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Mulder e Scully vengono a sapere che non sono gli unici a cercare disperatamente il loro figlio perduto, William. Il destino del mondo potrebbe dipendere da questo.

Un segreto agghiacciante si rivela quando un vecchio amico raggiunge Mulder e Scully in un modo apparentemente impossibile.

Mulder e Scully indagano su un caso che ha coinvolto diversi decessi in cui le vittime hanno riferito di aver incontrato i loro stessi doppioni. Gli indizi portano a un paio di gemelli fraterni che giocano telepaticamente ad un pericoloso gioco.

Esplorando l'idea di l'effetto mandela, in cui grandi gruppi di persone ricordano una storia alternativa, Mulder e Scully scoprono come gli X-Files stessi possano davvero aver avuto origine.

Quando un paio di ragazze si attaccano a vicenda, ognuno credendo che l'altro sia un mostro, Mulder e Scully scoprono che la loro indagine potrebbe portare al loro figlio scomparso, William.

Skinner sparisce quando il suo passato torna a perseguitarlo. Mentre Mulder e Scully cercano di rintracciarlo, la crescente sfiducia nei suoi confronti raggiunge il suo apice.

Dopo una disastrosa cena ad un ristorante interamente automatizzato, Mulder e Scully iniziano a subire la ribellione di tutte le apparecchiature elettroniche che facilitano la loro vita (cellulari, navigatori, computer, ecc.). Rincorsi e messi alle strette da un esercito di droni e robot sono costretti a rifugiarsi in una fabbrica. Al momento del faccia a faccia con quello che sembra il robot principale, Mulder scopre che tutto ciò è dovuto al fatto che si era rifiutato di lasciare la mancia al ristorante.

Nel Connecticut un bambino muore, inseguendo, nel bosco, una persona travestita da personaggio dei cartoni animati. Sebbene sembri un omicidio da parte di un maniaco, l'autopsia rivela che le cause della morte sembrano dovute all'attacco di un lupo. Indagando Mulder scopre che il bosco fu teatro di una brutale caccia alle streghe nel XVI secolo, e che gli spiriti maligni che ancora aleggiano nella zona, sono stati richiamati da una strega moderna (compreso il Cerbero che si crede abbia ucciso il bambino). I morti cominciano ad aumentare, Mulder e Scully trovano la strega proprio mentre sta spontaneamente bruciando, mettendo fine all'ondata di violenza.

Indagando su un traffico d'organi, Mulder & Scully si imbattono in una setta al cui comando c'è Barbara Beaumont, attrice di 85 anni che però ne dimostra 30. L'attrice si mantiene giovane bevendo sangue e mangiando organi che, gli adepti della sua setta, gli offrono. A questo si aggiunge un parente di una adepta che cerca vendetta per il rapimento della sorella.

L'episodio si apre ripercorrendo la storia di Jackson Van De Kamp aka William, il figlio di Scully, nato da un esperimento portato avanti dall'uomo che fuma: questo, oltre a tutta una serie di super poteri, possiede la capacità di salvare l'umanità dalla pandemia aliena, di cui Scully ha avuto avvisaglie in sogno. Kersh intima a Skinner di radiare Mulder e Scully, a causa di alcune dichiarazioni rilasciate a Tad O'Malley circa l'epidemia. I due, in realtà, sono alla ricerca del figlio: sviato da Monica, Mulder arriva ad una base militare in cui è tenuta una navicella aliena. A capo della base vi è Mr. Y, che viene ucciso da Mulder. Rintracciato nuovamente William, Mulder assiste anche all'esplosione dei corpi di Erika Price e dei suoi uomini da parte di William. Skinner e Scully raggiungono Mulder in una fabbrica dove sta inseguendo William che, per non essere raggiunto, si trasforma in Mulder. Skinner uccide Reyes, ma è investito dall'Uomo che Fuma rimanendo, apparentemente, anche lui ucciso. L'Uomo che Fuma spara a Mulder (che in realtà è William che si è trasformato per trarlo in inganno e salvare così suo padre) che cade in acqua, ma il vero Mulder sopraggiunge e spara a l'Uomo che fuma, uccidendolo. Mulder è disperato per il fatto di aver perso suo figlio; pochi istanti dopo Scully lo mette al corrente di essere nuovamente incinta, questa volta di lui. Nella scena finale si vede William riemergere vivo dalle acque.