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Will Travers scopre, incidentalmente, un codice nascosto nelle parole crociate che potrebbe essere collegato alla morte del suo capo, David. Indagando sulla cosa, Will scopre che la situazione è ancor più complicata e misteriosa di quanto pensasse. Nel frattempo, accetta il posto di lavoro del suo ex capo.

Will comincia il suo primo giorno di lavoro come successore ufficiale di David e riesce a mettere insieme dei pezzi di un messaggio che quest'ultimo gli ha lasciato. Intanto Katherine Rhumor scopre parecchi segreti sul suo ex marito Tom.

James e Katherine sono entrambi confusi dal suicidio di Tom Rhumor che sembra non avere alcun senso. L'ex marito di Maggie torna in cerca di perdono. Il figlio di David fa visita a Will in ufficio e gli porta un altro indizio lasciato da David sulla cospirazione.

Will deve partecipare a un viaggio di lavoro a Washington, Katherine decide di traslocare e lasciare la casa dove Tom si è tolto la vita, ma mentre si organizza in tal modo, trova un messaggio di Tom sulla segreteria che le chiede esplicitamente di non abbandonare la casa.

Will comincia a indagare in ufficio per trovare impiegati sospetti, mentre Katherine, stufa di non avere tracce consistenti sulla morte del marito, decide di passare direttamente all'azione.

Will chiede aiuto a Kale, mentre Katherine trova un nuovo indizio in merito al ritaglio di giornale. Miles intanto fa delle scoperte su George Beck.

L'FBI mette l'API sotto chiave e minaccia di sottoporre tutti gli impiegati alla macchina della verità. Katherine intanto si rende conto di non essere al sicuro nella propria casa.

Miles e Tanya sono in missione con la CIA, Will riceve altri indizi da Kale, ma comincia a diventare frustrato dalla mancanza di risposte chiare.

Will comincia a mostrare segni di stress e a comportarsi in modo anomalo. Katherine continua a fare ricerche sui ragazzi della foto. Kale si ritrova sotto stretta sorveglianza mentre Miles e Grant danno il benvenuto a Julia nel team.

Will ha un incontro con Katherin Rhumor sull'API e sulle sue connessioni con Tom Rhumor e Truxton Spangler. Tuttavia entrambi rischiano di essere in pericolo, più di quanto sospettano.

Grant, Miles e Julia compiono dei passi importanti nel progetto che riguarda i terroristi iraniani.

L'API lavora in squadra con la CIA e l'FBI per trovare Kateb che si trova sul suolo americano, prima che quest'ultimo metta a segno il suo piano. Intanto Kale e Will cercano di proteggere loro stessi e Katherine.

Tutti i pezzi del puzzle si incastrano e indicano la connessione tra Kateb e Spangler. Kale e Will cercano un modo di smascherare Spangler prima che entri in azione usando Mr Roy contro di loro.