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在不远的未来，不明原因的海平面上升导致大面积地表被海水淹没。生活在一个海边小镇上的斑鸠夏生，被一位神秘的女子凯瑟琳引诱，寻找海洋地质学家祖母家中的宝藏。某天，他乘坐潜水艇潜入海底时，遇到了一个神秘的胶囊，胶囊中沉睡着一名少女。她是一个与人类几乎无异的精巧的人形机器人。

“我会成为主人的腿。”原本交给凯瑟琳的亚托莉，回到了夏生身边。亚托莉信誓旦旦地说要支持主人，但却背着夏生掉到海里，还搞砸了早饭，简直像个废柴一样。亚托莉努力回忆起从乃音子那里收到的重要命令，但……

在夏生的陪同下，亚托莉开始上学了。然而，校园大部分都被水淹没了。他们好不容易进入了校舍，发现这里几乎无法称作学校，教室空荡荡的，还有一位出人意料的老师。在学校里，夏生了解了留在镇上的居民们的悲惨现状。

决定利用潮汐来制作潮汐发电机的夏生，再次潜入海中寻找材料。从龙司家的工厂带回树脂后，他立刻开始了制作工作。随着工作的进行，夏生和龙司产生了激烈的分歧，幸好有亚托莉的调解，两人的关系逐渐变得更加密切。与此同时，学校外面有一个可疑的人影正在窥探着他们的一举一动……

如果把亚托莉卖掉，就能换到电池。然而，对于夏生来说，亚托莉早已不再只是一个单纯的人形机器人。在码头，夏生陷入了深深的思考，他望向大海，却发现凯瑟琳正漂浮在水中。夏生无奈地和亚托莉一起将醉醺醺的她救了上来。然而就在这时，寂静的船内传来了枪声。

夏生的生活因为担任教师和接受打捞委托发生了巨大的变化。“学校点亮了电灯”的传闻也吸引了学生们回来，校园逐渐恢复了活力。随着生活的改变，夏生的表情也愈加丰富起来。然而，看到这一切的龙司等人觉得其中必有隐情，开始暗中调查。

夏生的初恋对象，真的是亚托莉吗？那段美好的童年记忆正逐渐被新的情感取代。尽管夏生不愿意承认，但眼前的事实让他不得不面对这个现实。然而，夏生依然拼命地否认这一切。同时，凯瑟琳对亚托莉的未来提出了疑问。像人类一样生活的亚托莉，她的未来将会如何呢？

无论做什么，夏生都显得心不在焉，样子有些奇怪。被水菜萌等人追问后，夏生无奈地坦白了自己和亚托莉接吻的事情。夏生无法完全接受亚托莉既是人造人，又是自己初恋的事实。就在这时，水菜萌对他说了一番话……

夏生无意中看到了亚托莉摊开的日志。日志中毫无感情地写着亚托莉作为仿生人机械地执行夏生所期望的行为的记录。本能地排斥着亚托莉，夏生对一切都失去了信任。就在此时，他收到了一封信，那是一份揭示亚托莉这个仿生人真相的报告。

夏生急忙赶到遍体鳞伤的亚托莉身边。然而，安田的目标从亚托莉转向了夏生。在安田不断的折磨下，夏生也逐渐变得伤痕累累。面对安田单方面的暴力，亚托莉终于忍无可忍，决定……

夏生决定回到科学院研究仿生人。在整理船只以将打捞工作托付给龙司的过程中，他看到了亚托莉放在床上印着“YES”字样的枕头，脸顿时红了起来。夏生虽然感到无奈，但还是与亚托莉谈论未来，希望重新审视两人的关系。

休眠舱传达给亚托莉的最后命令是前往“伊甸”。然而命令并没有给出伊甸的具体地点，让夏生等人感到十分困惑。于是他们只能在无边无际的海上盲目搜索。在这毫无进展、几乎绝望的状态下，凛凛花发现的一个线索让夏生想起了某段回忆。

只剩下三天。决定融入“伊甸”的亚托莉，以及为了拯救亚托莉而行动的夏生，有限的时间在不断流逝。