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Dopo che i fondi per la loro gita scolastica vengono rubati, Yuichi del e i suoi quattro migliori amici vengono rapiti da Manabu, un personaggio surreale di un anime inquietante. Il dispettoso Manabu sfida gli studenti a una serie di giochi mentali che i cinque devono decifrare e superare in astuzia per riconquistare i fondi, scoprire il ladro e saldare un debito misterioso.

Yuichi e i suoi amici raggiungono la fine del gioco, scoprendo dimensioni di inganno nel Tomodachi Game che non avevano immaginato.

Gli oscuri segreti vengono svelati mentre il secondo gioco, Sugoroku, continua. Yutori è devastata quando viene rivelato un episodio traumatico del suo passato, che la porta a sospettare dell'unica altra persona che lo sapeva: Shiho.

Responsabile del furto dei fondi della classe, dell'iscrizione al Tomodachi Game e dell'esposizione di tutti i segreti degli altri, Tenji ora cerca di allontanare Shiho dagli altri in modo che possa averla tutta per sé.

Shibe vacilla per l'accusa di aver ucciso una persona. Nonostante sostenga di non aver mai fatto una cosa del genere, perde la fiducia del pubblico e viene spinto al primo posto.

Messo all'angolo dal piano di Yuichi, Tenji è costretto a confessare di averli iscritti al Tomodachi Game. Yuichi spiega le trappole che ha preparato per eliminare il traditore e rivela che aveva manipolato il gioco sin dall'inizio.

Dopo aver passato il secondo gioco, Yuichi e Tenji si ritrovano intrappolati in una grotta buia per tre giorni. Durante il loro isolamento, Tenji fa la scioccante rivelazione di aver già partecipato al Tomodachi Game in passato.

Inizia il terzo gioco, Nascondino dell'amicizia. Il gruppo rivale K, sostenuto da un apparente stratega "geniale", ha un netto vantaggio numerico.

Yuichi, che non ha lasciato il punto di partenza nei due giorni dall'inizio del gioco, annuncia improvvisamente il suo desiderio di passare al Gruppo K. I membri del Gruppo K, perplessi, chiedono al loro Capitano di decidere se farlo entrare o meno.

Yuichi riesce a consegnare del cibo a Tenji. Dopo essere stata spinta giù dal dirupo, Maria si avvicina lentamente ai suoi salvatori Hyakutaro e Chisato, ma anche questa è una trappola tesa da Yuichi per distruggere le amicizie nel Gruppo K.

Con il "vero genio" Kei che controlla le cose nell'ombra, il Gruppo K riesce a trovare Tenji. Di fronte alla "cosa peggiore che sarebbe potuta accadere", Tenji fa una telefonata a un certo individuo.

Con le circostanze intorno alla scomparsa di Shiho e all'arresto di Shibe ancora poco chiare, un misterioso individuo dichiara un nuovo gioco che richiede la partecipazione di Yuichi e minaccia la vita di Yutori.