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Alex O'Connor e' un giovane e promettente analista e lavora per la CIA da soli 4 mesi. Il suo primo incarico "sul campo" lo porta a New York, la citta' in cui vive la sua famiglia. Deve scoprire se Irina Semovetskaya, colonnello dell'SVR (ex KGB) vuole davvero disertare come afferma o fa il doppio gioco. La donna racconta dell'esecuzione di un altro ufficiale dell'SVR, arso vivo nella fornace di una vecchia centrale a vapore. E rivela al direttore della CIA di New York che sta per partire un'azione volta a mettere in ginocchio gli Stati Uniti. Mentre Alex lavora al caso, la serenita' della famiglia O'Connor viene sconvolta.

Alex e' sul punto di smascherare Katya, la accusa di essere una spia sovietica, sulla base del suo rapporto con Mikhail e delle sue continue assenze immotivate del passato. Intanto Izakov ha dato l'ordine di eliminare l'intera famiglia. Ma Katya riesce a motivare gli elementi di Alex confessando una relazione clandestina. E Victor riesce a fermare i killer. Alex crede al racconto di sua madre e ne rimane sconvolto. Nel frattempo l'FBI, che dopo l'omicidio di Irina si e' convinta dell'esistenza di un piano sovietico contro gli Stati Uniti, mette in piedi una task force in collaborazione con la CIA.

Prima di morire Vasso rivela ad Alex la password del portatile e gli ricorda che ha solo 48 ore per trovarlo prima che i file vengano distrutti. Parte un conto alla rovescia che vede impegnati sia "buoni" che "cattivi". Alex scopre che il luogo in cui e' nascosto il portatile e' la Conversation Hall, una sala del Municipio di Philadelphia. Izakov ordina a Victor di affidare la missione agli O'Connor. Dovranno battere sul tempo Alex, che sta cercando di ottenere l'autorizzazione per una perquisizione segreta dell'edificio.

L'arrivo di Alex e della squadra dell'FBI impedisce a Katya e Mark di ripassare attraverso il tunnel e di copiare l'hard disk. Decidono quindi di portare il computer direttamente all'FBI. Prima di entrare decidono di aprirlo per verificare le informazioni e capire se valgono davvero l'immunita'. Ma si avvia il programma di auto formattazione. Mark fa appena in tempo a fotografare una schermata. Natalie prova a criptare il portatile, prima che venga riportato a Izakov. Ma prima o poi all'SVR si accorgeranno che e' stato manomesso. E' solo questione di tempo.

Il passato e l'integrità della famiglia O'Connor vengono messi in discussione mentre l'FBI cerca una talpa e Victor intensifica la sorveglianza.

Il piano di rapimento degli O'Connor crolla e Alex rischia la vita durante un'operazione della task force finita male.

Gli O'Connor mandano la task force su una falsa pista in Italia, mentre Alex cerca l'uomo che dovrà attivare l'operazione Black Dagger.

Victor spia la Rezidentura, Alex rivela un importante segreto a Michelle e Sam diventa sempre più sospettoso.

Una sparatoria che coinvolge Michelle sconvolge Alex e la sua famiglia corre in suo aiuto, mentre Victor e Natalie preparano una fuga.

Dopo la scomparsa di Michelle, Alex riceve l'aiuto di un alleato inatteso; Victor e Natalie cercano di adattarsi alla vita da fuggitivi.

Gli O'Connor sono braccati contemporaneamente dall'FBI e dall'SVR e tentano di dimostrare che Faber è la talpa russa all'interno dell'agenzia.

Sam e Alex collaborano per fermare Oscar Christoph, mentre Victor continua la caccia al capo della Rezidentura.

La famiglia e l'FBI entrano in una corsa contro il tempo per impedire che il piano Black Dagger venga portato a compimento.