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スカリーが発作を起こして倒れ、病院に運ばれた。検査の結果、脳が異常な活動を示していることが判明。意識を取り戻した彼女はモルダーに、リアルな幻覚を見たと話す。

死んだはずのローンガンマンのラングリーから、モルダーの携帯にメッセージが届く。その直後、謎の組織の男たちに襲撃され、モルダーとスカリーは追われる身となる。

自分に瓜二つの人物を見た直後に不可解な死を遂げる事件が多発。捜査に向かった先でモルダーとスカリーは、テレパシーを使ってゲームをするという奇妙な双子の兄妹に会う。

秘密の合図で呼び出され、モルダーは駐車場へ。そこで待っていたレジーと名乗る挙動不審な男は、モルダーが自分を覚えていないのは記憶を書き換えられたからだと告げる。

２人の女子高生が互いに刃物で切りつけ合う事件が発生。しかし彼女たちは互いに相手の姿を見た覚えすらなく、";グーリー";という怪物に襲われたため反撃しただけだという。

スキナーが突然失踪し、モルダーとスカリーは手がかりを追ってある田舎町へ。そこにあったのは、ベトナム戦争で精神を病んだ帰還兵が多数、収容されたという施設だった。

レストランの予約から配車サービスの手配、自宅のセキュリティ、買い物まで、何もかもスマートフォンでタップひとつの現代社会。しかしデジタル機器は次第に暴走を始める。

魔女伝説が残るコネティカット州の小さな町。公園で遊んでいた幼い男の子が、母親が目を離した隙にいなくなり、森で遺体で見つかった。警察は動物に襲われたと断定するが…。

違法な臓器摘出を行っていた医師が殺害され、病院前に臓器が置き去りにされた。容器に書かれていた聖書の文句と凶器から、モルダーはキリスト教信者の関与を疑う。

ウィリアムの居場所を告げる連絡が入り、モルダーが急行。スカリーはスキナーに助けを求めるも、人類滅亡の危機をネットニュースで警告したことで、課の閉鎖を宣告される。