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Grazie al lavoro del Gruppo Scientifico Ninja, Galactor fu distrutto e ci fu un breve periodo di pace nel mondo. Tuttavia, la Famiglia Egobosler, un'organizzazione malvagia guidata dal Conte Egobosler, iniziò a conquistare il mondo. Con la loro schiacciante potenza militare, hanno devastato il mondo. Lasciando Joe, che sta esaurendo le energie, la Squadra Ninja si mette in viaggio con il nuova God Phoenix...

Il Nuovo God Phoenix è stato distrutto da un attacco del mecha Bestia di Ferro. Il Conte Egobosler si allea con il Generalissimo Z e la Famiglia Egobosler si trasforma in Galactor. Nel frattempo, la Squadra Ninja, salvata dal Maestro ISO Kamoeda, è stata ospitata nella nuova base di Gatchaman.

Galactor, le cui forze si stanno espandendo a una velocità sorprendente, ha conquistato un'oasi in un villaggio abbandonato come base per l'invasione del continente Agrika. Con l'aiuto del capo villaggio, la Squadra Ninja è riuscita a infiltrarsi nel villaggio e a riconquistarlo. Successivamente, la Squadra Ninja aveva pianificato di far esplodere l'oasi, ma ha cambiato il suo piano per riconquistarla, poiché è anche l'acqua per il fabbisogno quotidiano degli abitanti del villaggio.

Il Galactor ha occupato l'isola indipendente di Parlon per usarla come base di prima linea. La Squadra Ninja è partita per riconquistare l'isola, ma non è riuscita ad avvicinarsi perché la popolazione è stata presa in ostaggio. Ken si intrufola sull'isola da solo per evitare di essere scoperto dal nemico, ma viene scoperto dall'unità delle forze speciali di Galactor, il Comando di Ferro, e spinto giù da una scogliera in mare.

Gli attacchi di Galactor sono stati feroci e la guerra si è estesa ad altre parti del mondo. La Squadra Ninja scorta una nave cargo della Croce Rossa Internazionale che trasporta generi di soccorso alla città portuale di Canal, dove si stanno radunando i rifugiati. Tuttavia, una bestia di ferro appare improvvisamente dall'acqua e distrugge la nave di soccorso. I rifugiati vengono quindi catturati dal Galactor come schiavi in una fabbrica di munizioni.

Per colpire subito il Galactor, lo Squadrone Ninja si precipita nella città di Satanforhen, il suo quartier generale. Il Gruppo Ninja scaccia i caccia attaccanti e si avvicina al castello di Ego Bossler. Tuttavia, il Presidente Z appare davanti a loro e fa apparire la Bestia di Ferro.

Galactor ha attaccato la città di Tetuan in cerca di risorse di ferro. Il sindaco si arrese incondizionatamente per evitare vittime, ma d'altra parte usò la sua radio per chiedere segretamente aiuto al Gruppo Ninja. Tuttavia, Ken, preoccupato che Galactor fosse in ascolto, rifiutò temporaneamente la richiesta del sindaco e si recò segretamente a Tetuan City.

Un gran numero di prigionieri è evaso da una prigione di Geltland. Galactor uccide senza pietà i prigionieri che si avvicinano alla fortezza della Banca Dati in costruzione. Nel frattempo, Ken e Joe si dirigono verso la fortezza per ottenere dati sulle operazioni di Galactor e sulla strada incontrano tre prigionieri in fuga.

Il dottor Dole, incaricato di Galactor, sta sviluppando un cannone per l'annientamento della materia che distruggerà qualsiasi materiale sulla Terra. Sua figlia, Karen, fugge dalla base e viene presa in custodia nel campo delle Forze di Difesa. La Squadra Ninja si dirige verso la base Galactor sulle Phelps Mountains, portando con sé Karen, che dicono di aver convinto a impedire al padre di fare ciò che stava facendo.

Galactor indaga sulla posizione della base di Gatchaman nel tentativo di recuperare i dati rubati dall'operazione di invasione di Agrika. Tuttavia, la stretta sicurezza dell'ISO impedisce loro di raccogliere informazioni e Egobosler invia il criminale catturato Wittendorf.

Un treno, lo Z Press, che trasportava importanti attrezzature per l'invasione di Agrika da parte di Galactor, si stava dirigendo verso il ponte ferroviario di Babraltar. La Squadra Ninja tenta di distruggere il treno dall'alto, ma trova degli ostaggi nel vagone e non riesce ad attaccare.

Un grande contingente di truppe Galactor ha finalmente lanciato l'invasione di Agrica. Tuttavia, la Squadra Ninja è riuscita finalmente a decifrare i dati operativi che aveva preso. Si scoprì che l'obiettivo del Galactor era quello di occupare le basi di risorse, come l'energia del mantello e il minerale di ferro.

La battaglia decisiva tra le forze Galactor schierate ad Agrica e le forze dell'ONU sta per iniziare. La Squadra Ninja ha iniziato un piano per far abbattere dal nemico il loro finto Gotcha Spartan e colpire la base di comando dove si nascondeva Ego Bossler, mentre loro sono stati colti di sorpresa. Joe e Ryu si travestono da combattenti Galactor, mentre gli altri tre si travestono da viaggiatori e cercano di infiltrarsi da diverse direzioni.

Le manovre della Squadra Ninja portarono al ritiro del Galactor da Agrica. Egobosler torna al suo quartier generale di Satanforhen e la sconfitta delle sue truppe inizia anche in altre parti del mondo. Ken, deciso a sfruttare questa opportunità per schiacciare il Galactor, invade la città di Satanforhen da solo e si sorprende nel vedere i soldati del Galactor che conducono una vita normale in città.

Dopo la distruzione di Satana Forhen da parte della Squadra Ninja e delle forze dell'ONU, Galactor è scomparso dal mondo e si nasconde sottoterra tra le rovine. Il Generalissimo Z incolpa Ego Bossler per il suo errore e lo costringe a cambiare il loro rapporto da quello di collaboratori alla pari a quello di padrone e servo. Egobosler acconsente con riluttanza per realizzare le sue ambizioni.

Con la sconfitta di Galactor, il mondo era entusiasta della pace che era arrivata. Tuttavia, dopo aver completato la migrazione verso la loro nuova casa, la città sotterranea di Gallatown, Galactor è di nuovo attivo. Per iniziare, ricattano il Presidente Eisen e sua figlia Abelia. Hanno piazzato delle trappole nei tulipani che hanno presentato ai capi di Stato per la diplomazia di pace e hanno complottato per ucciderli.

Galactor atterra nella città di New Joke con una cisterna di gas nervino estratto da un minerale speciale. Il gas viene rilasciato nel centro della città, causando numerose vittime. Jinpei, che ha permesso al Galactor di entrare in città per un suo errore, dà la sua bombola di ossigeno a una ragazza colpita dal gas e questa collassa.

I depositi segreti di armi militari dell'ONU sparsi in vari Paesi sono stati oggetto di successive imboscate da parte di Galactor. Il nemico ha usato una potenza offensiva schiacciante per distruggere completamente le basi. Il leader dello squadrone speciale di caccia è noto come "Aquila di Titilia" ed è temuto dai soldati dell'ONU.

La Squadra Ninja si dirige verso l'Hell Valley Canyon dopo aver ricevuto informazioni sulla comparsa della Bestia di Ferro. Tentano di sconfiggere la Bestia di Ferro, ma Ken viene sbalzato dal suo G Fencer da un boomerang lanciato all'improvviso.

Su richiesta del dottor Spencer, che sta facendo ricerche sull'identità del Generalissimo Z, la Squadra Ninja trasporta i dati del Generalissimo X al Laboratorio di Scienze Spaziali di Boggy Island. Tuttavia, il Generalissimo Z avverte la presenza di qualcuno che sta cercando la sua identità e ordina a Ego Bossler di distruggere l'isola.

Joe torna nel suo luogo di nascita, BC Island, per visitare la tomba dei suoi genitori. Un tempo l'isola era un'importante base del Galactor e la pace è stata ristabilita grazie alle attività della Squadra Ninja. Sulla tomba dei genitori, Joe ritrova per caso la sua amica d'infanzia Anna e i due ricordano i vecchi tempi.

Maastra, un tempo dipendente del Generalissimo X e parte del progetto Solar Shift, è viva. Dopo essere tornata nello spazio terrestre senza essere notata dalla base di Marte, Maastra occupa il satellite di ricerca delle risorse Lemuria 7. Nel frattempo, la Squadra Ninja si è infiltrata in un'isola disabitata del Mare del Sud dopo aver ricevuto l'informazione che le forze di Galactor erano sbarcate lì.

L'attivista per la pace King Tangania viene attaccato da alcuni bambini durante una parata. La prontezza di Ken salva la situazione, ma per qualche motivo incidenti simili si sono verificati in varie parti del paese. Inoltre, non ricordano nulla dell'incidente.

Il Gotcha Spartan sorvola Agrica all'inseguimento del trasporto di Galactor. Tuttavia, il Gatcha 1 di Ken viene danneggiato dal fuoco nemico. Ken vaga nella giungla alla ricerca dei suoi compagni e incontra un giovane locale di nome Simba, con il quale trascorre la notte nel suo villaggio.

La Squadra Ninja fa visita al Marchese di Oncane, un tempo loro amico, per scoprire il segreto di Egobosler. Tuttavia, il Marchese intende convincerli a incontrarlo di persona e a sciogliere il Galactor.

A Ego Bossler viene ordinato di distruggere il Laboratorio di Impulsi Spaziali di Cowbella, ma la città è protetta dalle truppe dell'ONU e non può essere toccata con leggerezza.

Una donna di nome Zelda, che ha disertato da Satanforhen, è sfuggita all'inseguimento di Galactor ed è stata protetta dall'ISO. È Elun, la figlia del diavolo. Castello sull'Alto Fiume Ein. Egobosler" e perde conoscenza dopo essersi lasciata dietro parole misteriose.

Una soffiata è stata inviata alla Squadra Ninja dalla resistenza congolese. La soffiata mostrava la collusione tra il Presidente Zavanda e il Galactor per il minerale di uranio.

Il Galactor ha fatto irruzione nella fabbrica di energia Mantle nella città di Seraria, ma si è ritirato a causa dell'attacco di un'unità di carri armati phaser delle Nazioni Unite. Maastra ha privato Egobosler delle sue forze di comando per le operazioni di contrattacco e ha inviato il suo subordinato Sharam alla fabbrica.

La Maestra lancia una nuova operazione per vendicare lo stigma del precedente fallimento. Rilascia nella città di New Joke una creatura simile al muco riportata da Marte e inizia ad attaccare gli abitanti della città.

Il dottor Stahl, capo del team di ricerca dell'Impulso Spaziale AQ3, la chiave segreta del Generalissimo Z, è stato rapito dai Galattori. Inoltre, i ricercatori di energia spaziale sono stati rapiti uno ad uno e stanno per essere inviati a Galactown su un treno sotterraneo.

Su ordine del Generalissimo Z, il Galactor distrugge uno dopo l'altro gli osservatori di varie regioni. Durante la riunione sulle contromisure, il nipote del Capo Mastro Kamoeda, Shoichi, arriva a sud per incontrare il nonno. Tuttavia, Kamoeda sta sviluppando una macchina per analizzare gli impulsi cosmici e non può incontrarlo.

Una nave da osservazione con a bordo l'oceanografo dottor Beary viene attaccata nell'Oceano Artico da un gigantesco corno che sporge dal mare e scompare. Il drago inizia a indagare sul porto di Narbeka, da cui la nave è partita, e lì salva una giovane ragazza di nome Ruthie, inseguita da uomini misteriosi.

Il Segretario Nambu viene contattato dall'astrofisico Shubar, che chiede un contatto. Quando Nambu viene a sapere che le ricerche di Shubar sugli impulsi spaziali sono più avanzate di quelle dell'ISO, si traveste e va da Shubar da solo, senza informare la Squadra Ninja.

Sulla base del rapporto di ricerca di Shubar, il Sud procede a svelare l'impulso cosmico. Nel frattempo, anche Ego Bossler sta cercando di risolvere il mistero dell'impulso, ma quando il Generalissimo Z si accorge del complotto, rivela lui stesso i dettagli del suo piano. Il piano prevede di colpire la Terra con un asteroide di antimateria che viene prodotto nelle regioni più lontane dello spazio.

Per accelerare la chiarificazione dell'impulso spaziale, Nanbu e la Squadra Ninja si dirigono verso un osservatorio spaziale segreto nell'Artico con uno speciale sommergibile. Tuttavia, Ken rimane da solo alla base con il pretesto di allenarsi a sincronizzarsi con la tuta G. Durante il viaggio, Joe nota la causa del disturbo di Ken e chiede a Nambu di spiegare la situazione.

Il corpo di Ken soffre di un'accelerazione della distruzione cellulare dovuta all'uso ripetuto dell'hyperchute. Per esplorare la possibilità di rigenerare le cellule, Nambu e Jun si recano al Laboratorio di Ingegneria del Corpo Umano. Quando appendono un campione di cellule di Ken al dispositivo di attivazione cellulare in fase di studio, si scopre che è possibile rigenerarle.

La comparsa del Generalissimo Z è confermata nella regione iberica e la Squadra Ninja si mette alla sua ricerca. Mentre si dividono per cercare la base, i Jimbo incontrano un cane ferito, Zaku, e la sua padrona, una giovane ragazza di nome Kamila. È la figlia di un nomade, il cui villaggio è stato attaccato da Galactor e suo padre e i suoi amici sono stati portati via.

L'osservatorio artico viene distrutto dall'attacco di Galactor. Tuttavia, per risolvere il mistero dell'impulso spaziale, non c'è altra scelta che continuare le osservazioni nell'Artico. Pertanto, per ordine del Sud, viene costruito un osservatorio temporaneo.

Una task force guidata da Kemperer si stava avvicinando a New Joke per sferrare un attacco generale. La Squadra Ninja iniziò a evacuare i cittadini e Jinpei arrivò all'isola di Santa Maddalena, di cui era responsabile. Lì incontrò dei bambini che si rifiutavano di evacuare, ma riuscì a farli salire su una barca di evacuazione.

Ken si reca in visita per un esame e si imbatte in un'infermiera nel corridoio. Ma l'infermiera è una spia di Ego Bossler, che ha collegato un trasmettitore a Ken. Il ritorno di Ken alla base Gatchaman ha fatto sì che Ego Bossler venisse a conoscenza della sua posizione.

Il Sud è caduto nelle mani dei suoi stessi nemici per venire a capo di Space Pulse AQ3. Egobosler somministra una droga per la confessione nel tentativo di scoprire le debolezze della Squadra Ninja. Nambu resiste con la sua forte forza mentale, ma soffre anche per le dure accuse.

Infine, il Sud fu colpito da un proiettile mortale. Mentre si svolgeva un funerale solenne, Eobosler dichiarò nuovamente guerra al mondo intero attraverso immagini tridimensionali e fece esplodere la base. La Squadra Ninja, sopraffatta dal dolore per l'atrocità, rinnova la sua determinazione a sconfiggere Galactor.

Un asteroide di antimateria con un potere superdistruttivo si stava avvicinando alla Terra. Per fermarlo, un missile distruttore di meteoriti è stato lanciato dal centro spaziale, sotto la stretta sorveglianza della Squadra Ninja. Contemporaneamente, però, le Bestie di Ferro di Galactor attaccano la città di New Joke.

L'asteroide antimateria è stato distrutto dal disperato ultra-iper-paracadute di Ken e della Squadra Ninja poco prima che raggiungesse la Terra. Tuttavia, i detriti sono piovuti sulla Terra e hanno iniziato a causare fenomeni anomali a causa di una tempesta magnetica. Cataclismi naturali colpiscono ogni paese, le città vengono distrutte e il mondo collassa.

La disintegrazione cellulare di Ken era arrivata al limite e sarebbe morto se avesse usato di nuovo l'ipercubo. In seguito, il Generalissimo Z scopre che un pianeta ancora più massiccio dell'asteroide di antimateria che ha distrutto a costo della sua vita si sta avvicinando alla Terra.

Il Gatchapaltan vola nello spazio per impedire che un pianeta di antimateria si scontri con la Terra. Non riuscendo a distruggere il pianeta gigante, tenta di deviare la sua traiettoria verso la Terra distruggendo il trattore spaziale che lo traina. Tuttavia, il convoglio lotta contro l'attacco e distrugge il trattore, ma il pianeta non cambia la sua traiettoria e prosegue verso la Terra.

La Squadra Ninja entra finalmente all'interno del corpo meccanico del Generalissimo Z. Puntano al cuore del pianeta antimateria per distruggere il corpo principale di Z, che gestisce il pianeta antimateria. Per salvare la Terra e tutte le forme di vita, la Squadra Ninja mette in gioco le proprie vite in una battaglia finale.