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中学校に入学したマトは、"小鳥遊（たかなし）"という珍しい苗字に惹かれ、小鳥遊ヨミに興味を持つ。一生懸命話しかけるマトだが、ヨミはなかなか心を開かない。だが、マトとヨミが同じ絵本を持っていたことをきっかけに、マトはヨミの家に遊びに行くことになる。ヨミの家で次第に打ち解けていくマトとヨミ。しかし、そこにヨミの親友だという車椅子の少女・カガリが現れて･･･。一方、裏世界ではブラックロックシューターが激しい戦いを繰り広げていた。

マトは半ば強引にヨミをお祭りに誘ったが、約束の場所にヨミは現れなかった。一言「ごめんなさい」とだけメールを残して･･･。次の日、マトはヨミの家を訪ねる。窓からマトが訪ねてきたのを目にしたヨミ、思わず部屋を飛び出そうとする。しかし、そんなヨミを止めるためにカガリは自らを傷つけてしまう。そのまま、病院に運ばれたカガリとそれに付き添うヨミ。カガリという存在に囚われてしまっているヨミに対して、マトは「一緒に帰ろう！」と呼びかける。その頃、裏世界ではブラックロックシューターとチャリオットの戦いが激化して…！

病院での一件以来、カガリはヨミへの執着心をなぜか失ってしまった。そんなカガリから解放されて、ヨミとマトの距離も段々と縮まっていった。そこにマトの親友・ユウも加わり、部活では主将のアラタにしごかれつつも、マトの学生生活はすべてがうまくいったかのように見えた。しかし、そんなマトを見るヨミの目は複雑な色をたたえており…。そして、裏世界ではブラックロックシューターがブラックゴールドソーと戦い、未完成の少女たちを蹴散らしていた。

無事に退院したカガリは、学校へと復帰する。ヨミやマトの心配をよそに、すぐにクラスに溶け込んでしまうカガリ。ヨミは安心すると共に、どこか拍子抜けしたような気分を味わっていた。そんな中、ヨミがふと気づくと、マトの隣にはユウがいて、カガリにはクラスメイトが取り巻きを作っている。徐々に自分の居場所を見失っていくヨミ。一方、マトは様子のおかしいヨミを元気づけるため、カガリにお菓子作りを提案するが…。

マトとユウの仲の良さに疎外感を感じていたヨミは、カガリにも拒絶されたことによって完全に壊れてしまう。そんなヨミに加えて、カガリもアラタもどこか様子がおかしい。途方に暮れるマトはスクールカウンセラー・サヤのところへ行く。しかし、サヤの不気味な言動に不安を覚えたマトは、思わず相談室を飛び出す。更にそんなマトに追い打ちをかけるかのよう出来事が･･･。その頃、裏世界ではブラックロックシューターとデッドマスターが血みどろの戦いを繰り広げていた。

もうひとつの世界の戦う少女たち。ブラックロックシューターはデッドマスターを倒した。デッドマスターの死に激しい負の感情を抱いたマトはそのままブラックロックシューターに取り込まれてしまう。そして、暴走するブラックロックシューター。彼女を止めようとブラックゴールドソーは戦いを挑むも、圧倒されまるで歯が立たない。一方、現実世界では、もうひとつの世界に行ったきり帰ってこないマトを、ユウはサヤのもとに運ぶが…。

ブラックロックシューターの力の前にブラックゴールドソーは破れてしまう。そしてストレングスとブラックロックシューターの戦いがはじまる。暴走したブラックロックシューターの圧倒的な力の前に押されるストレングス。現実世界でその様子見守っていたユウはサヤに、ブラックロックシューターの強大な力の源はマトの本質に関係したものだという。そして、ユウはマトを救う最後の手段として、ある決心をする。

元来の力を取り戻したストレングスが、ブラックロックシューターへ猛攻をかける。しかし、ストレングスの中のユウは自ら死を選ぼうとする。そんな内部で揺れるストレングスの隙を見たブラックロックシューターは必殺の一撃をたたき込もうとする。その瞬間、ブラックロックシューターに囚われていたマトから、まばゆい光が発せられる。再びマトが目を覚ました時、彼女はブラックロックシューターから解放されていた･･･そして、マトとブラックロックシューターの最後の戦いが始まる！