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Após a 1ª temporada, Mason, Nadia e Bernard se refugiam na Europa. Enquanto Mason busca sua identidade e Nadia foge de Aparna com a filha, Bernard se alia a Hutch, ex-agente da CIA, para deter Paulo Braga. Um segredo surge quando Nadia enfrenta Frank Sharpe.

A fuga de Abby desencadeia eventos mortais enquanto Mason luta com assassinos da Mantícora. Paulo e Joana avançam com sua arma enquanto caçam Mason. Bernard e Hutch correm para reunir o grupo. Após um confronto violento com Nadia, Mason busca ajuda com um velho inimigo e descobre um segredo obscuro de Bernard.

À medida que o plano de Paulo acelera, Mason e Nadia são forçados a criar uma aliança nada confortável. Junto com Bernard, Hutch, Celine e Frank Sharpe, o grupo monta uma missão ousada para descobrir a identidade de um hacker misterioso que é crucial para impedir uma catástrofe mundial.

Após extrair a verdadeira identidade de Edison, a equipe vai a um baile de gala onde seu alvo deve aparecer. Quando a tensão entre Mason e Nadia atinge o limite e os inimigos se aproximam, uma decisão tomada por conta própria ameaça destruir toda a missão.

Mason e Dahlia preparam uma troca de prisioneiros arriscada para negociar a soltura de Abby. Mas o colapso emocional de Mason ameaça colocar o plano em xeque, e ambos os lados correm para executar a troca, levando a uma revelação chocante de Abby que muda tudo.

Enquanto Joana acelera o plano de assassinar o presidente russo na Cúpula do G8, Mason e Nadia levam Abby a um esconderijo na Escócia. Mas quando eles descobrem a terrível verdade sobre o que foi feito com Abby, uma devastadora cadeia de eventos se inicia.

Os agentes da Citadel correm para evitar que o presidente Aronov seja morto pela Joana na Cúpula do G8, onde ela planeja controlar os satélites russos. A equipe precisa executar uma perigosa missão de infiltração e enfrentar escolhas impossíveis e mortais em um confronto final.