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『ぼく武藤遊戯の宝物は、じいちゃんにもらった”千年パズル”。 これが解けたらなにか願いがかなうんだって。 よーし絶対完成させるぞ～！』 堂実野高校に通う遊戯の宝物は一度も解けたこと無いという”千年パズル”。 おとなしい遊戯は今日も城之内と本田にからかわれていた。それをどこかで見ていた風紀委員の牛尾が、城之内たちを、痛めつけてしまう。そして、遊戯にボディーガード代をよこせとゆするのだった。 その夜遊戯は千年パズルを解く寸前までいった。だが、最後のピースは城之内が捨ててしまったのだ 次の日金を持ってこない遊戯をいじめる牛尾。助けにはいった城之内達もやられてしまう。 この時はじめて遊戯と城之内に友情が通った。 城之内が差し出した千年パズルの最後のパーツをパズルにはめ込む遊戯。 その瞬間、光が遊戯の額を撃ちぬく！ 闇のゲーマー、遊戯王の誕生だ！！

『遊戯の様子はとくに変わったことはないようじゃが・・・・。友達？いや・・・それだけではないはずじゃ！ 闇と知恵と力・・・・・何か嫌なことが起こらなければいいが・・・・・』 最近杏子の付き合いが悪い。援助交際なんて思いたくないけど・・・・・。様子を探るミホ、本田も次々と様子がおかしくなってきた。 いったい、なんなんだと、遊戯と城之内が後をつけた先は・・・・・ハンバーガー屋。なんだバイトしてただけかあ。だがそこに脱獄犯をおって刑事が現れた！ 「あ、杏子を・・・杏子を放せ！！」

『ブルーアイズドラゴン・・・・持つべき人が持って、初めて光輝く・・・・・・そう、ボクのような・・・・』 堂実野高校では今「デュエル モンスターズ」が大人気。もちろん遊戯達もプレイ中。 転校生の海馬の家に遊びに行くとそこには、ものすごい数のカードが。海馬は全国大会に優勝するほどの腕前で、また屈指のコレクターなんだ。その海馬を連れて遊戯の家に向かう。そこで双六の持つ超ウルトラ級のレアカード『ブルーアイズドラゴン』をみしてもらった。 衝撃を受ける海馬。そして事件が起きた！ 「カードを返して！じいちゃんの大切なカードを！！」

『美化委員は人々の心を清めることが真の仕事！だから当然のことなんです！』（ミホちゃんの為だったらたとえ火の中水の中・・・・） ミホのために朝早くから並んでいる本田。ついに手に入れたのは限定物のＤショック。だがその時手に入れることが出来なかった超コレクターの赤星が、そのＤショックを狙っていた。 ゲーセンで、ミホにＤショックを借りた本田は超ご機嫌。でも浮かれてたら・・・・・・あれ？なっなっなっなーーーーーーーーい！！！消えてしまったーーーーーーーーーーーー！！！！！！！！ その時赤星の手の中には・・・・・・ 「オレと闇のゲームをやってもらうぜ、それを賭けてな」

『我は三千年の墓守の一族・・・アヌピスの使徒・・・シャーディー。千年パズルの力、見せてもらおう！』 エジプト発掘展を見に、美術館にやってきた遊戯たち。そこで、遊戯は 館長の金倉に展示することを理由に千年パズルを貸してしまう。 だが金倉は千年パズルを売り飛ばすつもりだったのだ。 そんな金倉の前に現れた謎のエジプト人、シャーディー。彼は金倉に・・・・・・ そしてシャーディーは遊戯の前にも 現れた！！ ミイラにおびえる城之内はさて置き、遊戯の秘密がついに暴かれる！？

『杏子の様子が変じゃねえか？も、もしかして、の、呪いぃぃぃぃぃぃ ッ？！？！？！』 金倉に続いて吉森教授にも裁きを与えた、アヌビスの使徒シャーディー。遊戯との決着を望む！ シャーディーは千年錠で杏子の心に入り込んだ。そして杏子を・・・・・。 遊戯に襲いかかる杏子！やっと引き離し、逃げる彼女を追う遊戯たち。追いついた遊戯を待っていたのは・・・・シャーディー！！！ 「友達を信じる力！それが本当の強さなんだ！！」

『ミホねえ、デジタルペットの世話してるんだ。でも疲れちゃったな～ 』『まっ、まかせてください！！』 ・・その後しばらく彼は学校に現れなかった。 "デジタルペットコンテスト"賞品はオーストラリア旅行！ 燃える城ノ内を筆頭にみんなデジタルペットに超夢中。目指すはもちろん優勝！ 自慢のペットを見せ合っていると、最近乱暴者と評判の鯨田がやってきて、勝負を持ち掛けてきた。勝ったのは誰のペット？？？ 「ペットに必要なのは愛情さ」

『クソッ！俺は必ずおまえを負け犬としてひざまつかせてやるッ！！ 見ていろッ！！！ 遊戯ッ！！！！！』 以前、遊戯に敗れた海馬は復讐に燃えていた。そしてある人物を呼び出す。ゲーム四天王の一人、その名はリドリーシェルダン伯爵！ 何も知らない遊戯はミホ達と”デュエル モンスターズ”でバトル中。その時、保健室の色っぽい保健医に呼び出され、勝負を挑まれる。色っぽい保健医にメロメロの遊戯は負けてしまう。だがその正体は・・・・・・・？！？！ ゲームシーン満載！極めろ”デュエル モンスターズ”！！！ 「今度の相手は手強いぜ」

『遊戯、俺に構うな！おまえらとの友情ごっこには、もううんざりだぜ！！』 楽しげにミラクルヨーヨーを自在に操る城之内。そんな彼になにが起こったのか！？ 学校を休み、不良の蛭谷たちとつるむ城之内｡心配する遊戯達を冷たくあしらう｡ そんな彼の目を覚まさせる為､遊戯たちは彼らの溜まり場に乗り込んだ！！ 本田の差し出すタスキ！遊戯の千年パズル！ 思い出せ、城之内！！！あの熱き友情の日々を！！！！！ 「ありがとう・・・・城之内くん」

Anzu clashes with the beautiful but sadistically strict Ms. Chrono, and organizes a petition to change the school rules. But Chrono's underhanded counterattack ruins the petition--until Dark Yugi steps in.

Yugi's friend Warashibe is obsessed with Capsule Monsters, and Miho. When she spurns his advances, Warashibe decides to eliminate her friends--his competition for her affection.

Game show champion Ryuichi Fuha (Kaiba's second Game Master) moves to the gang's high school. Although he seems friendly, Ryuichi's tactics for arousing Dark Yugi soon turn dangerous...

Fraudulent psychic Kokurano has his eyes on Anzu. Though Anzu doesen't believe his predictions at first, her desire to see her mysterious savior (Dark Yugi) leads her right into Kokurano's grasp.

When she realizes that Yugi is her mysterious crush, Anzu invites him on a date to an amusement park, intending to put herself in danger to see Dark Yugi. But she finds herself in real danger when a mad bomber challenges Dark Yugi to a twisted game of balloons and explosions.

A new girl named Risa Kageyama wants to become Yugi's girlfriend (much to Anzu's anger). But Risa is actually intent on obtaining Yugi's rare Violet Hectate card.

Jonouchi has a crush on Miyuki, the nurse taking care of his sister Shizuka. But when a corrupt doctor fires her, Jonouchi can't expose him, or Shizuka will be kicked out of the hospital.

Kaiba's third Game Master, famous model Aileen Rao, challenges Dark Yugi to a game of Rijinhai. Irene prides herself on taking away the most important things from the ones she defeats--if Yugi loses, he loses Anzu...

Yugi befriends bullied youth Imori, and the two discover the forbidden game Dragon Block. The evil game overcomes Imori and he challenges Dark Yugi to a game with his soul itself on the line.

With Honda's support, Miho enters a popularity contest against arrogant school beauty Kaoruko Himekoji. Soon Kaoruko resorts to cheating, but when she hurts Miho, she incurs the wrath of Dark Yugi. (Bakura makes a cameo in this episode)

Kaiba's butler Daimon, an old man kept alive through machinery, duels Dark Yugi as the final Game Master. In the process, he reveals how Kaiba used to be, and implores Yugi to restore his kindness.

Kaiba kidnaps Yugi's grandpa and dares him to come to Death-T, an amusement park full of death trap games. But Yugi is hesitant to put his friends in danger.

The gang heads through Death-T, making their way through a laser tag game with actual lasers, and a game of wits with a giant killer robot.

With Honda seemingly dead, an enraged Dark Yugi battles Mokuba, Kaiba's little brother, in Capsule Monster Chess.

With his grandpa and friends at stake, Yugi duels Kaiba, and his three Blue-Eyes White Dragons, while Jonouchi and Miho battle Ryuchi and Aileen. With his friends' support, Yugi pulls off the unbeatable combo--Exodia.

Yugi and his friends meet Ryo Bakura, a gentle new student with an interest in role-playing games. Little do they know the danger that dwells within him...

Yami Yugi aids the others, reduced to figurines, against Dark Bakura and his RPG's boss, Dark Master Zorc.

Even when seemingly defeated, Zorc rises again and threatens to overwhelm the gang. It is up to Bakura to defeat his evil counterpart.