すべてのエピソード

ジョン・シェパード中佐とそのチームは、テイラ・エマガンを救出するため、マイケルの施設の瓦礫の下に閉じ込められてしまう。サマンサ・カーター大佐は救出隊を救出するためにチームを派遣するが、彼らはマイケル・ケンモアもまた生存者を求めて惑星中を捜索していることを知る由もなかった。

謎の異星生物がジェニファー・ケラー博士を宿主として取り込んだとき、蘇生したばかりのカーソン・ベケット博士とクルーは、進化を続ける侵入者がアトランティスに侵入する前に、彼女を救うための血清を必死に探し求める。一方、リチャード・ウールジーは、サマンサ・カーター大佐の後任としてアトランティス探検隊のリーダーに選ばれ、正式にチームに加わる。

ロノン・デックスはタイアに捕らえられ、タイアはレイスの一員としての地位を維持するために彼をレイスに引き渡そうとする。しかし、取引が失敗に終わり、タイアが死んだと思われた時、アトランティス探検隊はタイアを説得し、友人を取り戻す。一方、レイスはロノンをレイスの信者へと変えてしまう。

アトランティス探検隊は、宇宙空間を漂流する放棄された宇宙船ダイダロス号を偶然発見する。ジョン・シェパード中佐率いるチームが調査に向かうと、船は忽然と姿を消してしまう。彼らはすぐに、その船が実は別次元のダイダロス号であることを突き止め、自分たちの宇宙へ戻る方法を見つけなければ、見知らぬ世界に永遠に取り残される危険に直面する。

任務遂行中、ジョン・シェパード中佐率いるチームは、ひょんなことから謎の存在をアトランティスに持ち込んでしまう。彼らはすぐに、その存在がアスラン人に捕らえられた後に死亡したと思われていたエリザベス・ウィアー博士に他ならないことを知る。

緊急の呼び出しを受けて急遽アトランティスへやって来たジニーは、あるビデオを見せられる。映っているのはマッケイ。いつもとは明らかに様子が違い、自分の名前すらうまく思い出せないようだ。実はマッケイは未知の病で余命わずかとなり、家族に最後の別れをさせようとジニーが呼ばれたのだった。

カーソン・ベケット博士は、かつてマイケル・ケンモアが所有していた研究所を調査するチームに協力するよう要請される。しかし、彼らはすぐに、マイケルですら制御できなかった一連の実験が、チームを殺害しようと躍起になっていることに気づく。

アトランティス探検隊は、マイケルのデータベースにある実験的な遺伝子治療を用いて、レイスの摂食依存を解消する計画を立てている。しかし、レイスのリーダーであるプライマリーを説得するためには、テイラ・エマガンがハイブ・クイーンになりすまさなければならない。

ジェニファー・ケラー博士は、キリクという名のランナーに誘拐される。ロドニー・マッケイ博士とロノン・デックスが彼らを追跡する中、キリクはケラーを重傷を負った少女の元へ連れて行く。レイスがキリクを見つけ出し、彼らを追跡しているため、ケラーは急いで行動しなければならない。

ダニエル・ジャクソン博士は、反逆的な古代科学者ヤヌスが残した秘密の研究室を調査するため、アトランティスに到着する。彼らの発見は謎の異星人グループの注目を集め、彼らは都市に潜入する。一方、「トッド」と代表団は、ジェニファー・ケラー博士の遺伝子治療を届けるため、ダイダロス号で到着する。

ロドニー・マッケイ博士とダニエル・ジャクソン博士はヴァニール族に捕らえられ、自分たちの正体に関する驚くべき事実を知る。一方、「トッド」とその配下のレイスは、アテロ装置を起動させた者たちを探し出して抹殺するため、ダイダロス号を乗っ取る。トラベラーズが到着し、ジョン・シェパード中佐は、「トッド」が装置を完全に破壊する方法を見つける前に、たとえマッケイとジャクソンの命を犠牲にすることになっても、トラベラーズを惑星に送り届けなければならない。

ペガサスを旅する医師、カーソン・ベケット博士は、ある惑星にたどり着く。そこに住む村人たちは、ホッファンという薬物に汚染され、レイスによって破壊された惑星バラールからの難民だった。しかし、レイスがその惑星に現れ、村人たちに最後通牒を突きつける。バラール人を引き渡すか、さもなくば文明全体を滅ぼすか、どちらかを選べと。

ジョン・シェパード中佐率いるチームは、惑星連合との同盟締結のため招待される。しかし、チームは誤った情報に惑わされ、ペガサス銀河に対する犯罪容疑で裁判にかけられることになる。彼らが自由を勝ち取る唯一の希望は、リチャード・ウールジーの持つ経験だった。

マイケル・ケンモアはハイブリッド軍団を率いてアトランティスに潜入し、スターゲイト作戦本部と周辺階層を封鎖して、誰も奪還できないようにした。彼の計画は、テイラ・エマガンとその子供を連れ去り、ハイブリッドを完成させ、それが終わったら基地を破壊することだった。一方、ジョン・シェパード中佐、ロドニー・マッケイ博士、そしてチームは、マイケルが目的のものを持ち去る前に、街を取り戻そうと奮闘する。

国際監視諮問委員会による評価を受けている最中、リチャード・ウールジーはアトランティスにやってきたばかりの美しい科学者と出会うが、彼女は見た目とは全く異なる人物だった。一方、ジョン・シェパード中佐は、数年前に殺したと思っていた敵、すなわち宿敵であるジェニイ族の司令官アカスタス・コーリャに捕らえられ、拷問を受ける。

ロドニー・マッケイ博士は、ライバルであるマルコム・タニー博士の勝利を目撃するため、しぶしぶ地球に帰還するが、新技術が恐ろしいほどに暴走したため、危険な気象装置を停止させる手助けをしなければならなくなる。

アトランティス上空にレイス・ハイブシップが現れ、遭難信号を発信した後、ジョン・シェパード中佐のチームは、乗組員が自分たちが作り出した病気に罹患していることを発見する。

ジェニファー・ケラー博士の体は、狡猾な泥棒ニーヴァ・カソルによって意図せず乗っ取られてしまう。ニーヴァがアトランティスからの脱出を試みる一方、ケラー博士は別の惑星で死刑判決を受け、投獄されてしまう。チームは、ケラー博士が処刑される前に元の体に戻すため、時間との戦いを強いられる。

別世界のラスベガスを舞台に、刑事のジョン・シェパードは、遺体が干からびているように見える一連の奇妙な殺人事件を捜査していた。彼は間もなくエリア51に呼び出され、そこでロドニー・マッケイ博士から状況の説明を受ける。

少し前、シェパードが約束を守って自由にしたトッドから通信が入った。瀕死だった彼はイレイタス・バグの女王をエサにするという究極の治療に成功し、再びレイス同盟のリーダーに返り咲いたが、部下の裏切りにあいその座を追われたと言う。原因は以前トッドが入手したZPMだった。