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Tazuna è un giovane che ama riparare le cose. Ma la sua vita prende una piega inaspettata quando incontra una ragazza che giace in un letto d'ospedale all'interno di un laboratorio dalla porta con chiusura elettronica. Quando la prende per mano, capisce di non poterla mai lasciare, o lei morirà.

Tazuna e la sua nuova amica Koyori hanno un problema: se lui le lascia la mano, lei muore! Riuscirà Tazuna a portarla a casa sua e a spiegare ai suoi genitori come mai ora deve vivere con una ragazza? E come farà a fare il bagno con lei?

Tazuna incontra Chizuru e Hayate, la coppia a cui aveva riparato la macchina il giorno in cui ha incontrato Koyori. I due lavorano per una grossa società alimentare del luogo, e come ringraziamento offrono a lui e a Koyori una cena. Ma dopo il pasto, rivelano di essere a loro volta Hand Shakers!

Dopo la battaglia a Ziggurat, Chizuru e Hayate rimangono atterriti nell'apprendere che la loro vittoria sarebbe costata la vita a Koyori. Anche se ormai fuori dai giochi, si accordano per aiutare Tazuna e Koyori.

Koyori finisce separata da Tazuna e, non avendo un cellulare, non ha modo di contattarlo. Fortunatamente, viene trovata dalla presidente Riri e da suo fratello minore Masaru, che la portano a giocare a un nuovo game, Precious Memories.

Malgrado le ferventi proteste di Tazuna, Riri e Masaru insistono a combattere Single Gear. I due utilizzano le card. Riri i suoi tarocchi, Masaru il suo mazzo di Precious Memories. Ma dato che Masaru applica la stessa strategia che usa durante il game, Koyori sa come sconfiggerlo. Potrà condividere il suo sapere con Tazuna, seppur incapace di parlare?

È il momento del festival studentesco, e la classe di Tazuna è in grossi guai! Il macchinario è rotto, le cuoche si sono rotte le braccia, e non hanno modo di procurarsi a poco prezzo gli ingredienti di cui necessitano per il loro chiosco dei rinfreschi.

Tazuna e Koyori incontrano la loro prossima avversaria: Kodama, una potente cantante idol che ha sconfitto diversi altri Hand Shaker. Lei e il suo produttore sono i più forti avversari mai incontrati e, insieme, sbaragliano Single Gear. A stento, Tazuna fugge nell'acqua che scorre sotto un ponte nelle vicinanze...

Tazuna e Koyori combattono Kodama Awaza una seconda volta, nella quale lei si dimostra potente come la prima. Tazuna, e Single Gear, non hanno speranze di sconfiggerla. La loro unica scelta è fare affidamento sull'invisibile potere di Koyori.

Sopraffatti gli ultimi nemici, e con Koyori che ha ora la capacità di parlare, è tempo per lei e Tazuna di svolgere un lavoro part time presso il locale Cocktail Corn. È tempo di meditare sull'accaduto, incontrare vecchi amici, preparare la coppia per il futuro.

Una volta, Makihara aveva un partner e un capo. Insieme svolgevano ricerche su Ziggurat e sul mistero della rivelazione di Babele. Ma la loro vita cambiò quando nacquero una coppia di Hand Shaker bambine.

Tazuna e Koyori sono di fronte alla sorella di Koyori e al vecchio partner del dottore. La sorella di Koyori, dopo anni di difficili trattamenti e abusi, è ridotta a una persona muta e priva di emozioni. Potranno i due ferire qualcuno così strettamente legato a Koyori? E, anche se fosse, potranno vincere contro Hand Shaker tanto più potenti e determinati di loro?