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La liceale Hitomi si esercita con la squadra di atletica per fare colpo su un ragazzo, quando all'improvviso appaiono un drago e un giovane di nome Van armato di spada.

Hitomi e Van sono trasportati a Gaia, dove la Terra e la luna li osservano dall'alto. Hitomi è invitata all'incoronazione di Van a Fanelia.

Fanelia è distrutta e Hitomi e Van sono trasportati in una terra lontana, ma presto devono separarsi. Il bel cavaliere Allen va in soccorso della ragazza.

Dilandau di Zaibach, l'impero che ha distrutto Fanelia, attacca il forte di Allen. Van vola via sull'Escaflowne nonostante il tentativo del cavaliere di fermarlo.

Catturato da Dilandau e imprigionato nella Fortezza Volante, Van scopre che Folken, suo fratello scomparso da tempo, è un generale dell'esercito di Zaibach.

Allen torna con Van e Hitomi nella sua terra natale, Asturia, e incontra la Principessa Millerna. I piani malvagi di Zaibach minacciano di scuotere la pacifica nazione.

Hitomi viene rapita e Van insegue i colpevoli con l'Escaflowne riuscendo a salvare la ragazza. Dilandau attacca di nuovo con gli Alseides.

Ora che Asturia è con il nemico, Allen abbandona il suo paese. Anche Van parte insieme a Hitomi e attacca una miniera di Zaibach.

Hitomi inizia a sentire uno strano legame con Van dopo aver scoperto che il ragazzo è il salvatore dalle ali bianche presente nelle sue visioni.

Arrivato a Freid, Van avverte il Principe Cid che Zaibach vuole colpire la sua nazione. Un soldato di Zaibach fatto prigioniero viene interrogato per verificare il fatto.

Van e i suoi compagni sono imprigionati a causa dei piani di Zongi. Mentre quest'ultimo interroga Hitomi, la ragazza cade in trance e scopre la verità su di lui.

Il Granduca ritorna e prepara Fried per l'invasione di Zaibach. Hitomi legge i tarocchi al Principe Cid rivelando la connessione tra lui e Allen.

Dopo l'attacco devastante di Zaibach, il Granduca Freid e Van fuggono al Tempio di Fortona dove è conservata la spada che ha il potere di liberare Atlantide.

Van soffre alcune ferite misteriose nella battaglia di Freid e Hitomi capisce il collegamento accorgendosi che corrispondono ai danni subiti dall'Escaflowne.

Van ritorna dal mondo dei morti, ma non è più in grado di impugnare la spada. Due nuovi nemici a bordo di Guymelef d'oro e d'argento arrivano all'attacco.

Il diario del padre di Allen, Leon, guida il gruppo nella Valle dell'Illusione, dove l'uomo ha viaggiato molto tempo prima per ricongiungersi con la nonna di Hitomi.

La Valle dell'Illusione di Atlantide si rivela fedele alle visioni di Hitomi. Incontrando fantasmi del passato, il gruppo scopre il mistero della genesi di Gaia.

Hitomi, Van e Allen si teletrasportano a Zaibach e incontrano l'Imperatore Dornkirk, che rivela i suoi piani per controllare il destino usando un'apposita macchina.

Folken usa la macchina di Modifica del Destino per interrompere la connessione tra Hitomi e Van. Anche la relazione tra Millerna e Dryden ha nuovi sviluppi.

Su richiesta di Millerna, Hitomi le legge i tarocchi riguardo al suo matrimonio prevedendo disgrazie, ma i suoi sentimenti per Allen la spingono a mentire sull'esito.

Hitomi viene rapita dopo essere sfuggita all'attacco durante il matrimonio. A bordo dell'Escaflowne, Van si dirige verso la Fortezza Volante dove lo attende Folken.

Folken convoca Van a Fanelia, stremata dalla battaglia, dove i due si affrontano. I draghi della terra attaccano Van e si svelano le vere intenzioni del fratello.

Dopo la defezione di Folken, Asturia e i paesi vicini formano un'alleanza contro Zaibach, ma un nuovo Guymelef colpisce le forze riunite.

Hitomi è trasportata indietro nel tempo al giorno prima che arrivi a Gaia dalla Terra. Il suo destino dipende dal fatto che riviva o meno la sua confessione ad Amano.

Nell'aspra battaglia tra Zaibach e le forze alleate, Folken si teletrasporta da Dornkirk, ma quando la sua spada colpisce l'Imperatore accade qualcosa di inaspettato.

Il desiderio di Dornkirk si avvera con l'attivazione del luogo della Fortuna Assoluta, che però provoca ancora più caos. Solo Van può porre fine ai combattimenti.