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機械いじりが得意な高校生・高槻手綱（タヅナ）は、修理依頼に駆け回る日々を送っていた。 ある日、大学部の准教授・槇原長政（マキハラ）からの依頼で、彼の研究室へと訪れる。 そこにはベッドで眠り続ける一人の少女が。 何かに導かれるように彼女の指先に触れたタヅナに、どこからか声が降り注ぎ——。

異質な世界――ジグラートで初めてのハンドシェイカーの戦いを経験したタヅナ。 傍らにはタヅナと手を繋いだことで目覚めた芥川小代理（コヨリ）の姿が。 彼女はタヅナと手を放すと、死んでしまうのだという。 突如遭遇した様々な出来事に戸惑いを隠せないタヅナ。 そんな彼にマキハラが驚きの真実を告げる。

マキハラの研究室で定期健診を終えたタヅナとコヨリ。 これからの予定を聞かれ、試してみたいことがあるというタヅナに、コヨリは不思議そうな表情を浮かべていた。 一方その頃三津寺千鶴（チヅル）と東 颯（ハヤテ）はユニット導入の説明を行いに、ある場所を訪れていた。 そこはタヅナの通う学校で――。

チヅルとハヤテ、彼らはハンドシェイカーだった。 願いは、すべてを平等にすること。 ダガー＝シャドウ、ブレイド＝シャドウと名乗る彼らの連携した攻撃に、防戦一方となるタヅナ。 だが彼はコヨリを守るため、ある活路を見出す。 シングル＝ギアを突き立て、疾走するタヅナたちが向かう先は――。

タヅナとコヨリはチヅルたちに誘われ、カクテルコーンの次世代店舗ショールームに訪れていた。 最新機器の数々に心躍らせるタヅナ。 それは店を出た後も変わらず、様々な考えを巡らせていた。 だがふいに、片手にいつもある感触がないことに気付く。 なんとタヅナはコヨリとはぐれてしまったのだった……！

北条璃々（リリ）と勝（マサル）と戦うことになったタヅナたち。 彼らを傷付けたくないと、戦闘をやめるよう説得したいタヅナだったが、激しい攻撃に守りに徹するしかない状況だった。 そんな二人をリリとマサルは遠くから見つめる。 彼らの胸の内には、どうしても叶えたい「願い」があった――。

学園祭の準備で学校中が浮き立つ中、タヅナはマキハラの研究室を訪れていた。 マキハラは昔、ハンドシェイカーだった。 先日コヨリを探している時、男から聞かされた言葉。 タヅナはそれを確かめようとしていたのだ。 だがそこで彼はマキハラから驚くべき真実を告げられる――。

ぼろぼろのタヅナと、彼を心配そうに見るコヨリ。 二人は窮地に立たされていた。 前に立ちはだかるのは、きらびやかな衣装に身を包んだ少女と、スーツ姿の男――現役アイドル阿波座こだま（コダマ）と彼女のマネージャーである盛山　響（ヒビキ）。 彼らの手にはニムロデが握られていた。

コダマとヒビキから命からがら逃げのびたタヅナとコヨリ。 その時にタヅナは傷を負い、高熱を出して床にふしていた。 だがまだ勝負はついていない状況。コダマとヒビキが二人を見逃すとは考えにくい。 コヨリを護るため、動けるうちに叩こうとするタヅナを、マキハラが必死に制止するが……

タヅナとコヨリ、二人で力を噛み合わせ、強敵コダマとヒビキを下した彼らは、なぜかカクテルコーンの制服に身を包んでいた。 ぎこちなく来店の挨拶をするコヨリに、頬を赤らめるタヅナ。 事の起こりはコヨリが話せるようになり、号泣するマキハラを前になりだした一本の電話で――。

マキハラとナガオカはかつてハンドシェイカーであり、芥川博士夫妻の元で研究活動をしていた。芥川夫妻に双子の姉妹、檀・小代理が生まれる。しかし生まれながらのハンドシェイカーである姉妹は幼いころから戦いに巻き込まれ、マキハラたちが守らねばならなかった。娘たちを救うため神にまみえるという野望にとりつかれた芥川博士は最後の戦いを終えたあと、妻とともに姿を消し生死不明となる。夫妻の葬儀の日、姉妹は突然倒れ仮死状態になる。その後ナガオカはマキハラと袂を分かち、マユミをさらって消息を絶っていた。ナガオカから戦いを挑まれたタヅナとコヨリはジグラートに転移する。

タヅナとコヨリはナガオカとマユミと戦う。しかし薬物で動かされるマユミは次第に弱っていく。タヅナとコヨリはナガオカを攻撃、降伏を促す。それを見たマユミは「あなたを守るわ」と初めて声を出し、消えそうになりながらニムロデを出そうとする。コヨリはマユミと手をつなぎ力をチャージ。4人はジグラートから戻る。感情を取り戻したマユミはナガオカが病気のため研究を捨てたと話し、ナガオカと去る。1か月後、すっかり健康になったタヅナとコヨリはチヅルのレストランでアルバイトを始めることにする。他のハンドシェイカーたちもそれぞれの道を歩んでいく。