전체 에피소드

마이클의 기지 붕괴로 매몰된 셰퍼드 팀을 구하기 위해 아틀란티스 구조대가 출동하지만, 현장에 마이클의 하이브 함선이 나타나면서 최악의 구출 작전이 펼쳐지는데...

외계 병원체에 감염된 켈러 박사의 몸에서 정체불명의 유기체 덩굴이 자라나 아틀란티스 기지 전체를 침식해 들어가자, 대원들은 그녀의 목숨과 기지를 구하기 위해 사투를 벌이는데...

옛 동료 둔칸에게 배신당해 레이스에게 사로잡힌 로논은 세뇌 과정을 거쳐 충성스러운 레이스의 전사로 변모하고, 셰퍼드 팀은 로논을 되돌리기 위해 목숨을 걸고 추적에 나서는데...

버려진 채 표류 중인 다이달로스호를 조사하던 탐사대는 이 함선이 alternate 차원을 이동하는 구동 장치를 탑재하고 있음을 알게 되고, 끊임없이 바뀌는 평행 우주의 위협 속에서 생존을 모색하는데...

아틀란티스의 컴퓨터 시스템에 침투한 의문의 지적 생명체가 기지 통제권을 장악하고, 그 정체가 육신을 잃고 승화를 시도했던 위어 박사와 레프리케이터 집단임이 밝혀지는데...

페가수스 은하의 변종 뇌 질환에 걸려 기억과 지능을 잃어가는 맥케이를 위해, 팀은 잠시나마 제정신을 되돌려준다는 전설 속의 성지로 그를 데려가 마지막 이별을 준비하는데...

셰퍼드와 벡켓 박사는 마이클의 폐기된 비밀 연구 시설을 조사하던 중, 안개 속에서 인간을 포식하는 마이클의 실패한 유전자 변종 괴물들과 맞닥뜨리는데...

레이스 동맹을 공고히 하기 위해 테일라는 유전자 변형을 거쳐 레이스 여왕으로 위장 잠입하고, 적진 한가운데서 아틀란티스에 유리한 협상을 이끌어내려 시도하는데...

의술 활동 중 도망자에게 납치된 켈러 박사를 구하기 위해 맥케이와 로논이 추적에 나서지만, 그녀를 쫓는 레이스 추적자 세력과 마주치며 위험한 사냥터에 휘말리는데...

다니엘 잭슨 박사가 에인션트 연구차 아틀란티스를 방문하고, 맥케이와 함께 에인션트 비밀 연구실을 찾아내지만 정체불명의 강력한 외계 세력이 침입해 기술을 탈취해 가는데...

신비한 외계 세력의 정체가 페가수스 은하에 살아남은 호전적 에인션트 분파 '아스 가드'임이 밝혀지고, 그들이 레이스를 섬멸하기 위해 작동시킨 무기가 은하 전체의 게이트를 폭발시키려 하는데...

마이클의 바이러스에 면역력을 가진 난민들을 보호하던 탐사대는 그들을 레이스에게 넘기라는 마을 주민들의 요구와 도덕적 갈등 사이에서 생존을 위한 조율에 나서는데...

페가수스 은하의 여러 행성이 결성한 '연합'에 초대받은 아틀란티스 대표단은 의외로 그곳에서 은하계를 혼란에 빠뜨린 죄목으로 전범 재판에 넘겨지는데...

마이클이 소수의 세력을 끌고 아틀란티스 기지에 비밀리에 침투하여 테일라의 아기를 빼앗고 기지를 점령하려 하자, 탐사대는 기지 내부에서 목숨을 건 반격에 나서는데...

아틀란티스 기지 주변에서 이상 현상이 발생하면서 woolsey 대표는 정체불명의 인물과 만나고, 셰퍼드는 옛 숙적에게 고문을 당하는 등 대원 각자가 극심한 환각에 시달리는데...

지구의 과학 학술회에 참석한 맥케이와 켈러 박사는 기후 조절 장치의 시연을 참관하지만, 장치가 통제 불능 상태에 빠져 학회장 전체가 빙하기로 변할 위기에 처하는데...

구원 요청을 보내온 레이스 하이브 함선에 조사를 나간 셰퍼드 팀은, 유전자 치료제의 부작용으로 함선 전체와 승조원들이 생체적으로 붕괴해 가는 기괴한 현상을 목격하는데...

에인션트의 의식 교환 장치 오작동으로 켈러 박사의 의식이 페가수스 은하의 지명수배자인 도둑 여성의 몸과 바뀌면서, 아틀란티스와 외계 행성 양쪽에서 혼란이 발생하는데...

평행 우주의 라스베이거스에서 형사로 일하는 셰퍼드는 도심 속에서 벌어지는 의문의 연속 살인 사건을 추적하던 중, 인간으로 위장해 신호를 보내려는 레이스의 존재를 파악하는데...

영점 모듈(ZPM)로 강화되어 최강의 전력을 갖춘 레이스 하이브 함선이 지구를 향해 출격하자, 아틀란티스 기지 자체가 우주로 떠올라 지구 사수를 위한 마지막 결전을 펼치는데...