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In un vicino futuro, buona parte del mondo è stata sommersa dagli oceani. In cerca di un tesoro misterioso lasciato da sua nonna, Natsuki ritrova un'umanoide di ultima generazione, quasi indistinguibile da un essere umano.

Tornata da Natsuki, Atri non vede l'ora di rendersi utile, ma non fa che combinare disastri e sembra aver perso gran parte dei suoi ricordi. Di una sola cosa è certa: Nonko le ha lasciato un compito importante e lei deve portarlo a termine.

Natsuki si decide ad accompagnare Atri a scuola, dove la situazione si rivela molto diversa da come l'aveva immaginata. Per la prima volta Natsuki si trova a riflettere su come la comunità conviva con l'esito del disastro.

Natsuki è determinato a creare un generatore sfruttando il moto delle onde. Nel corso del progetto finisce per scontrarsi con Ryuuji. Riusciranno a superare i contrasti e riportare la luce nella scuola?

Catherine è tornata, ma sembra che anche altre persone abbiano preso di mira Atri. Per la misteriosa detective si presenta così l'occasione di redimersi e forse anche di fare i conti con il suo passato.

L'atmosfera è cambiata ora che Natsuki è un professore e si occupa del servizio di salvataggio. Il suo alone di mistero, però, incuriosisce gli studenti, determinati a scoprire di più sul suo passato.

Natsuki da piccolo aveva già incontrato Atri e se n'era innamorato? Così sembrerebbe, ma il ragazzo preferisce non fidarsi dei suoi ricordi conclusi. L'androide, intanto, gli propone di andare a fare un giro insieme.

Natsuki sembra avere la testa fra le nuvole. Interrogato da Minamo e gli altri, con riluttanza confessa di aver baciato Atri in mare.

Dopo aver letto il diario di Atri, Natsuki è travolto dai dubbi. Nel frattempo, vengono a galla oscuri segreti sul passato dell'umanoide.

Natsuki e Atri affrontano Yasuda, determinato a dimostrare che l'umanoide è un pericolo e va eliminata. Nel frattempo, il diario che l'uomo ha consegnato a Natsuki svela il passato di Atri, insieme alla verità sui suoi sentimenti

Natsuki e Atri si sono felicemente riconciliati e si preparano a intraprendere un passo importante per il futuro di tutti. Ma proprio quando le cose sembrano finalmente volgere al meglio, Atri comincia a comportarsi in modo strano.

Atri's last order that was given to her by the capsule was to go to Eden. However, Natsuki and the rest are perplexed by the incomplete set of instructions and don’t know where to even start looking.

Only three days remain. Atri decides to become a part of Eden's system, and the clock ticks on for Natsuki who decides to spend his life looking for a way to save Atri.