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Hotaro Oreki si unisce al club di letteratura del suo liceo su richiesta di sua sorella, per evitare che venga chiuso. Si uniscono al club anche il suo migliore amico, Satoshi Fukube, ed Eru Chitanda, una ragazza curiosa a cui piacciono i misteri.

Eru si annoia della mancanza di attività del club e suggerisce di preparare un articolo da presentare per il festival culturale della scuola. Mentre cercano quelli degli anni precedenti, i tre scoprono un mistero nella biblioteca della scuola.

Eru spiega a Oreki perché si è unita al club e gli chiede il suo aiuto per una questione personale. Non avendo ancora trovato i vecchi articoli, i membri del club incontrano un ostacolo durante il tentativo di perquisire la stanza precedente del club.

Eru decide di chiedere aiuto a Satoshi e Mayaka per capire cosa sia successo a suo zio. I membri del club si incontrano nella tenuta dei Chitanda, dove presentano le loro ricerche e ipotizzano ciò che credono sia accaduto 45 anni fa.

Hotaro è combattuto tra continuare con la sua vita "grigia" e la vita "rosea" che vivono gli altri. Una telefonata della sorella lo porta a credere che manchino dei pezzi alla sua teoria riguardo agli eventi dell'espulsione di Sekitani.

La lezione di storia di Hotaro viene interrotta da uno sfogo proveniente dalla lezione di matematica di Eru, che provoca una discussione al club sulla natura dei sette peccati capitali e su cosa potrebbe far arrabbiare Eru.

Durante le vacanze estive, i membri del club fanno una gita in montagna per soggiornare in una locanda termale gestita dai parenti di Mayaka. Mentre sono lì, Eru e Mayaka vedono quello che sembra essere il fantasma di un uomo che si è impiccato!

Una conoscenta di Eru invita il club di letteratura alla proiezione di un film realizzato dai membri della Classe 2-F in modo che possano esprimere le loro opinioni. Quando il film prende una svolta inaspettata, il club è chiamato a trovare una soluzione.

Alla ricerca di una conclusione per il loro film, tre ragazzi che ci hanno lavorato si incontrano uno alla volta con i membri del club per proporre le loro soluzioni al mistero dell'omicidio incompiuto.

Dopo l'incontro con Irisu, Hotaro cambia idea e decide di risolvere il mistero dell'omicidio. Hotaro e Satoshi discutono della natura del proprio potenziale e di ciò che ciascuno di loro potrebbe essere in grado di realizzare.

Quando gli altri dicono a Hotaro che hanno dei dubbi sulla sua soluzione al mistero dell'omicidio, lui stesso inizia a dubitarne. Hotaro affronta Irisu riguardo al motivo per cui ha chiamato il club per aiutarla a finire il film.

È il primo giorno del festival scolastico e i membri del club lo attendono con desiderio e terrore. Devono trovare un modo per vendere tutte le copie di "Hyouka" che sono state stampate, per quanto difficile possa sembrare il compito.

Satoshi sfrutta l'evento quiz per promuovere il club di letteratura. Eru va in giro a cercare modi per aiutare a vendere tutte le copie di "Hyouka". Diversi oggetti finiscono per sparire da vari club.

La squadra del club di letteratura gareggia contro altre tre squadre nella competizione a tempo organizzata dal club di cucina. Tuttavia, Mayaka è occupata nel disegnare poster per il club dei manga. Riuscirà a finire in tempo?

Eru è incuriosita dall'ondata di furti nei vari club, e quando Hotaro scopre uno schema dei crimini, Satoshi escogita un modo per pubblicizzare il club di letteratura attraverso il giornale della scuola in modo che possano vendere la loro pubblicazione.

Satoshi è pronto ad acciuffare il ladro, ma quando il club colpito non è quello previsto, deve riconsiderare la sua strategia.

Eru appare in un programma radiofonico scolastico, chiedendo a tutti gli altri studenti di schierarsi con il club di letteratura contro il ladro fantasma. Hotaro affronta la persona che crede essere Jumoji. Satoshi fa i conti con le sue aspettative.

Mentre chiacchiera nella stanza del club dopo la scuola, Hotaro ricorda come a uno dei suoi insegnanti delle scuole medie piacessero gli elicotteri.

Hotaro dice a Eru che può trovare una spiegazione plausibile per qualsiasi situazione le venga in mente, quindi quando viene fatto un annuncio apparentemente banale a scuola, lei lo sfida a capire il motivo dietro l'annuncio.

A Capodanno, Eru invita Hotaro a unirsi a lei ad andare al santuario della città. Quando Eru accetta di fare una commissione veloce, tuttavia, lei e Hotaro si trovano in una situazione inaspettata e compromettente.

Durante le scuole medie, Satoshi ha rifiutato la cioccolato di San Valentino di Mayaka, quindi quest'anno lavora ancora di più per regalargliene una ancora migliore. Ma quando la cioccolata scompare, Eru decide di cercarla per la scuola.

Hotaro viene arruolato da Eru per partecipare a una parata del Festival delle bambole che il suo santuario tiene ogni anno. Quando i lavori di costruzione provocano inaspettatamente una deviazione dell'ultimo minuto, gli organizzatori si chiedono cosa sia andato storto.