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Takuma si presenta alle pendici del monte Asama per interpellare i membri del laboratorio Saotome su fatti che gli hanno sconvolto la vita anni prima, ma mentre cerca un modo per entrare nel laboratorio si trova davanti un Getter Robo che sta per essere attaccato da un nemico ignoto.

Takuma e Baku sono invitati al laboratorio Saotome da Hayato, che riconosce il loro valore dopo che il giovane è riuscito a pilotare un Getter senza alcun addestramento, e vengono assegnati al team che piloterà il Getter Robo Arc.

Il laboratorio Saotome lancia la squadra Getter D2 per intercettare i nemici misteriosi apparsi da un varco nello spazio, ma quando si dimostrano essere avversari troppo ostici viene deciso di far intervenire il Getter Robo Arc, anche se i suoi piloti sono inesperti.

Takuma, Baku e Kamui incontrano degli spettri che li portano nei sotterranei del laboratorio Saotome, dove avranno una visione degli eventi risalenti a 19 anni prima e che li hanno portati nella situazione attuale.

Un mostro insettoide nemico si è infiltrato nel laboratorio Saotome e inizia a trasformare i ricercatori in zombi che cercano il Getter Dragon nelle profondità della terra. Takuma, Baku e Kamui dovranno respingere il nemico affrontandolo in scontri a fuoco ravvicinati.

Le forze alleate mandano un'ispettrice a esaminare il nuovo team Getter, ma lo Stoker 01 alle Hawaii minaccia la flotta presente nel Pacifico mentre Takuma, Baku e Kamui sono inviati in missione speciale da Hayato nelle profondità dell'oceano.

Il team Getter arriva nell'Impero dei dinosauri dove è accolto dall'imperatore Gore III, che annuncia l'alleanza stretta con il laboratorio Saotome per lanciare il contrattacco contro gli Insecter. Nel frattempo un Getter nero compare in vari punti del pianeta.

Takuma, Baku e Kamui continuano a difendere l'Impero dei dinosauri dall'assalto dei nemici, ma il giovane sauriano non è completamente in forma e commette un errore in battaglia, così i suoi due compagni interrogano il professor Han sul passato di Kamui.

Il Regno di Andromeda scopre che il Getter Arc è tenuto nascosto dai sauriani negli abissi marini e lancia un attacco all'Impero dei dinosauri proprio mentre Takuma, Baku e Kamui si stanno preparando a entrare nel portale che li condurrà attraverso lo spaziotempo.

Arrivati su un altro pianeta nel lontano futuro, il team Getter incontra Musashi che li accoglie sulla corazzata spaziale Getter e spiega loro il destino e la battaglia affrontata dall'umanità nel corso dei precedenti millenni guidati dal Getter Emperor.

Il team Getter prende d'assalto l'astronave nemica dove si nasconde il perfido McDonald, ma Kamui deve scendere dal Getter Arc per disattivare una barriera e far passare il robot e quindi si trova ora completamente da solo in territorio nemico.

Kamui torna sulla Terra dal suo viaggio nello spazio e decide di rubare il trono al fratello per fermare l'umanità dopo aver visto come si evolverà in futuro guidata dal Getter Emperor. Nel frattempo, Takuma e Baku sono ancora dispersi nel cosmo.

Il laboratorio Saotome è preso d'assalto dai sauriani guidati da Kamui, che intende distruggere il Getter Dragon, ma Takuma fa ritorno sulla Terra assieme al Getter Arc dove lo trova ad attenderlo il BUG pilotato dall'amico.