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L'Animal Liberation Alliance, un gruppo terroristico, irrompe in un istituto di ricerca e porta via una scimpanzé incinta. Quindici anni dopo, Charlie, lo Humanzee metà essere umano e metà scimpanzé nato quella notte, si iscrive alle superiori. Fa amicizia con Lucy, ma i due non sanno quanto sia fragile la pace che stanno vivendo.

L'ALA attacca New York, uccidendo parecchie persone in un attentato. Quando riemerge la notizia del legame di Charlie con l'ALA, la città nutre dei sospetti sul suo rapporto coi terroristi. Impassibile, Charlie va a scuola come al solito, senza accorgersi di ciò che l'ALA ha in serbo per lui, mentre un uomo misterioso avvicina Lucy.

Lucy fa visita a Eva, la scimpanzé che ha partorito Charlie, all'Istituto di Primatologia Kornberg. Lì fa la conoscenza del dottor Fowler, che le svela alcuni segreti sulla nascita di Charlie. In seguito va a cena dalla famiglia di Charlie e Hannah festeggia la prima amicizia del figlio, ignara che i membri dell'ALA siano in agguato.

Charlie sparisce improvvisamente. Mentre Bert e Hannah lo cercano ovunque, Charlie affronta con pacatezza Rivera, Lippman e Min Soo dell'ALA. Dà loro un ultimatum e le cose sembrano procedere verso una soluzione pacifica finché Rivera non compie un gesto drastico.

Charlie è stato rimesso in libertà con l'aiuto della deputata Dafne M. Linares, il cui programma è incentrato sui diritti degli animali.Al suo ritorno a scuola, l'accoglienza calorosa che gli era stata riservata è stata sostituita da sdegno e calunnie.Nonostante ciò, Lucy fa progressi nell'ottenimento dei diritti civili di Charlie.

Charlie torna nuovamente virale per aver interrotto una rissa tra Ozzy e Gail, uno studente e attivista.Anziché ringraziarlo, Gail chiede a Charlie perché non abbia più a cuore i diritti degli animali. Deluso dal suo atteggiamento, Gail racconta in diretta di sentirsi impotente quando riceve un misterioso invito.

Gli studenti si fanno prendere dal panico mentre un uomo mascherato trasmette in diretta la sparatoria alla Shrews High. Il vicesceriffo Philip Graham irrompe nella scuola, ma rimane scioccato nel vedere Charlie salvare i feriti.Nel frattempo, Lucy si trova faccia a faccia con l'attentatore mentre questi prepara un messaggio per Charlie.

L'indignazione dovuta alla sparatoria porta a un aumento del numero di attacchi ai vegani e agli attivisti in tutto il Paese.Con l'intensificarsi del sentimento anti-ALA, le informazioni errate che vedono Charlie proteggere l'attentatore destano sospetti sul suo rapporto coi terroristi e portano a uno scontro con gli abitanti del posto.

Lucy s'imbatte nel vicesceriffo Phil e gli racconta la verità sull'incidente avvenuto dieci anni prima. Mentre Phil dubita dell'opinione che ha di Charlie, Hannah avverte un cambiamento nel figlio.Quella notte, Lucy e Charlie si scambiano messaggi come al solito. Tuttavia, l'insolita risposta della ragazza desta dei sospetti.

Charlie va da solo a salvare Lucy, che è stata rapita. Dopo aver affrontato i membri armati dell'ALA, Charlie trova Lucy con Rivera.Felice di incontrarlo, Rivera racconta a Charlie la verità sul raid dell'ALA in cui Eva è stata salvata quindici anni prima e la sua connessione col dottor David Grossman, il padre biologico di Charlie.

Dopo avere salvato Lucy, Charlie torna a casa propria e la trova avvolta dalle fiamme. Nonostante si precipiti a salvare i suoi genitori, ormai è troppo tardi.Resosi conto che la loro morte è sospetta, Charlie scompare nel bosco per evitare l'arresto. Segue una caccia all'uomo, mentre le autorità scoprono che anche Rivera è sparito.

Rimasto orfano, Charlie viene adottato dal vicesceriffo Phil e da Grace, sua moglie. I tre iniziano una nuova vita insieme, nonostante il clamore mediatico e la sospensione imposta a Phil per aver protetto Charlie. Tuttavia, ci sono altri cambiamenti in vista per Charlie quando degli esami medici indicano una trasformazione in corso.

Mentre Charlie tenta di tornare alla normalità, il Paese inorridisce nell'apprendere l'ultima atrocità dell'ALA.Charlie sembra non darvi peso, però, e va a trovare Eva, la sua madre biologica, che è in punto di morte. Quando Lucy trova un modo per aiutare Eva a comunicare, il suo ultimo messaggio per Charlie lascia tutti sotto shock.