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Chuck s'infiltra sotto copertura in un'azienda cosmetica che basa la sua linea di prodotti sul miele. Una delle modelle della compagnia è morta dopo essere stata punta dalle api e Chuck scopre che c'è dell'attrito tra la fondatrice della casa, Betty Bee e il nuovo proprietario, Woolsey Nicholls. Nel frattempo Ned non riesce ad abituarsi al fatto che Chuck vuole lasciare il suo appartamento ed essere più indipendente, mentre Lily porta Olive in un convento.

Emerson viene ingaggiato da Georgeann Heaps per ritrovare sua figlia che è scomparsa. Le indagini portano a un Circo, dove le persone muoiono misteriosamente. Nel frattempo Lily, presa dai sensi di colpa, va a trovare Olive la quale sta considerando l'idea di rimanere in convento ancora per un po'.

Olive si trova bene al Convento, almeno fino a che una delle Sorelle con cui ha stretto amicizia muore, apparentemente per suicidio. Olive non è convinta dei fatti e chiede a Emerson di indagare. Nel frattempo Chuck decide di esplorare il suo albero genealogico con l'aiuto di Cyrus Pennebaker, suscitando le gelosie di Ned. Chuck e Ned danno una mano a Emerson e s'infiltrano nel convento usando un travestimento.

La gang sta indagando sull'omicidio che coinvolge una famosa agenzia di accompagnatrici : i sospetti cadono su Randy Mann. Nel frattempo Emerson riceve una visita a sorpresa da sua madre, una nota investigatrice privata di nome Calista Cod.

Ned riceve una visita sorprendente da un uomo che afferma di essere un vecchio amico e socio di suo padre. Dwith Dixon si rivolge a Ned per chiedergli notizie utili per rintracciare il vecchio amico. Nel frattempo Emerson indaga su un omicidio avvenuto in un ristorante cinese e s'imbatte in Simone, una vedova poligama addestratrice di cani che desta la sua attenzione.

Ned accetta, a malincuore, di aiutare il Grande Herrmann, un famigerato illusionista; qualcuno sta uccidendo i suoi animali-assistenti uno dopo l'altro. Il Mago è quasi di famiglia, essendo stato un surrogato della figura paterna per i fratellastri di Ned, Maurie e Ralston, quando il genitore li ha abbandonati. Nel frattempo Lily comincia a sospettare di Dwight Dixon che si sta insinuando nella vita delle Zie...

Un avvocato del defunto Gustav Hoffer sospetta che la morte del suo cliente non è stata una conseguenza della rapina andata male, come si pensa, ma che si tratti di omicidio. Assume così Emerson Cod e Ned per scoprire chi sia l'assassino del suo cliente.

Ned riporta in vita il colonnello Likken, che è stato misteriosamente bruciato a morte. La sua misteriosa ricetta originale è sparita e Likken chiede a Ned, Emerson e Chuck di scoprire chi l'ha rubata.

Il custode del faro della contea di Papen, Nora McQuoddy, viene trovata morta e suo figlio assume Emerson per trovare l'assassino. Nel frattempo, Charles fa una visita.

Ned, Chuck ed Emerson trovano finalmente dei degni rivali quando tre investigatori norvegesi iniziano ad intralciare le loro indagini.

La squadra si occupa del caso della morte di Erin Embry una famosa vetrinista che potrebbe essere stata uccisa dal suo socio. Tuttavia Ned non è in grado di aiutare gli amici perchè scopre che i suoi poteri stanno facendo le bizze. Nel frattempo Lily e Vivian ricevono visite.

Una vecchia fiamma di Emerson lo ingaggia per provare la sua innocenza nel caso dell'omicidio del proprietario della Papen County Dam, che Emerson disprezza. Nel frattempo Olive comincia a interessarsi a Randy Mann, impagliatore ed ex cliente della My Best Friend Inc.

Nel finale di stagione la "metà" di un duo rivale delle Darling Mermaid Darlings viene assassinata.