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Yugi Mutō, un ragazzino basso e timido, cerca disperatamente di risolvere un Puzzle Millenario dell'Antico Egitto custodito da suo nonno Sugoroku, il quale i Geroglifici intagliati nella scatola recitano le parole "Colui che risolverà questo puzzle riceverà la mia conoscenza e il mio potere oscuro". Tuttavia nei secoli dei secoli nessuno è riuscito a risolverlo e tanto meno ci riesce lui.

Anzu e Miho iniziano a comportarsi in modo strano, tanto che Jonouchi inizia a credere che le ragazze lavorino come accompagnatrici. In seguito si scopre che hanno cominciato a lavorare part-time nel nuovo negozio Burger World, in particolare Anzu rivela che una volta diplomata vuole andare a imparare a ballare a New York. Nel locale però si nasconde anche un pericoloso evaso fuggito di galera.

Yugi mostra ai suoi amici un gioco di carte a cui si è appassionato, Duel Monsters, intanto in classe arriva un nuovo studente, Seto Kaiba, un ragazzo molto ricco anch'esso appassionato del gioco e campione nazionale, che chiede di poter vedere la preziosa carta che il nonno di Yugi custodisce; il Drago Bianco Occhi Blu.

Honda su richiesta di Miho, fa la fila in un negozio di orologi per acquistare un rarissimo D-Shock, del quale stanno vendendo tutti i pezzi disponibili.

Yugi e i suoi amici vanno a visitare un museo di un amico del nonno, il Professor Yoshibori e il proprietario Kanekura che hanno partecipato ai famosi scavi del Puzzle; quest'ultimo con una scusa si impadronisce del Puzzle del Millennio con lo scopo di venderlo.

Shadi giudica anche il Prof. Yoshibori che però nel tentativo di fuggire cade dalla finestra del suo appartamento e viene ricoverato in ospedale. Shadi ora che ha terminato i giudizi vuole conoscere a tutti i costi il potere del Puzzle del Millennio e allora con la Croce del Millennio prende in scacco la mente di Anzu per poter reincontrare l'altro Yugi.

Un nuovo gioco è in voga, il Digital Pet che consiste in un piccolo schermo dove bisogna prendersi cura di un animaletto dandogli da mangiare e pulendolo. Jonouchi, Yugi, Anzu e Miho hanno anche loro il Pet, mentre Honda inizialmente dice di non essere interessato finché Miho non parla del Pet Contest una competizione dove il vincitore riceverà come premio un viaggio per due in Australia.

Seto Kaiba torna all'azione e fa scortare dall'Inghilterra il Barone Didory Sheldan un anziano uomo raffinato che interagisce con le sue bambole, in particolare con quella che porta con sé Fiona per farlo combattere con Yugi Muto.

Nelle strade della città di Domino è in voga un nuovo gioco di Yo-Yo. Una banda di teppisti utilizza gli Yo-Yo come armi per combattere con altre bande e portare via denaro alle persone. Jonouchi che aveva promesso ai suoi amici che avrebbe fermato la banda, scompare misteriosamente.

La bella insegnante Chono crea delle regole molto restrittive a scuola e sembra non avere a cuore gli studenti. Intanto Mayumi una compagna di classe di Anzu e compagnia, si prende una cotta per Jonouchi, e sotto consiglio di Sugoroku Muto gli regala un puzzle, dove una volta completato esce fuori la confessione d'amore.

Miho riceve un regalo da un ammiratore segreto, contenente dei gioielli e dei Capsule Monsters detti Capmon, un nuovo gioco dove si usano delle ovette che contengono dei mostri con un livello specifico che si affrontano in una scacchiera simile a quella degli scacchi.

Ryuichi Fuwa, campione indiscusso del quiz televisivo Big Money! Game De Get Show, possiede un'abilità innata, ovvero è baciato dalla fortuna per ogni cosa. A qualunque gioco partecipa vince. In realtà Fuwa è il secondo Game Shitennou inviato da Seto Kaiba per sconfiggere l'altro Yugi.

Alla scuola di Domino, gira un presunto chiaroveggente che si fa chiamare Venerabile Kokurano, il quale dimostra concretamente di possedere il potere di predire gli eventi. Yugi, Miho e Anzu non ci credono, a differenza invece di Jonouchi, Honda e tutti gli alunni della scuola, in particolare le ragazze.

In città gira un pericoloso Bombarolo che mette in difficoltà la Polizia sfidandoli a degli indovinelli complessi, dove per mancata risposta esatta fa esplodere gli ordigni che ha piazzato.

Nel negozio di Sugoroku Muto, si parla di Duel Monsters, dove anche Anzu sta iniziando a giocare, quest'ultima è sicura che il Bombarolo è stato battuto dalla seconda personalità del ragazzo.

A causa della negligenza del Dottore dell'ospedale, Gouyuu, molti pazienti perdono la vita, nello stesso ospedale è ricoverata per un qualche malore di cui soffre fin dalla nascita, Shizuka, la sorella di Jonouchi che vive con la madre divorziata.

La famosa modella Aileen Rao arriva in Giappone, chiamata da Seto Kaiba per sconfiggere Yugi Muto, lei infatti è il terzo Game Shitennou, subito viene mostrata la sua abilità, la modella sfida un facoltoso calciatore di nome Hirada, ad un gioco chiamato Raijinhai, simile allo shōgi (gli scacchi giapponesi), il prezzo della sconfitta è qualcosa di importante dello sconfitto, il giocatore infatti viene trovato con delle ferite alle gambe che non gli permetteranno mai più di giocare a calcio.

Imori un compagno di classe di Yugi, Honda e Jonouchi, solo e senza amici, viene salvato dai suoi compagni dall'incontro con dei bulli. Imori invita a casa il suo nuovo amico Yugi e gli svela un tunnel sotterraneo a casa sua dove è custodito il Dragon Block un vaso tramandato da generazioni dall'antica Cina, di cui secondo Sugoroku Muto non deve mai essere rimosso il sigillo.

Honda vuole incrementare il budget del Club di abbellimento poiché un suo compagno ha speso parte dei fondi per creare un fan club dedicato a Kaoruko Himekoji la ragazza più popolare della scuola di Domino. Siccome Hiroto sostiene che la numero uno è Miho Nosaka, decidono di fare un Ninki Contest per definire chi sarà la ragazza più popolare.

Seto Kaiba rileva la compagnia del padre Gozaburo Kaiba avendo una percentuale di azioni più alta e risveglia Daimon, un vecchio malato terminale esperto di carte, che la Kaiba Corporation tiene in vita con delle macchine, questi altri non è che l'ultimo Game Shitennou e maestro di Duel Monsters di Seto, mandato a sconfiggere Yugi Muto.

Mentre Yugi e i suoi compagni sono in sala giochi con il nuovo amico Bakura, Seto, rapisce il nonno Sugoroku e sfida Yugi ad andare al salvarlo nel Game Land creato da Kaiba.

Il nonno di Yugi sfida il giovane Seto Kaiba a Duel Monsters per evitare che suo nipote combatta contro di lui, usando il Drago Bianco Occhi Blu ma viene sconfitto.

Nella terza missione dove il gruppo di amici devono salvarsi da dei blocchi di cemento, Honda rimane bloccato nella stanza per far uscire i propri compagni. Nella nuova battaglia Yugi deve affrontare il campione di Capsule Monsters; Mokuba Kaiba.

Nel nuovo test Jonouchi e Miho devono affrontare Aileen Rao e Ryuichi Fuwa in un reale picchia-duro. Yugi affronta intanto il duello finale contro Seto Kaiba.

La parte oscura dell'Anello del Millennio ha ormai preso possesso del giovane Ryo Bakura intento ad appropriarsi del Puzzle del Millennio di Yugi. Così invita gli amici a casa e li sfida ad un gioco da tavolo chiamato Monster World.

Yugi rassicura i suoi amici che sconfiggerà il potente Zorck. Dopo varie peripezie riescono a colpire tutti insieme il mostro con un attacco fortissimo ma senza riuscire a sconfiggerlo definitivamente.

Per assicurarsi la vittoria, Bakura utilizza dei Mind Dice, ovvero dei dadi con anime racchiuse all'interno che rispondono al suo volere e che quindi possono far uscire il punteggio che lo farà vincere, ma, nonostante tutto, i personaggi di Yugi restano in vita con un solo punto.