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Superman (Tyler Hoechlin) è impegnato in una feroce battaglia con il mostro di Luthor. Lois (Elizabeth Tulloch) e i ragazzi devono correre contro il tempo per salvare il generale Lane (Dylan Walsh).

Lana (Emmanuelle Chriqui) e Sarah (Inde Navarrette) si uniscono alla lotta contro Luthor (Michael Cudlitz), che inizia ad avere luogo a Smallville. Jordan (Alex Garfin) e Jonathan (Michael Bishop) si scontrano su una decisione importante.

Scosso dal fallimento, Jordan (Alex Garfin) inizia a precipitare, mentre Jonathan (Michael Bishop) scopre un nuovo vigore. Il generale Lane (Dylan Walsh) recluta John Henry (Wolé Parks) e Natalie Irons (Tayler Buck) nel Dipartimento della Difesa, prima di fare una scelta che cambierà tutto.

I Kent faticano ad adattarsi alla nuova normalità. Lois (Elizabeth Tulloch) aiuta a organizzare un matrimonio improvvisato per Kyle (Erik Valdez) e Chrissy (Sofia Hasmik), che però non va come previsto.

Lois (Elizabeth Tulloch) compie mosse sempre più audaci nel tentativo di fermare Luthor (Michael Cudlitz). Jonathan (Michael Bishop) fatica a trovare un equilibrio tra vita personale e responsabilità, mentre Clark (Tyler Hoechlin) scopre una verità inquietante.

Luthor (Michael Cudlitz) progetta di trasferire la LuthorCorp a Smallville, ma trova l'opposizione di Lana (Emmanuelle Chriqui). Sarah (Inde Navarette) deve prendere una decisione difficile e Clark (Tyler Hoechlin) affronta Luthor faccia a faccia.

Dopo alcune interazioni preoccupanti in città, Clark (Tyler Hoechlin) è determinato a proteggere il segreto di essere Superman, compito reso difficile da Jonathan (Michael Bishop) e Jordan (Alex Garfin). Lois (Elizabeth Tulloch) riflette sul futuro della Gazette dopo che Chrissy (Sofia Hasmik) propone qualcosa di drastico.

Luthor (Michael Cudlitz) sfida Lois (Elizabeth Tulloch) a un dibattito in diretta televisiva, ma non è tutto come sembra. John Henry (Wolé Parks) e Clark (Tyler Hoechlin) devono affrontare un'ipotesi inquietante.

Lois (Elizabeth Tulloch) affronta le conseguenze del dibattito. Clark (Tyler Hoechlin) usa contro Luthor (Michael Cudlitz) le sue stesse tattiche e Jonathan (Michael Bishop) e Jordan (Alex Garfin) si preparano a un'imminente battaglia.

L'epico finale della serie: i Kent combattono con tutte le forze mentre Luthor (Michael Cudlitz) compie la mossa finale su Smallville.