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Luna, Otis, Champ e Haggis trovano casa con nuovi amici umani e aiutano una speciale compagna aliena a fuggire da un laboratorio sospetto.

Mentre i cuccioli cercano di ritrovarsi, Andre, Emma, JJ e Tori scoprono dispositivi di tracciamento nascosti e indagano sull'origine dei loro poteri.

Champ conduce il branco verso l'osservatorio dopo aver percepito che Zeta è in pericolo, ma prima i cuccioli mettono alla prova le loro capacità durante un incendio.

Nel giorno dell'anniversario del celebre avvistamento UFO della città, le imprese dei cuccioli finiscono sui giornali mentre un cane misterioso li osserva da lontano.

Il branco segue Shepherd alla fattoria, dove alcuni mentori animali aiutano i cuccioli ad affinare i loro superpoteri attraverso difficili prove di addestramento.

Emma, JJ e Tori esaminano con Andre gli appunti del nonno per trovare il branco. Alla fattoria, i cuccioli cercano intanto di sfuggire a Rocco e alla sua squadra.

JJ e gli amici decifrano messaggi nascosti nelle onde sonore e scoprono nuovi segreti dell'osservatorio, mentre Rocco continua a inseguire i cuccioli.

Dopo essersi avvicinato troppo a Zeta, Rocco subisce una strana trasformazione. Ragazzi e cuccioli escogitano quindi un piano per entrare di nascosto nell'osservatorio.

Le condizioni di Zeta peggiorano e il tempo stringe. La sorellina di JJ potrebbe essere la chiave per riunire Zeta con la sua famiglia.