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莱克斯·卢瑟在泽莫维尔买下了一家酒店，把它改造成自己的行动基地，对肯特一家展开了步步紧逼的骚扰。他被错误地关押了十七年，而这一切的源头，是露易丝在博斯·莫克西谋杀案中错误地将矛头指向了他。乔丹从卢瑟和他的手下奥蒂斯·格里沙姆与格雷琴·凯利手中救出了塞缪尔将军——格雷琴在过程中透露，“格雷琴”并不是她的真名。与此同时，克拉克在太空中与卢瑟的怪物“毁灭日”展开了殊死搏斗。这场战斗以最残酷的方式收场：毁灭日杀死了超人，将他的心脏献给了卢瑟，随后把尸体送到了肯特家门前。卢瑟将那颗心脏放入一个由莱克斯集团员工米尔顿·费恩打造的特制容器中。卢瑟和他的助手阿曼达·麦考伊正在追踪他疏远已久的女儿伊丽莎白。得知塞缪尔获救后，卢瑟吩咐奥蒂斯和格雷琴暂时低调行事。闪回画面展现了露易丝与克拉克早年相恋的时光，以及她最初为了让卢瑟入狱而付出的努力——卢瑟始终认为，那是露易丝为了阻止他搜寻氪石而设下的圈套。

拉娜·朗挡在人群面前，阻止他们靠近超人的遗体，乔丹则带着父亲的尸体飞往孤独堡垒，劳拉将他放入静滞舱中。泽莫维尔为超人的死陷入哀悼，但一些居民已经开始推断他的真实身份。乔丹想尽办法寻找父亲的心脏，试图利用氪星科技将克拉克复活。他在一次会面中当面质问卢瑟，卢瑟识破了他的虚张声势，由此推断出超人和克拉克·肯特是同一个人。当晚，乔纳森潜入卢瑟的酒店寻找心脏，莎拉则试图拖住卢瑟。乔丹追踪心脏的信号来到一个货运场，但卢瑟赶到，将他制服并亲手毁掉了那颗心脏。卢瑟随后打电话给露易丝，让她在两个儿子中选择一个活下来，但最终他放了乔丹，拉娜则找到了乔纳森并将他带回家。麦考伊告诉卢瑟，塞缪尔已经安排伊丽莎白躲了起来。肯特一家前往孤独堡垒，在静滞舱前为克拉克哀悼。

乔丹在失败中越陷越深。他没能救回父亲，没能找回心脏，整个人开始失控地向下坠落。乔纳森则在这段黑暗的日子里发现了自己从未意识到的力量。塞缪尔将军招募了约翰·亨利和娜塔莉·艾朗斯，让他们为即将到来的战斗做好准备。塞缪尔做出了一个将改变一切的决定：他给自己注射了一剂含有超人血液的国防部超级血清，然后主动引毁灭日来找他。毁灭日扭断了他的脖子，但塞缪尔的牺牲并非徒劳——他的心脏中流淌着超人的血液，这颗心脏将成为复活克拉克的关键。约翰·亨利和娜塔莉正式获得了他们的代号：钢人和星光。这一集的结尾是塞缪尔·莲恩将军的葬礼，一位老兵以英雄的方式走完了他的一生。

肯特一家正在艰难地适应一种全新的生活。克拉克在塞缪尔的心脏移植手术后活了下来，但复活的过程远非一帆风顺，他需要时间重新适应自己的身体。露易丝决定为凯尔·库欣和克莉丝·贝波操办一场临时婚礼，她需要这样一件喜事来冲淡笼罩在泽莫维尔上空的阴霾。但这场婚礼从一开始就状况百出，几乎每一步都偏离了计划。凯尔和克莉丝在混乱中依然坚持完成了仪式，这场不那么完美的婚礼反而成了小镇居民在接连失去之后难得的一次集体喘息。克拉克在恢复期间重新审视自己与家人的关系——他缺席了太多，而这场婚礼让他意识到，平凡生活中的那些不完美，恰恰是最值得珍惜的东西。

露易丝在对抗卢瑟的过程中采取了越来越大胆的行动。她不再只是调查和报道，而是主动出击，试图从根源上切断卢瑟对肯特家的威胁。乔纳森在消防站的工作和个人生活之间疲于奔命，他努力想证明自己不仅仅是一个“超人的儿子”，但现实的压力让这种平衡变得越来越难以维持。克拉克发现了一个令人不安的真相——关于卢瑟的过去，关于他为什么如此执着于摧毁这个家庭，以及关于那个被卢瑟伤害至深的女儿伊丽莎白。卢瑟的复仇并非仅仅出于对超人的仇恨，更深层的东西在驱动着他：一个父亲被女儿抛弃后，将所有的痛苦转化成了对露易丝的刻骨恨意。

卢瑟计划将莱克斯集团的总部迁往泽莫维尔，这不仅是一个商业决定，更是一种宣示——他要让肯特一家无处可逃。但拉娜站了出来，作为泽莫维尔的市长，她公开反对卢瑟的迁址计划，成为了小镇抵抗卢瑟的第一道防线。莎拉面临着一个艰难的人生抉择，她必须在两条截然不同的道路之间做出选择。克拉克与卢瑟进行了一次面对面的对峙——这是两个宿敌之间最直接的一次交锋，没有战衣，没有旁观者，只有两个人之间积累了十几年的仇恨。与此同时，乔丹和乔纳森都在经历着各自的蜕变。乔丹的力量在持续增长，而乔纳森则在一次意外中发现了自己身上的某种变化。

泽莫维尔镇上发生了一些让克拉克深感不安的事情。有人开始怀疑克拉克·肯特和超人之间的关系，这种怀疑像野火一样在小镇上蔓延。克拉克拼尽全力想要保护自己作为超人的秘密，但乔丹和乔纳森的存在让这件事变得异常复杂——两个拥有超能力的少年，想要在公众视野中保持低调几乎是不可能的。一个名叫吉米·奥尔森的老朋友出现在克拉克的生活中，他的出现让克拉克重新审视了自己多年来为了守护秘密而付出的代价。在某一刻，克拉克做出了一个将永远改变肯特一家命运的决定。

卢瑟向露易丝发起挑战，要求进行一场电视直播辩论。这是卢瑟精心设计的一步棋——他要用谎言和诡辩在公众面前摧毁露易丝的信誉，把她塑造成一个为了陷害他而伪造证据的腐败记者。辩论由电视记者戈登·戈弗雷主持，露易丝必须在全世界的注视下为自己的职业生涯和个人名誉而战。但事情并不像表面上看起来那么简单，卢瑟在辩论中埋下了不止一个陷阱。约翰·亨利和克拉克面临着一个令人不安的可能性——他们最信任的盟友之一可能已经被卢瑟策反。

露易丝在辩论的余波中苦苦挣扎。卢瑟的诽谤运动正在发挥作用，公众开始质疑露易丝的诚信，甚至有人相信她当年确实陷害了卢瑟。克拉克决定用卢瑟自己的方式来对付他——以其人之道还治其人之身。与此同时，乔纳森和乔丹正在为一场即将到来的战斗做准备，他们清楚地知道，最终的决战已经近在眼前。卢瑟穿上了他的战争装甲，在泽莫维尔的矿井中找到了毁灭日。这个曾经是比扎罗超人的怪物正在试图回到属于他的世界。卢瑟抓住了它，将它进一步扭曲、强化，变成了一个更加可怕的杀戮机器。露易丝意识到，她的家人需要外界的帮助才能阻止卢瑟，于是她放下了所有的骄傲，向那些曾经被她伤害过的人寻求援助。这一集的结尾是毁灭日以它最可怕、最终极的形态回归，重重地击中了正在向露易丝表白爱意的超人。

卢瑟对泽莫维尔发动了最后的、孤注一掷的袭击，肯特一家用他们拥有的一切去抵抗。超人飞上天空，与卢瑟展开了一场最终的空中对决。毁灭日在与超人的战斗中做出了一个谁也没有预料到的选择——为了保护超人，它牺牲了自己。这个曾经被卢瑟操控、被仇恨驱动的怪物，在最后一刻成为了它一直渴望成为的英雄。克拉克战胜了卢瑟，但他也在付出代价——他的力量正在逐渐消退，那颗来自塞缪尔·莲恩的心脏正在让他变得越来越像一个普通人。剧集在战斗结束后继续向前推进，进行了一次大胆的时间跳跃：露易丝和克拉克一起老去，看着儿子们长大成人。乔丹和乔纳森终于穿上了属于他们的战衣，以“超级小子”的身份并肩作战。然而，露易丝的癌症复发了。她在克拉克的陪伴下平静地离世。又过了很多年，克拉克也走到了生命的尽头，他在来世中与露易丝重逢，两人手牵着手，走向了永恒。 全剧终。