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Dopo poco tempo che Walter ha recuperato la chitarra di una leggenda del rock, un ragazzino approda al bar di Leo. Chiede a Walter di ritrovare suo padre, un colonnello dell'Air Force il cui aeroplano è scomparso durante una missione segreta.

L'ex direttore di una prigione chiede a Walter di ritrovare una pallottola che potrebbe scagionare un detenuto rinchiuso nel braccio della morte. Intanto il Dottor Sweets deve giudicare la competenza di Walter nei casi di giurisdizione federale. Willa si caccia nei guai mentre si trova a una festa sulla spiaggia.

Un uomo chiede a Walter di trovare una donna e come unico indizio ha in possesso una scarpa rossa con il tacco a spillo. Willa finisce di nuovo nei guai con la legge per cercare di esporre i segreti della famiglia di Leo.

Il nuovo fidanzato di Isabel ha perso la sua collezione e Walter cerca di fare del suo meglio per ritrovarla. Sperando di guadagnarsi la sua fiducia, Walte e Leo cercano di coinvolgere Willa nel caso.

A Walter viene chiesto di trovare un mago dilettante che è scomparso durante uno dei suoi numeri. Walter e Leo, aiutati dall'agente speciale Green, trovano degli indizi su un traffico di soldi contraffatti. Leo chiede a Isabel di tenere d'occhio Willa.

Il dottor Hodgins dello Jeffersonian chiede aiuto a Walter in merito a una teoria sull'esistenza degli extraterrestri. Altrove Willa e Timo cercano di farsi una ragione sul loro matrimonio combinato.

Un uragano intrappola Walter, Leo, Willa e il suo ufficiale di parola all'interno del bar. Ma nonostante il tempo inclemente Walter continua la sua ricerca per una ragazzina scomparsa. Isabel si reca al liceo della scomparsa e scopre che gli indizi portano a un crimine potenzialmente letale.

Un avvocato, ex fiamma di Leo, chiede aiuto a Walter per scoprire chi è che si è impadronito di alcuni pezzi musicali inediti di un famoso rapper ormai morto. Willa da' una mano grazie alle sue doti di hacker ma è Walter a mettere insieme i pezzi del complicato mistero che ha portato alla morte del rapper.

Joe e Annie, una coppia che un tempo era felicemente sposata, erano soliti festeggiare il loro anniversario al The Bella Plata, fino a che il boss mafioso Fico Vasquez non lo ha mandato in fallimento. Adesso per salvare il suo matrimonio, Joe chiede a Walter di trovare le ricette dei piatti che li hanno fatti innamorare ma per fare questo Walter deve rintracciare lo chef del ristorante che sta sfuggendo alla mafia. Willa intanto, finisce in prigione dopo essere stata coinvolta in una rissa.

Una famiglia chiede aiuto a Walter per rintracciare il capofamiglia che è scomparso lasciando dietro di se' soltanto un messaggio registrato sulla segreteria telefonica. Una bella agente dell'FBI è sulle tracce dello stesso uomo e cerca di avere da Walter tutte le informazioni che può.

Joyce, l'amica di Isabel chiede a Walter di trovare gli uomini che hanno ucciso il padre, un appassionato di corse di cavalli. Walter scopre un collegamento tra l'eredità che Joyce deve avere dalla morte del padre e degli uomini misteriosi che Walter sospetta siano coinvolti nell'omicidio. Willa intanto decide che vuole frequentare l'università.

Xavier Obispo, un boss mafioso di Miami, chiede a Walter di trovare una bambola voodoo che lui è convinto sia stata fabbricata su di lui. Will e Walter si recano da una presunta strega che non gradisce l'aria da miscredente di Walter ma decide comunque di aiutarli. Intanto Isabel e il detective Curtis Gillespie rischiano le loro vite indagando su una guerra tra bande.

Langston, il fratello maggiore di Walter arriva in città e chiede a Walter di andare a trovare il padre che è in fin di vita. Come ultimo desiderio prima di morire suo padre chiede a Walter di ritrovare il suo primo amore, madre di Langston. Walter deve affrontare parecchi ostacoli per questa importante missione e non sa se riuscirà a portarla a termine in tempo. Intanto Willa è costretta a sposare Timo da Zio Shadrack.