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Dopo gli eventi della prima stagione, Mason, Nadia e Bernard si nascondono in Europa. Mentre Mason lotta con la propria identità e Nadia fugge dall'agente Aparna insieme alla figlia, Bernard si allea con l'ex agente della CIA, Hutch, per fermare Paulo Braga. Ma un segreto riaffiora quando Nadia si ritrova faccia a faccia con Frank Sharpe.

La fuga di Abby innesca una catena di eventi letali mentre Mason affronta i sicari di Manticore. Paulo e Joana perfezionano la loro arma mentre danno la caccia a Mason. Bernard e Hutch cercano di riunire il gruppo. Dopo un violento scontro con Nadia, Mason chiede aiuto a un vecchio nemico e scopre l'oscuro segreto di Bernard.

Mentre il piano di Paulo prende velocità, Mason e Nadia sono costretti a una difficile alleanza. Insieme a Bernard, Hutch, Celine e Frank Sharpe, mettono in atto una missione audace per scoprire l'identità di un misterioso hacker, l'unico in grado di fermare una catastrofe globale.

Dopo aver scoperto la vera identità di Edison, la squadra si concentra su un gala esclusivo dove è prevista la comparsa del loro obiettivo. Ma mentre la tensione tra Mason e Nadia raggiunge il punto di rottura e i nemici si avvicinano, una decisione azzardata minaccia di far saltare l'intera missione.

Mason e Dahlia danno il via a un rischioso scambio di prigionieri per negoziare il rilascio di Abby. Ma mentre l'instabilità di Mason minaccia di far saltare il piano, entrambe le parti lottano contro il tempo per concludere l'accordo, e una rivelazione scioccante di Abby cambia ogni cosa.

Mentre Joana accelera il piano per assassinare il presidente russo al vertice del G8, Mason e Nadia portano Abby in un rifugio sicuro in Scozia. Ma quando scoprono l'atroce verità su ciò che è stato fatto ad Abby, si innesca una devastante catena di eventi.

Gli agenti di Citadel lottano contro il tempo per impedire l'assassinio del presidente Aronov al vertice del G8, dove Joana mira a prendere il controllo dei satelliti russi. La squadra deve intraprendere una pericolosa missione di infiltrazione e affrontare scelte impossibili e letali in uno scontro finale.