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In un altro mondo, l'omonimo Black Rock Shooter combatte un misterioso avversario dagli occhi rossi. Nel frattempo, nel mondo umano, Mato Kuroi entra nella scuola media e si interessa al suo compagno di classe, Yomi Takanashi. I due diventano rapidamente amici grazie alla loro comune passione per un libro della loro infanzia. Dopo aver invitato Mato a casa sua, Yomi si preoccupa quando Kagari Izuriha, una ragazza legata alla sedia a rotelle che vuole tenere Yomi per se stessa, arriva e agisce con ostilità nei confronti di Mato, facendola spaventare. Nel frattempo, nell'altro mondo, Black Rock Shooter segue un sentiero verde verso una terra desolata piena di giocattoli rotti dove viene attaccata da una ragazza che assomiglia a Kagari di nome Chariot. Dopo aver parlato con la consulente studentesca, Saya Irino, Mato rinnova la sua determinazione a stringere buone amicizie con Yomi e la invita ad andare a un festival con lei. Nel frattempo, prima che Black Rock Shooter possa preparare un contrattacco contro Chariot, viene fermata da una ragazza coperta in catene chiamata Dead Master.

Mentre Black Rock Shooter continua a lottare contro Chariot e Dead Master, Mato aspetta il festival per Yomi, ma non arriva mai come Kagari non le permetterebbe. Mentre Mato sogna quella notte di Black Rock Shooter, che ha un cuore sfregiato sul petto, scopre che Yomi ha la stessa cicatrice il giorno dopo, urlando contro di lei per non avere la spina dorsale. Dopo essersi consultato con Saya, che le dice che i suoi sogni hanno un significato profondo tra amici, Mato va a casa di Yomi, ma Kagari impedisce a Yomi di venire a trovarla gettandosi giù per le scale. Mentre Kagari viene portata all'ospedale per un polso contorto, Mato sente dalla madre di Yomi di come Kagari sia stata investita da un'auto mentre insegue Yomi, chiedendole di prendersi cura di lei. Determinata nella convinzione che Yomi non dovrebbe soffrire per questo, Mato esprime le sue suppliche per tornare a casa con Yomi, chiamandola con il suo nome. Mato aiuta Yomi a realizzare i suoi veri sentimenti, desiderando essere un'amica sincera sia con Mato sia con Kagari. Come Dead Master riesce a liberarsi dai legami, ma viene catturata da un'altra malvagia Black Gold Saw, mentre Black Rock Shooter è costretto a uccidere Chariot, che ha il suo effetto su Kagari.

Mentre Mato si prepara ad andare al campo di allenamento con la sua squadra di basket, Yomi inizia a diventare gelosa dell'amico d'infanzia di Mato, Yuu Kotari. Mato ha più sogni che coinvolgono Black Gold Saw durante il campo, e allo stesso tempo, Saya si interessa a Yomi. Al ritorno a scuola, l'allenatore di basket, Arata Kohata, scopre che il ragazzo che aveva una cotta per aver pubblicato la sua lettera d'amore per tutti da vedere. Si trattiene le lacrime di fronte alla folla, e alla fine ride dell'incidente come se non le importasse nulla. Kohata visita Saya in seguito, ma Saya inizia a comportarsi in modo strano provocando Kohata, ricordandole che tutti stanno ridendo di lei. Nell'altro mondo, Black Rock Shooter attacca il nascondiglio di Black Gold Saw, uccidendo i suoi servi. Simultaneamente nella parola umana, Kohata sperimenta un improvviso dolore nella sua testa e cade incosciente di fronte a Mato.

Nell'altro mondo, un altro essere chiamato Forza viene visto mentre lancia il cadavere di Chariot da una scogliera. Nel frattempo, Kagari inizia ad andare a scuola e inizia a farsi degli amici che, oltre ai doveri di Mato con il suo club, fanno sì che Yomi si senta indesiderata. Mentre Kagari chiede a Mato qualche consiglio su come rallegrare Yomi, inciampano su Yomi che discute con gli amici di Kagari, dicendo qualcosa che presto si pentirà e si chiuderà nella sua stanza, ignorando le visite di Kagari. Il giorno dopo, il ragazzo Arata ha confessato l'altro giorno cerca di scusarsi con lei, ma lei non ha memoria di lui. Nel frattempo, Yomi cade ulteriormente nella depressione quando riceve un messaggio da Yuu. Credendo che Kagari fosse l'unica che avrebbe avuto bisogno di lei, Yomi scatta quando Kagari le dice di lasciarla andare. Ciò ha un effetto sull'altro mondo, come Dead Master emerge con una personalità più oscura e si oppone al Black Rock Shooter.

Mentre Black Rock Shooter combatte contro un enorme esercito sotto il controllo di Dead Master, Yomi si comporta in maniera strana a scuola, tagliando i capelli in classe, facendo preoccupare Mato, persino scagliandosi contro Kagari. Mentre Yu diventa cauto nei confronti delle azioni di Saya, Mato vede la battaglia tra Black Rock Shooter e Dead Master nel sonno. Mentre il Mato fa visita a Saya il giorno successivo, cerca di strangolarla, lasciandola confusa. Dopo aver visto il dipinto che Yomi ha disegnato di lei, Mato si rende conto che è a causa sua che Yomi sta soffrendo. Presto scopre che nessuno nella squadra di basket ricorda Yuu, scoprendo presto che i suoi ricordi di lei sono una bugia. Yuu appare quindi davanti a lei, dicendole che l'altro mondo nei suoi sogni è reale. Spiega come le persone nell'altro mondo rappresentano il dolore per le loro controparti del mondo reale, e se vengono uccise, la persona dimentica i loro attaccamenti che hanno causato loro quel dolore, nel senso che se il Mastro Morto viene ucciso, Yomi si dimenticherà di lei. Offrendo a Mato la possibilità di salvare Yomi senza ricorrere ai combattimenti, Yuu la mette in un sonno profondo, mandando la sua mente in quella di Black Rock Shooter, solo per scoprire che aveva appena ucciso Dead Master. Lo shock di questo fa sì che l'ardente occhio blu di Black Rock Shooter diventi viola, diventando Insane Black Rock Shooter.

Mentre il Mato si rompe da ciò che ha appena fatto, Black Rock Shooter si trasforma in Insane Black Rock Shooter e si oppone alla Black Gold Saw. Mentre il Black Rock Shooter si strappa il braccio per combattere Black Gold Saw, Mato sviene dal dolore, impedendo a Yuu di richiamarla al suo corpo. La porta a Saya, che voleva impedire a Black Rock Shooter di causare distruzione nell'altro mondo, ma non può costringersi a uccidere Mato per farlo. Invece, Saya sposta la sua mente a Black Gold Saw's così da poter provare a raggiungere Mato. Saya parla di come ha fatto amicizia con Yuu, che era stato costantemente vittima di bullismo sia a casa che a scuola. Una notte, quando la casa di Yuu prese fuoco, Saya assumeva erroneamente che Yuu fosse responsabile e si sentisse in colpa. Quando Saya l'ha trovata il giorno dopo, ha chiesto a Saya di proteggerla e ha risvegliato la sua connessione con Black Gold Saw. Di nuovo nel presente, la Forza interviene per combattere Black Rock Shooter nel Black Gold Saw, consentendo a Saya di tornare. Mentre Forza travolge Black Rock Shooter in battaglia, Yomi torna a scuola senza un apparente ricordo di Mato.

Mentre Saya scopre di non essere più in grado di connettersi con Black Gold Saw, Yuu manda la sua mente a quella di Strength per cercare di parlare con Mato, che finalmente riprende conoscenza e tenta di trattenere Black Rock Shooter. Tuttavia, Mato inizia ad esitare quando si rende conto di come stava scappando dai suoi stessi sentimenti. Proprio in quel momento, la Forza inizia a parlare e diventa superfluo su Black Rock Shooter, rivelando che in realtà è la vera Yuu. Forza, la Yuu che Mato conosceva, spiega come ha ottenuto emozioni quando Yuu, che era pieno di una straordinaria quantità di dolore, era in grado di contattarla, impedendole di morire per mano di Black Rock Shooter. Trovando un mondo di combattimenti migliore del mondo in cui viveva, Yuu decise di cambiare posto con Forza in modo che invece dovesse affrontare la realtà. Nel frattempo, mentre la parola raggiunge la scuola che Mato non è tornata a casa, Yomi sente un dolore nel suo cuore e ricorda la sua amicizia con lei, che a sua volta fa risvegliare il Maestro Morto.

Mentre la Forza si prepara a sacrificare se stessa per fermare Yuu, Mato diventa determinata a impedire a Black Rock Shooter di ucciderla. Lei finisce in un mondo blu, dove lei stessa è Black Rock Shooter, in piedi contro Insane Black Rock Shooter. Mentre Kagari e Arata recuperano anche i loro dolorosi ricordi, le persone rianimate dell'altro mondo uniscono le loro forze per dare a Mato il potere di sconfiggere Insane Black Rock Shooter, unendo il mondo come un unico. Riprendendo se stessa, Mato trova la forza in uno stato indebolito, che assicura a Yuu che sarà in grado di fare amicizia nel mondo reale e le darà grazie a Mato prima di scomparire nel vento. In seguito, Yuu ritorna al suo corpo originale mentre Mato, dopo aver ripreso conoscenza, si ricongiunge con Yomi. Mentre la vita ritorna normale, Mato, Yomi, Kagari e Yuu diventano amici insieme mentre la Forza ritorna al suo posto nell'altro mondo, insieme a Black Rock Shooter. L'episodio termina con Black Rock Shooter che dice che continuerà a combattere.