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19年前の大戦終結から復興もおぼつかない地球。早乙女研究所とゲッター線の研究を受け継いだ神隼人は謎の敵から地球を守るためD2部隊を組織していた。強力な敵を前にD2は苦戦。新たなるゲッターロボ・アークは完成していたが、それに見合った能力を持つパイロットは、まだカムイ一人しかいなかった。パイロットはあと二人必要だった。一方、母の仇を追う流拓馬は手掛かりを追い、相棒の山岸獏と共に早乙女研究所を目指していた。

隼人は拓馬と獏に対して、カムイとともにアークに乗るのが彼らの運命であると告げる。翌日、さっそくアークの操縦訓練に臨む拓馬たちだが...。

迫り来る敵の大軍団に向けて出撃したものの、相手のワナにはまってしまうD2部隊。隼人から出撃の許可を受けた拓馬たちは、初めての戦いに挑む。

戦いの後、眠れない夜を過ごす拓馬は、研究所内で奇妙な老人の姿を見かける。一方その頃、出撃したD2隊員の身体に思いがけない異変が襲いかかる。

侵入した蟲(むし)によって混乱に陥る早乙女研究所。蟲を操る女王蟲が旧研究所の深部を目指していることを知った拓馬たちは、アークに乗り込む。

連合軍がハワイ沖にある敵の巨大転位ゲートに大規模な攻撃を行うも失敗。隼人から極秘任務を受けた拓馬たちは、ゲッターカーンで海中を進んでいた。

拓馬、カムイ、獏が着いたのは恐竜帝国だった。かつて敵対した地上の人類とハチュウ人類はアンドロメダ流国の脅威の前に手を結んでいた。恐竜帝国のハン博士の協力により〝ジュラ・デッド作戦〟の準備が進められる中、アークを欠き、苦戦を強いられる地上の連合軍。だが、その穴を埋めるかのように正体不明の〝黒い真ゲッター〟が戦場に現れ連合軍を掩護する。恐竜帝国に着いて以来、無理してゴールⅢ世にかしずいているように見えるカムイ。拓馬はその真意をおもんばかる。

〝ジュラ・デッド作戦〟が発動するまで恐竜帝国の指揮下に組み込まれ戦うことになったアークチーム。不満はあるがカムイの真意も気になり、命令に従うしかない拓馬。一方、橘翔は〝黒い真ゲッター〟の正体を確認するため戦場に赴く。恐竜帝国では〝ジュラ・デッド作戦〟の成功を祈願して出陣式を行うことに。ハン博士からカムイの過去を聞かされた拓馬は、カムイとカムイの母が気兼ねなく堂々と逢えるよう一計を案ずる。

アンドロメダ流国の襲撃を受けるマシーンランド。コーメイのナノマシン体が潜入し、拓馬、カムイ、獏の前に立ち塞がる。神隼人は〝ジュラ・デッド作戦〟の即時敢行を決意する。拓馬と獏が掩護するなか、決死の思いでアークに急ぐカムイ。蟲軍の猛攻に満身創痍のゲッター同盟軍。ハン博士が開発した転位装置ゾルドが破壊されれば亜空間の先にアークを送る方法は無くなる。ゾルドに迫る蟲軍。その前に〝黒い真ゲッター〟が現れる。

砂漠が広がっていた。時空転位は成功したのか？ アークの前にヘリ部隊を引き連れた巴武蔵が現れ、状況を確かめる間もなく蟲軍が出現。拓馬たちは〝異星の聖戦〟の真っ只中に送られたことを理解する。冷血極まりない武蔵の行動に戸惑いを隠せない拓馬たち。武蔵の母船に招かれた拓馬たちはゲッターの進化がもたらした恐るべき宇宙の歴史を知らされる。アンドロメダ流国の潜伏部隊をあぶり出すために無差別砲撃を開始する武蔵。迷いを振り切り、拓馬たちはアークを駆る。

惑星ダビィーンから脱出したアンドロメダ流国の宇宙船には拓馬の母の仇・マクドナルドが乗っていた。百鬼帝国の残党であるマクドナルドにとって〝ゲッター〟はブライ大帝の仇であり、アンドロメダ流国にとって〝ゲッター〟は宇宙を蹂躙する悪の元凶だった。必ず斃す！　それぞれの思いをのせ、遂に直接対決が始まる。宇宙船のゲートを開けるため単身潜入したカムイはマクドナルドと対峙し、思わぬ取り引きを持ち掛けられる。

アンドロメダ流国との戦闘の最中、宇宙空間ではぐれたカムイ。一方、敵の自爆から逃れるため、アークで行先もわからない転位ポイントに飛び込んだ拓馬と獏は不思議な空間を漂っていた。カムイ、獏、拓馬……。同じ未来を視ながら、それまでの因縁によって異なる道を選択する三人。アンドロメダ流国の進撃が止まり、閉鎖された早乙女研究所で彼らの帰りを待つ神隼人。共通の敵が倒れれば、相容れることのない思いの先に、新たな衝突が起こることを隼人は予見していた。

地球に戻ったカムイはゴールⅢ世を影から操り恐竜帝国を掌握した。世界中に出現したマシーンランドが地球をハチュウ人類が暮らせる環境に造り変えていく。カムイは地底に眠る〝ドラゴン〟を押さえるため、隼人が待つ早乙女研究所を襲撃する。遅れて地球に戻った拓馬は現状を知り、カムイが乗る最終兵器バグを追う。瓦礫となった都市の上空で対峙する拓馬とカムイ。共に平和を望みながらも因縁の果て、戦うことしか出来ない両者。避けられない戦いの果てに待つものは……?