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1213年、イラン東部の都市トゥース。母を亡くし、故郷からも遠く引き離された幼い少女シタラは、学者一家の心優しい奥方・ファーティマに拾われる。最初は故郷に帰るために勉強を嫌がり逃げ出そうとしたシタラだが、ファーティマの息子で学者を目指すムハンマドから「賢くなれば、どんなに困ったことが起きたって何をすれば一番いいのかわかる」と勉学の大切さを教えられ……。

ムハンマドが故郷を旅立って8年後。モンゴル帝国の第四皇子トルイ率いる軍が、シタラたちが暮らす都市トゥースにまで侵攻。屋敷を急襲したトルイは、ファーティマが大切にしていた写本「原論」を奪い、街を焼き討ちに。モンゴル軍の捕虜となり絶望の淵に突き落とされたシタラのもとに、モンゴル軍の通訳を行う少年シラが接触してくる。

シラは自らの出世のため、教養があるシタラをトルイに紹介したいと訴える。シタラは「原論」が奪われファーティマが殺された理由を知り、大切な「原論」を取り戻すことだけが自分にできることだと悟る。それは、自分からすべてを奪ったモンゴル帝国への復讐の狼煙でもあった。トルイに謁見したシタラは自らを「ファーティマ」と名乗る。

トルイの正妃ソルコクタニの元で「原論」の指南役となったシタラは激しい憎悪を抱えながらも、表向きは従順な側近を演じながら機をうかがう。数年が経ち、すっかりソルコクタニの信用を取り付けた折、皇帝チンギス・カンが崩御する。政治体制が大きく変わるなか、シタラに思いもよらぬ命令が下る。

ソルコクタニの密命を受け、対立の火種になりうる第二皇子チャガタイの動向を探ることになったシタラ。シラの協力もあり、無事に手はずを整える。だがその矢先、偶然持っていた「ジャダ石」をきっかけに第三皇子オゴタイの第六妃ドレゲネに窃盗の嫌疑をかけられ、追及されてしまう。

モンゴル帝国に恨みを持つシタラを信頼し、自らの哀しい過去を語り始めるドレゲネ。遡ること25年前。年の離れたメルキト族の長・ダイルに嫁いだドレゲネは、ダイルの娘クランたちと心を通わせる。だが平和な日々もつかの間、チンギス・カン率いるモンゴル族に襲撃され、ダイルはある決断を下すのだった。

シタラはドレゲネと結託し、モンゴル帝国に復讐の嵐を起こすことを誓う。ドレゲネはモンゴル皇帝(大カアン)であるオゴタイの妻としての立場を利用し、総会議（クリルタイ）に参加して情報収集を行う。ドレゲネから新たな戦争の作戦を聞いたシタラは、権威を持つオゴタイと、軍事力を持つトルイとの間に不和を起こそうと画策する。

読み書きの能力を買われて書記官の仕事を手伝うことになったシタラは、オゴタイの第四妃モゲの仲介で第一皇后（大カトゥン）のボラクチンに謁見。病身のボラクチンを見たシタラは、これまで得た知識を使ってその原因と治療法を言い当て、懐に入り込むことに成功。モンゴル帝国を内部分裂させる計画を水面下で進め始める。

モンゴル帝国と金国が開戦。敵軍15万に対し、たったの4万で挑んだトルイ率いるモンゴル軍だったが、「巻き狩り」で大金星を収める。領土をさらに拡大し、ますます栄華を極めるモンゴル帝国。その最中、ドレゲネに異変が。シタラを避けるようになり、ある夜「私の天幕に来ないように」と言い渡す。不審に感じたシタラは密かに様子を見に行くが……。

急な病に倒れたオゴタイの回復を願う祈祷の後、身代わりになったかのようにトルイに不測の事態が起きてしまう。帝国の軍事力、権威、知識がオゴタイ家に一極集中するなか、シタラはドレゲネとの誓いを守るため、ボラクチンの謀略で窮地に陥った彼女を助けるべく奔走することになる。

明らかになる、ボラクチンの過去。扱い方次第で薬にも猛毒にも変わる石を手に入れた彼女は、その効果を調べるため自らの身を実験台にしていた。すべては夫であるオゴタイの障害を取り除くため──。そして現在。ボラクチンの謀略で窮地に陥ったドレゲネを助けるべく奔走するシタラは、ドレゲネとオゴタイの息子グユクと出会う。

シタラに心を動かされ、グユクとの政略結婚を断るソルコクタニ。提案者であり、トルイ家を完全に手中に収めようとするボラクチンの思惑を見事にかわしてみせる。一方、ドレゲネのゆくえを探し続けるシタラはついに手がかりを見つけ──。時を同じくして、シタラを呼び出したオゴタイはある勝負を持ちかけるのだった。