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Un uragano si avvicina velocemente ad una piccola cittadina della Florida, lasciando agli abitanti solo una manciata di attimi per mettersi in salvo. Rose, una delle più giovani abitanti della cittadina colpita dalla catastrofe, nota nell'occhio del ciclone delle piccole luci danzanti, ma suo padre, il ranger Russell, non attribuisce importanza alla cosa. Anche perché presto scoprirà che la sua ex moglie, ora sposata con lo sceriffo Underlay, è misteriosamente scomparsa senza lasciare traccia di sé. Dave, il cognato di Russell, riparando il tetto della propria casa, ritrova un misterioso scheletro, che è convinto appartenere ad un alieno.

Dopo aver scoperto Paxton, un ufficiale dell'Air Force vivo per miracolo a un presidio della Guardia Forestale, Russell comincia ad interrogarsi su cosa sia accaduto all'uomo, quando si rende conto che le sue ferite sono identiche a quelle che Dave ha accusato in conseguenza dell'uragano. Russell scoprirà presto di non essere l'unico interessato alla vicenda di Paxton: sia lo sceriffo Underlay che Larkin cominceranno ad indagare sulle misteriose circostanze intorno al ritrovamento dell'uomo. Nel frattempo, Mariel, che lavora come ricercatrice all'ospedale, esamina dei campioni estratti dalle ferite di Paxton, la curiosità di Russell nei confronti degli strani scheletri aumenta, e Underlay continua a insistere per mettere in quarantena la città.

Larkin nota la presenza di militari in città, e interroga Underlay sul motivo del loro intervento a Homestead, ma lui la esorta a non indagare troppo in profondità. Jesse, il fratello della piccola Rose, ricoverato in ospedale, manifesta una inspiegabile reazione di intolleranza al sangue di sua madre Mariel, ma le cose sembrano essere dovute ad un errore di laboratorio. Nel frattempo, Dave si occupa di investigare su un gioiello scomparso. L'episodio si chiude con una Mariel che, dopo essersi immersa nell'acqua in cui Jesse aveva visto brillare delle luci, riemerge sorridendo con fare diabolico.

E' ormai passata una settimana dall'uragano, e i cittadini cominciano a domandarsi come mai la città si trovi ancora in stato di quarantena, essendo peraltro anche tagliata fuori dal rifornimento di medicinali e attrezzature per la ricostruzione. Larkin viene aggredita da una donna che la accusa di essere "una di loro", ma che interrogata su cosa volesse intendere rifiuta di rispondere, apparentemente dopo aver notato la presenza di Mariel. Presto si scoprirà che la cittadina è sull'orlo di una pandemia di gravissima entità. Russell e lo sceriffo Underlay devono identificare al più presto la causa di questo pericolosissimo virus, in grado di diffondersi a un ritmo spaventoso.

Rose avvista di nuovo le strane luci nell'acqua, ma quando avverte gli altri per verificare, queste sono già scomparse. Larkin si infuria con Russell per non averla avvertita che i ragazzi hanno visto le luci, anche perché si viene a sapere che Dave è stato attaccato proprio da qualcosa di luminoso. Padre Scanlon incontra Mariel e le chiede di incontrare un gruppo di sopravvissuti all'uragano, ma lei è incerta, nonostante Scanlon affermi che è stato proprio suo marito ad avergli chiesto di coinvolgerla. Lo sceriffo Underlay scopre Karl, un caro amico di Russell, mentre rapina un negozio, e la colluttazione finisce con una sparatoria.

Una famiglia di rifugiati cubani tenta disperatamente di raggiungere Miami. Dopo aver visto anch'essi le luci nell'acqua, la loro fuga si interrompe bruscamente. Il mattino dopo, Russell incontra uno dei sopravvissuti cubani. Mariel intanto partecipa alla riunione del gruppo di supporto, dove un uomo afferma di aver iniziato a sentirsi bene solo dopo l'uragano, e di essere felice di non essere più solo. Successivamente è avvicinata da Derek, che le chiede se non senta delle sensazioni particolari riguardo all'acqua dal giorno dell'uragano. Larkin si rende conto di essere spiata e seguita da qualcuno.

Larkin scampa miracolosamente alla morte in un incidente stradale, e teme per la sorte del bambino che porta in grembo. Viene poi soccorsa da un automobilista, che le offre un passaggio, ma lei comincia presto a sospettare delle sue reali intenzioni. Mariel tenta nel frattempo di riconciliarsi con Jesse, che afferma che la madre non sia più la stessa e la accusa di essere assente. Lo sconosciuto che ha aiutato Larkin le rivela di stare lavorando per le forze armate, ai quali deve consegnare dei calamari appena catturati, e successivamente si incontra con lo sceriffo Underlay, evidentemente già d'accordo con lui.

Russell e Dave compiono dei test sui calamari, ma non sembrano appartenere a nessuna specie nota. Lo sceriffo Underlay rintraccia una madre che ha abbandonato il figlio alla stazione della Guardia Forestale, ma la donna nega che il bambino sia suo. Sua suocera è però pronta a giurare che quello sia suo nipote, e che Christina abbia iniziato a comportarsi in maniera strana dal giorno dell'uragano. Christina parla con Mariel e afferma di sapere cosa sia la donna adesso. Mariel comincia a chiedersi come mai il suo rapporto con i figli si stia pian piano sgretolando, e durante una passeggiata nella palude le sembra di vedere il proprio corpo immerso nell'acqua.

Mariel insiste nel dire di aver visto il proprio corpo nell'acqua, e chiede ripetutamente che la baia sia dragata. Lo sceriffo Underlay viene avvertito dal medico legale del ritrovamento di alcuni corpi con segni di punture di ago: la sostanza iniettata non li ha uccisi, ma ne ha accelerato la decomposizione. Russell esegue l'autopsia su un alligatore, trovato morto, e dal suo stomaco viene estratta una mano dotata di artigli, che poi si scopriranno essere avvelenati. Viene fatta luce sul passato di Russell, mentre Mariel, parlando con Dave, gli dice di aver visto se stessa al momento dell'attacco delle luci. Nella palude viene ritrovato il corpo di una donna, ma non è quello di Mariel: Underlay afferma che lei deve essersi confusa, e la donna sembra accettare la spiegazione.

Larkin e i ragazzi vanno fuori città, ma Russell non può seguirli, e dopo poco scopre che Dave è scomparso. E' stato infatti rapito da una coppia che pretende informazioni riguardo gli accadimenti nella palude, dopo aver letto sul blog di Dave del ritrovamento di DNA umano nelle sue acque. Lo sceriffo Underlay e Lewis scoprono l'identità della donna ritrovata nella baia. Russell riesce a scoprire dove Dave è tenuto prigioniero, e i due pretendono ora spiegazioni; la misteriosa coppia li informa che ritrovamenti di corpi nudi dopo gli uragani si erano già verificati in altri luoghi, e che le persone coinvolte non erano più state le stesse. Lewis si reca alla palude per investigare, e notando la presenza di una creatura sott'acqua, si sporge per osservarla meglio, venendo trascinato in profondità.

Lewis riemerge dalle acque della baia e, dopo essersi tagliato le braccia con una motosega e averle viste ricrescere sotto invito di Underlay, accetta l'invito dello stesso Tom di stare a casa sua per qualche tempo. Russell incontra Mariel e le mostra le sconvolgenti scoperte fatte con Dave e i suoi rapitori: alcuni dei resti ritrovati sono quelli di suo marito, e quello che lei crede essere il suo compagno il realtà è ben altro, ma Mariel rifiuta nettamente l'idea.

Dopo aver fatto visita a Mariel, Russell scopre che Tom ha portato i bambini in vacanza senza chiederne l'autorizzazione a nessuno. Qualcuno si nasconde all'esterno della casa di Mariel, ma viene scoperto dallo stesso Russell. Larkin si chiede quali siano le reali intenzioni di Russell nei confronti di Mariel. Successivamente la stessa Mariel pretende di sapere dal marito quello di cui è a conoscenza, e lui promette che glielo mostrerà. Kira, la figlia di Underlay, e Lewis hanno una discussione a proposito del proprio rapporto con la fede, al termine della quale l'uomo lascia la casa, affermando di dover fermare in qualche modo Tom. Jesse incontra all'hotel una seducente ragazza, che si scoprirà essere una ricercata.

Tom e Mariel hanno un diverbio, in cui lei gli chiede ripetutamente di svelarle i suoi segreti, ma lui è distratto da un rumore proveniente dall'esterno. Uscito a verificare, riceve un colpo di pistola ed è subito trasportato in ospedale in gravi condizioni. Durante un lungo flashback, lo sceriffo apprende che la propria moglie è morta, mentre Mariel, allora il dottore che lo aveva in cura, gli chiede ripetutamente come abbia potuto salvarsi. Risvegliatosi, trova la moglie al proprio fianco e le chiede di procurarle un oggetto che aveva finora tenuto segreto. Russell e Larkin apprendono da uno dei rapitori di Dave la verità rispetto agli ibridi: probabilmente grazie a Tom stavolta le cose sembrano andare meglio rispetto agli altri incidenti. Healy rivela inoltre che la propria moglie è stata uccisa da un certo Zura, un ibrido al soldo della CIA che ha intenzione di uccidere tutti quelli che potrebbero essere una minaccia per lui.

Tom, una volta dimesso dall'ospedale, si dedica alla ricerca di Lewis: lo scopre nella palude, dove questi gli punta una pistola alla tempia. Interviene però Kira, che scagiona Lewis anche dall'accusa di aver sparato a suo padre, e successivamente Tom si reca da Russell, pretendendo di sapere dove abbia reperito le sue informazioni. Questi si rifiuta, ma gli consiglia di salvaguardare la propria sopravvivenza e di guardarsi da Zura. Larkin e Dave sorprendono una strana creatura nel loro garage, e questa lascia cadere una loro foto d'infanzia, prima che anche Russell la veda e ordini a Dave di sparargli.

Russell si sente in colpa perché sta nascondendo la verità ai propri figli, mentre Kira si infuria con il padre, reo di allontanarla da Lewis. La ragazza afferma di voler cambiare anche lei come tutti gli altri, e si reca alla palude, dove incontra Christina e Derek, che stanno parlando della possibilità di lasciare il campo di lavoro in cui vivono. I due la portano con loro nella casa dell'ex datore di lavoro di Christina, a cui dopo poco lei stessa sparerà. Tom e Lewis, alla ricerca di Kira, parlano del campo degli ibridi malfunzionanti e della presenza lì di Christina, che nel frattempo ha portato Kira alla spiaggia. Lì Tom e Lewis trovano i tre, con Kira incosciente e coperta di punture. Mariel effettua delle analisi e, dopo aver scoperto avere delle strane escrescenze nell'addome, ipotizza che possano essere ovaie gigantesche.

Mona arriva alla stazione dei ranger e trova dei vetri rotti. Dentro l’edificio, Derek e Christina stanno rubando del materiale, ma si nascondono per non farsi vedere dalla ranger. Appena può Christina esce dal nascondiglio e mette k.o. Mona con un colpo alla testa con un estintore. All’ospedale, Tom e Mariel vegliano su Kira. Si è scoperto che la ragazza soffre di una malformazione cardiaca congenita: per questo non è stata mutata in ibrido, le creature acquatiche rigettano tutti gli individui che non sono sani. Kira purtroppo ha perso molto sangue durante l’attacco nell’acqua, ma sembra che riuscirà a rimettersi completamente. Nel frattempo,Russ fa visita a Healy e gli dice cosa hanno scoperto in Mariel. Russ specula che forse la progenie possa essere davvero pericolosa, ma Healy dice a Russ di fare attenzione perché gli ibridi,come Mariel, non sempre dicono la verità,poiché farebbero di tutto per sopravvivere. Durante la conversazione, Healy gli dice che se gli succedesse qualcosa dovrà vedersela con Zura: si fida di lui tanto da rivelargli il suo vero nome, Alonzo. Mona, dopo aver ripreso conoscenza, chiama Russ e lo mette al corrente di quanto successo. Ha riconosciuto Christina, l’aveva vista dopo che la giovane aveva abbandonato il suo bambino ed era stata arrestata. Larkin accompagna i ragazzi a trovare Mariel e Kira in ospedale: sembra che il medico voglia rivelare loro la verità sul suo cambiamento. Dave chiede alla sorella se Mariel è veramente pronta a rivelare ai figli che lei e Tom sono alieni, ma non si accorge che i ragazzi l’hanno sentito. Russ si incontra con Tom: Derek e Christina sono nella palude, perciò si discute su chi debba guidare la spedizione di ricerca per trovarli, e se sia necessario portare altre persone con loro. Alla fine i due decidono di andare insieme nella foresta per cercare i fuggitivi. Christina e Derek navigano su di un torrente in una barca rubata alla stazione dei ranger, e si stanno dirigendo

Jesse non si trova a proprio agio a scuola, per colpa della sua condizione di non ibrido, e fa amicizia con Brett, che condivide la stessa situazione. Christina avvicina Mariel e la obbliga ad esaminarla con gli ultrasuoni, che rivelano la presenza di cose non umane nel suo corpo. Zura cerca di ritrovare Christina con l'aiuto di Derek, ma questa è già sotto la custodia di Tom. Grazie all'aiuto di Healy, Russell e Dave scoprono dove Zura si nasconda: si tratta di un'isola nelle

Russell e Dave arrivano sull'isola, dove trovano Padre Scanlon, mandato lì dopo aver sparato a Tom, che interrompe le loro congetture su come gli ibridi potrebbero non essere alieni, ma un semplice sviluppo evolutivo. I tre si introducono poi nella tenda di Zura, e telefonano alla guardia costiera chiedendo rinforzi, ma tra di essi c'è proprio Zura, che però finge un'altra identità. Larkin incontra un uomo ferito, che poi le rivelerà appartenere all'Air Force, ma dopo averlo portato a casa sua per medicarlo si rende conto che le sue ferite sono già guarite. Tom, avvertito della cosa, scopre che il militare era su un aereo investito dall'uragano. Larkin scopre Jesse ubriaco nel cortile di casa che si lamenta della propria "famiglia di ibridi".

Tom e Russell hanno un violento diverbio quando Russell afferma che Zura sia un assassino e abbia ucciso Derek e Christina. Russell viene sospeso dal servizio sotto consiglio della sua collega, che vuole proteggerlo convinta che il suo intervento non potrebbe cambiare le cose. Tom e Lewis si recano all'isola di Zura, che però trovano deserta, e nel frattempo Jesse e Brett ordiscono un piano per liberarsi degli ibridi. Dei loro conoscenti sono infatti riusciti a catturare Lewis, ma Jesse si ribella alla cosa quando si rende conto che l'uomo è ferito. Russell decide di portare i ragazzi fuori città, ma viene avvicinato da Tom che gli chiede aiuto per fermare Zura e per trovare il modo di far convivere serenamente ibridi e non ibridi.

Tom riesce a far arrestare Zura, e Russell prova a convincere il consiglio cittadino a far evacuare Homestead, visto che un'altra tempesta si sta avvicinando, ma ottiene un rifiuto. Tom viene poi a sapere che Zura è riuscito ad evadere, mentre Russell decide di lasciare la città e recarsi alla stazione dei ranger con Kira e Jesse per scoprire cosa ancora gli stiano nascondendo. Arrivato lì Frank, un suo collega, gli fa notare la presenza di molte persone sott'acqua, probabilmente gli ibridi di Zura. La popolazione comincia a fuggire dalla città, ma Tom e Russell devono rimanere, insieme a Dave.

Tom e Russell scoprono il cadavere di Frank, evidentemente ucciso dagli ibridi, che nel frattempo si sono travestiti da militari. Mariel e Larkin vengono avvicinate da un gruppo di uomini che si offre di aiutarle, ma presto scoprono che sono ibridi, i quali avvertono Zura di aver prelevato un altro carico. Dave riceve la visita di Lewis e di due strani deputati, che gli chiedono insistentemente dove siano Russell e Tom, ma lui si rifiuta di fornire loro informazioni. Tom e Russell sono convinti che Zura voglia usare la copertura della tempesta per perpetrare un genocidio; il ranger si introduce nel magazzino dove sono tenuti i prigionieri e avverte Mariel che Tom sta cercando rinforzi. Zura ordina poi a Mariel di far partorire tutti gli ibridi, mentre Dave avverte Tom che i deputati vogliono ucciderlo.

Gli ibridi cominciano a gettare nell'acqua gli umani, mentre una pioggia di luci arancioni inizia a scendere dal cielo. Tom irrompe al magazzino con il furgone, ma nella confusione Zura riesce a mescolarsi tra la folla e a fuggire, insieme a Mariel e alle donne incinte. Lewis cerca di far evacuare il maggior numero possibile di persone; nel frattempo Mariel cerca di convincere Zura a portare le donne nell'acqua, appena prima che Tom gli spari. Jesse, nascostosi con Larkin a casa di Tom, lo avverte che qualcuno lo cerca per ucciderlo, proprio un attimo prima che l'amico Brett, che ha preso in ostaggio un gran numero di persone, gli punti una pistola alla tempia. Underlay corre a casa, dove scopre che Larkin è ferita, e decide di portarla in ospedale, dopo aver disarmato Brett e i suoi. La scena si chiude con Russell che, sulla spiaggia, chiede a Tom dove sia Larkin, e questi gli risponde che non ne ha idea.