼达洛围攻战打响，摩尔预感到即将到来的危险，他拉拢阿索卡加入，以确保自己的生存。

阿索卡在曼达洛取得胜利后，由于66号指令的发布，她前往绝地委员会的旅程中断，她的世界被颠覆了，曾经最亲密的战友将枪口对准了她。

在取出控制芯片的雷克斯帮助下，阿索卡逃脱了66号指令的清洗，她和雷克斯埋葬了阵亡的克隆人士兵，开始了各自的逃亡生涯。历时三年的克隆人战争结束，旧共和国灭亡，银河帝国崛起。多年后，已经成为黑武士的阿纳金（达斯·维德）找到了阿索卡丢弃的光剑，他仰望天空思绪万千，一个时代就此落下帷幕。