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Michael organizza una festa a sorpresa per il decimo anniversario di Melanie e Lindsey, durante la quale viene alla luce il fatto che le due donne si sono appena separate. Justin allunga la sua permanenza a Hollywood e questa decisione potrebbe influire negativamente sul suo rapporto con Brian. Quest'ultimo, su suggerimento di Ted, decide di investire i proventi della Kinnetik in una nuova impresa. Carl accetta di ritornare a casa di Debbie.

Micheal e Ben visitano la loro nuova casa. La riapertura del Babylon, ora di proprietà di Brian, si rivela un disastro. Dopo la sospensione della produzione del film, Justin fa ritorno dalla California. Micheal si rivolge ad un avvocato per ottenere la custodia congiunta della figlia Jenny. Ted apporta un cambiamento epocale al suo aspetto esteriore. Emmett riceve una nuova proposta di lavoro.

Justin scopre che Debbie ha intenzione di smettere di lavorare per trascorrere più tempo con Horvath. Ted propone a Brian di vendere il Babylon. Emmett debutta in televisione, ma non riscuote molto successo. La battaglia legale per la custodia di Jenny si trasforma in una guerra. Michael abbraccia la sua nuova vita con Ben e la sua famiglia, modificando così il suo rapporto di lunga data con Brian.

Il tribunale divide in 3 parti la custodia di Jenny. Ted decide di sottoporsi ad una serie di interventi di chirurgia estetica. Debbie scopre che Loretta si è adattata perfettamente a quello che era il suo ruolo. Poi aiuta la donna ad affrontare l'ira del marito. Brian continua a considerare il matrimonio come la tomba di ogni relazione ed esprime il suo pensiero nel corso di una cena con degli ospiti a casa di Michael e Ben. Hunter ha un incidente di nuoto, così la verità sulle sue condizioni di salute viene a galla.

Brian deve comunicare a tutti i suoi precedenti partner di aver contratto la sifilide. Debbie prova a chiarire la sua posizione con Loretta. Hunter incontra molte difficoltà a scuola, così Michael e Ben sono costretti a partecipare ad una riunione insieme con gli altri genitori. Ted non si fa più vedere in giro a causa degli ematomi sul viso successivi agli interventi di chirurgia estetica.

Il successo riscosso finora da Brian al Babylon minaccia di essere oscurato dall'arrivo di Brendon. Ted non si lascia scappare l'opportunità di vendicarsi di un suo precedente partner sessuale. Brian e Justin partecipano ad una festa a casa di Michael e Ben. Emmett sta avendo sempre più successo in televisione. Hunter prende la decisione di andarsene di casa.

La decisione di Justin di lasciare il loft di Brian crea dell'attrito fra quest'ultimo e Michael. Ted si sforza di portare a termine il suo piano di vendetta nei confronti di Troy. Gus e Lindsey si trasferiscono a casa dei genitori di quest'ultima. Ben non riesce a darsi pace dopo la partenza di Hunter. I ragazzi e Debbie partecipano ad un comitato che si batte contro la nuova legge anti-gay denominata Proposizione 14. Brian scommette con il suo rivale.

Justin decide di partecipare ad una manifestazione contro il Governo, ma viene arrestato davanti al negozio di suo padre. Melanie e Lindsey provano a fare le separate in casa, con scarso successo. Emmett si imbatte di nuovo in Drew, il quale sta subendo un ricatto. Brian vince la sua scommessa con Brendon. Una nuova spasimante è appena entrata nella vita di Melanie.

Brian e Michael continuano a non rivolgersi la parola, così Debbie prova a mettere pace fra i due amici. Ted cerca il compagno giusto all'interno della comunità ebraica. Il negozio di Michael subisce un atto vandalico. Justin scopre che sua madre sta frequentando un insegnante di scienze molto più giovane di lei. Drew bacia Emmett in diretta televisiva, con nefaste conseguenze per la sua carriera sportiva.

Il comitato che si batte contro la Proposizione 14 perde il supporto dell'albergo nel quale si sarebbe dovuta tenere la raccolta fondi. Michael è perciò costretto a chiedere l'aiuto di Brian per spostare l'evento al Babylon. Nel bel mezzo della festa, una bomba provoca una tremenda esplosione. Michael rimane gravemente ferito. Brian annulla il suo viaggio in Australia e si precipita al locale dove finalmente ammette il suo amore per Justin. Mel e Lindsey discutono sul futuro del loro matrimonio. Emmett non riesce a riprendersi dallo shock.

Dopo il tragico incidente al Babylon, Brian ripensa alle sue priorità nella vita e negli affari. Superato il difficile intervento chirurgico, Michael continua la dolorosa strada della ripresa con Ben e Debbie al suo fianco. Hunter si presenta in ospedale. Appena tornate insieme, Melanie e Lindsey guardano al futuro con pessimismo. Una veglia per le vittime dell'esplosione finisce nel caos. Brian chiede a Justin di sposarlo.

Brian e Justin annunciano a tutti il loro imminente matrimonio. Ted potrebbe aver finalmente trovato l'uomo giusto. Melanie e Lindsey comunicano la loro intenzione di trasferirsi in Canada. Emmett sorprende Drew con un altro uomo e prende così un'importante decisione sulla sua vita sentimentale. Hunter decide di ritornare a scuola. Lindsey convince Brian ad acconsentire alla partenza di Gus.

Michael riceve la proposta di rappresentare il Comitato per i Diritti Umani nel corso di una conferenza stampa. Alla vigilia del suo compleanno, Ted scopre un lato nascosto della personalità di Tad. Ben e Michael decidono di adottare legalmente Hunter. Brian e Justin annullano il loro matrimonio e quest'ultimo si trasferisce a New York. Melanie e Lindsey partono per il Canada. Il ritmo del Babylon continua ... .