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ギャラクターの壊滅で平和が訪れていたが、エゴボスラー伯爵が率いる悪の組織･エゴボスラー･ファミリーが世界征服のために活動を開始していた。忍者隊はエネルギーの切れつつあるジョーを残して出動する。

ニュー･ゴッド･フェニックスは、鉄獣メカの攻撃で破滅する。総裁Zと手を組んだエゴボスラー伯爵により、エゴボスラー･ファミリーは、ギャラクターになる。忍者隊はISOの鴨技師長に救われ、新たな基地にいた。

ギャラクターは、驚くべきスピードで勢力を拡大。アグリカ大陸侵攻作戦のため、荒れ地の村のオアシスを占領した。忍者隊は村長の助けを受けながら村を取り戻し、村人の生活用水でもあるオアシスの奪還を計画する。

ギャラクターは、前線基地として独立国パーロン島を選挙した。忍者隊は奪還を試みるが、国民を人質に取られて島に近づけない。潜入できた健も、ギャラクターの特殊部隊により、海へ落とされてしまう。

忍者隊は救援物資を乗せた国際赤十字の貨物船を難民のいる港町･カナルまで護衛することになる。しかし、鉄獣メカにより船は破壊され、難民はギャラクターに工場の奴隷として捕らえられてしまった。

忍者隊はギャラクターを一気に攻撃しようと、本部のあるサタンフォーヘン市へ向かう。戦闘機が襲ってくるのを追い払い、エゴボスラーの居城へと迫った。しかし、総裁Zが現れ、鉄獣を出現させてしまう。

鉄資源を求めるギャラクターに攻められたテツアン市。市長は無条件降伏をするものの、無線機で忍者隊への救援を求めた。ギャラクターによる盗聴を心配した健は、市長の求めを一度拒否し、密かに市に向かう。

ゲルトランドの刑務所から、囚人たちが脱走。ギャラクターはその近くで建設しているデータバンク要塞に近づく囚人を殺害していた。そんな中、要塞へ向かう健とジョーは、逃亡中の囚人3人と出会う。

ギャラクターに協力しているドール博士は、地球上のあらゆる物質を破壊する物質消滅砲の開発をしていた。忍者隊は、父親を止めるために説得し、国防軍キャンプに保護された娘･カレンを連れて向かう。

ギャラクターは、ガッチャマン基地の場所を探していた。奪われたアグリカ侵攻作戦のデータを奪い返すためである。しかし、ISOの厳重な警備に邪魔され、エゴボスラーは犯罪者･ヴィッテンドルフを送り込んだ。

ギャラクターによるアグリカ侵攻作戦の重要機材を乗せた列車･Zプレス。その電車がバブラルタル鉄橋へ向かっているところを忍者隊は攻撃しようとする。しかし、車中に人質がいると判明し、攻撃できなくなった。

ギャラクターの大型部隊が、アグリカ侵攻作戦を開始した。一方、忍者隊は奪いとった作戦データの解読に成功する。そのデータによれば、ギャラクターの目的は、マントルエネルギーや鉄鉱石など資源基地の占拠らしい。

ギャラクター部隊と国連軍との決戦は開始された。忍者隊は偽物のガッチャスパルタンを敵に墜落させ、その間に司令基地を攻撃するという作戦に着手。ジョーと竜はギャラクター戦闘員、ほか3人は旅人に変装した。

忍者隊の作戦で、ギャラクターはアグリカから撤退。エゴボスラーは本部に帰還し、世界各地で部隊の敗走が始まる。健は単独でサタンフォーヘンに侵入してギャラクターを潰そうとするが、街の兵士たちの姿に驚く。

ギャラクターは忍者隊と国連軍にサタンフォーヘンを破壊され、廃墟の地下に潜んでいた。エゴボスラーは総裁Zに失態を責められ、協力者から主従関係に関係を改められ、しぶしぶ承諾することになる。

ギャラクター敗走による平和が世界に訪れていたが、地底としギャラタウンに移住したギャラクターは活動を再開する。アイゼン大統領とその娘･アベリアを脅迫し、各国首脳たちの殺害を計画する。

神経ガスを手に、ギャラクターがニュージョークの街に現れ、中心街でガスを拡散された。自らのミスでギャラクターを侵入させてしまった甚平は、少女に自分の酸素ボンベを与えて倒れてしまった。

国連軍の秘密武器庫が、ギャラクターによる攻撃を受けてしまった。圧倒的な攻撃力で基地を完全に破壊している。”チチリアの鷹”と呼ばれる特殊戦闘機隊のリーダーは、国連軍の兵士たちに怒られることとなった。

忍者隊は、鉄獣が現れたとの情報を受けて、ヘルバレー峡谷へ向かう。しかし、現れた鉄獣を倒そうとしたところ、どこからか飛んできたブーメランによって、健のGフェンサーが弾き飛ばされてしまった。

総裁Zの研究をしているスペンサー博士の依頼で、忍者隊はボギー島の宇宙科学研究所へ総裁Xについてのデータを運ぶことになった。しかし、自分の正体を探られていることに気づいた総裁Zは、島の破壊を命令する。

ジョーは、両親の墓参りのためにBC島へわたった。BC島は、かつてはギャラクターの重要拠点で、忍者隊により平和を取り戻した地域でもある。ジョーは、両親の墓前で幼なじみ･アンナと再会した。

総裁Xの部下をかつて務めていたマーストラは生きていた。火星基地から地球宙城へ戻ったマーストラは、資源調査衛星レムリア7号を占拠する。一方忍者隊は、ギャラクターの部隊が上陸したという島へ侵入した。

平和運動家のタンガニア国王が、パレード中に子供たちに襲われた。健の対応で無事に終わるものの、同様の事件が各地で発生する。しかも、彼らは事件について何も覚えていないという状況だった。

ガッチャスパルタンは、ギャラクターの輸送機を追ってアグリカ上空を飛んでいた。しかし敵の攻撃により、健のガッチャ1号が墜落。仲間を探してさまよっていた健は、現地の青年･シンバの村で一夜を過ごす。

忍者隊は、エゴボスラーの秘密を探るために、かつてエゴボスラーの友人だったというオンケーン侯爵のもとを訪れる。しかし、侯爵は直接会って説得してギャラクターを解散させようと計画していた。

総裁Zは、ISOによる宇宙パルス研究を異常なほど恐れていた。そこでエゴボスラーに、カウベラ市の宇宙パルス研究所を破壊するように命令するが、街は国連軍が守っているため、手を出せない状況だった。

ゼルダという女性がギャラクターの追撃を逃れてISOに保護される。彼女はサタンフォーヘンから亡命してきた。そして、「悪魔の子エルン。アイン川上流の城。エゴボスラー」と話して意識を失ってしまう。

忍者隊のもとへ、密告書が届く。それは、ゴンゴール国のレジスタンスによって欠かれたものだった。密告書に書かれていたのは、大統領のザバンダとギャラクターのウラン鉱石をめぐる癒着である。

ギャラクターは、セラリア市のマントルエネルギー工場を強襲したものの、国連軍のフェイザー戦車部隊の攻撃によって撤退を余儀なくされる。マーストラはエゴボスラーから指揮軍を剥奪し、部下を工場へ派遣した。

マントルエネルギー工場の一件での汚名を返上したいマーストラは、新たな作戦を開始する。それは、火星から自らが持ち帰ってきた粘液状の生物をニュージョーク市に放し、街の人々を襲わせるというものだった。

総裁Zの秘密の鍵である、宇宙パルスAQ3の研究チームリーダー･スタール博士がギャラクターによって誘拐される。加えて、ほかの宇宙エネルギー研究者たちも拉致され、地底列車でギャラクタウンへ送られていた。

ギャラクターは総裁Zの命令で、各地の天文台を破壊。そんな中、対策会議中の南部に、鴨技師長の孫・正一が祖父に会うためにやってきた。しかし、鴨枝はパルス集束機の開発中で会うことはかなわない。

ある観測船が、北極海で怪獣から突き出た角に襲われ、行方不明になった。その船に乗っていたのは、海洋学者･ベアリー博士。竜は船の出たナルベカ港の調査を始め、謎の男たちに追われていた少女を助けた。

宇宙物理学者･シュバール氏から接触を求める連絡が入った南部博士。博士は、シュバールの宇宙パルス研究がISOよりも進んでいることを知り、忍者隊に知らせることなく一人でシュバールのところへ行く。

南部は、シュバールの研究レポートをもとに宇宙パルスの解明をしていた。総裁Zは、エゴボスラーもパルスの謎に迫っていた事に気づき、反物質小惑星を地球にぶつけるという計画の内容を自ら明かした。

南部と忍者隊は、特殊潜水艇で北極の秘密宇宙観測所へ向かっていた。しかし、健はGスーツの同調訓練という理由で基地に残留。実は健の不調の原因を知っていたジョーは、航海中に南部に説明を求めた。

パイパーシュートを繰り返し使用したことで、健の身体では細胞破壊が進んでいた。南部博士とジュンは、細胞再生方法を探るため、人体工学研究所へ。細胞活性装置で健の細胞が再生できるとわかる。

イベリア地方に総裁Zが出現し、忍者隊は探索へ。そこで甚平は、ケガをした犬と飼い主の少女に出会う。少女･カミーラは遊牧民の娘で、集落がギャラクターに襲われ、父親と仲間たちがさらわれたと話す。

北極の観測所がギャラクターの攻撃によって破壊されてしまった。しかし、宇宙パルスの謎を解明するためには、北極圏での調査が必要である。そこで、仮説観測所を設立することを南部が命令した。

ケンペラーが率いる機動艦隊が攻撃のためにニュージョークへ近づいていた。忍者隊は市民の避難誘導を開始し、甚平は担当するセントマグダラ島に到着する。避難を嫌がる子供たちだったが、避難船へ乗り込ませた。

検査に訪れていた健は、廊下で看護婦にぶつかった。その看護婦はエゴボスラーのスパイで、健に発信物質をつける。そして、健がガッチャマン基地へ戻ったことにより、エゴボスラーはその場所を知ってしまった。

南部は、宇宙パルスAQ3の真相に迫るため、自ら敵の手に落ちる。エゴボスラーは忍者隊の弱点を聞き出すために、自白剤を投与した。精神力で耐えようとする南部だが、過酷な責めにも苦しむことになる。

南部が凶弾に倒れた。葬儀が行われている中、エゴボスラーは立体映像で全世界に宣戦布告をする。そして、基地を爆破してしまった。忍者隊はその非道な行いに、打倒ギャラクターの決意を新たにする。

超破壊力を持った反物質小惑星が地球に迫っていた。阻止するための流星破壊用ミサイルが宇宙センターから打ち上げられる。しかし同時に、ギャラクターの鉄獣にニュージョーク市内は襲われていた。

反物質小惑星は、健と忍者隊のウルトラハイパーシュートで破壊された。しかし、破片が地球に降り注ぎ、磁気嵐が起こされて異常気象が始まる。各国で天変地異が起き、都市は壊滅して世界は崩壊する。

健は、次にハイパーシュートを使うと絶滅するというレベルまで細胞破壊が進んでいた。そんな中、破壊した反物質小惑星よりも巨大な惑星が総裁Zの手により、地球に近づいていることが明らかになる。

ガッチャパルタンは、反物質小惑星の地球衝突を防ぐため、宇宙へ飛び立った。宇宙トラクターを破壊することで巨大惑星の軌道をずらそうとする。しかし、トラクターを破壊したものの、惑星の軌道は変わらなかった。

忍者隊は、ようやく総裁Zの機械体内部に侵入した。反物質惑星を操作するZの本体を破壊するために中枢部を目指すことになる。地球と全ての生命を救うため、忍者隊命がけの最後の戦いが火蓋を切った。