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Abby Mills torna ad Harper's Island per il matrimonio del suo migliore amico, Henry Dunn, con la sua fidanzata Trish Wellington. Abby non tornava a casa da sette anni, da quando la madre ed altre cinque vittime erano state uccise da John Wakefield.

Alla festa nuziale, mentre gli ospiti si divertono, Abby incontra un suo ex prima che un'altra vittima sia rinvenuta.

Abby ha dei dubbi sul presunto suicidio della giovane Kelly, e indaga con l'aiuto di suo padre. Intanto Trish continua ad essere molto confusa dalla presenza sull'isola del suo ex Hunter.

Henry e lo sposo vanno a pescare e scoprono qualcosa di sconvolgente. Intanto Trish e le sue damigelle si intrattengono con un sensitivo.

Dettagli interessanti vengono rivelati durante una passeggiata in bicicletta tra un padre e sua figlia. Le prove del matrimonio di Trish ed Henry si rivelano ricche di avvenimenti.

Con la festa di matrimonio sconvolta dagli eventi mortali scoperti nel corso delle prove, Abby, Herny e J.D. prendono in mano la situazione e cercando di risolvere l'omicidio.

Gli ospiti del matrimonio si preparano per abbandonare l'isola, ma lo sceriffo sospetta che uno di loro sia il killer. Nuove informazioni rivelano un misterioso collegamento tra Abby e Wakefield.

Mentre gli ospiti si preparano a lasciare l'isola, uno di loro sparisce misteriosamente. Abby riceve una telefonata da qualcuno che minaccia di uccidere l'ospite scomparso se qualcuno di loro lascerà l'isola.

I membri del gruppo di rivoltano l'uno contro l'altro. Quando trovano una mappa del sistema di tunnel sotterranei dell'isola, si uniscono per ritrovare Madison.

Mentre il gruppo cerca di raggiungere una barca per lasciare l'isola, una potente esplosione distrugge il porto. Il gruppo è costretto a rifugiarsi in un nascondiglio dove un segreto viene alla luce e lascia tutti senza parole.

Scosso da altre morti e dalla sparizione di un altro amico, il gruppo cerca di reagire ed è più determinato che mai ad identificare il killer dell'isola.

Otto dei sospetti lotta per la sopravvivenza mentre la verità viene rivelata.

Le risposte vengono finalmente rivelate nel finale di stagione.