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反社会組織・タンポポを殲滅し皮下 真を確保した太陽たちは、日々の任務をこなしながら平穏な日常を送っていた。そんなある日、ヒナギクの室長・不動リンがある人物を連れて夜桜家を訪れる。その人物とは、タンポポの元幹部で、葉桜実験の被害者・アイだった。タンポポ解体後、ヒナギクに保護されていたが、社会復帰を目指して夜桜家で生活することに。さっそく太陽や六美と打ち解け、笑顔を見せるようになったアイだが…!?

久々の登校のはずが、朝から災難続きの太陽。突然「開花」してしまったり、教科書の変わりに身に覚えのない雑誌が見つかって怒られたり…。さらに、新聞部から大げさに誇張された熱愛スクープが流出し、学校中に拡散されてしまう。次々と起こる迷惑な現象に頭を抱える太陽だが、その犯人に心当たりが!?コソコソと太陽の周りを嗅ぎまわる人物こそが、クラスメイトで銅級スパイの道端草助だった！太陽ばかりを狙う理由とは!?

八重の改良に必要な部品を買いに、血飛沫商店街へ出かける辛三。危険だからと太陽からの手伝いの申し出を断り、行き慣れている殺香が同行することに。その様子を見ていた嫌五と七悪は面白いものが見られると、太陽を強引に連れて辛三たちを尾行する。多種多様な商品に目を輝かせる殺香。一方、他人との交流が苦手な辛三は殺香相手にもアタフタ。緊張で今にも限界を迎えそうな辛三を見かねた嫌五と七悪は、陰からサポートする！

スパイ昇級試験の第一次試験官として現れたのは、なんと武器のスペシャリスト・辛三だった！夜桜家の登場に会場がどよめく中、一次試験の内容が発表される。３時間以内に辛三に少しでも触れれば試験通過となる鬼ごっこがスタートする！開始合図と同時に、辛三からの容赦ない攻撃が受験者たちを襲う。次々と脱落していく中、自分なりのやり方で突破口を探る太陽！辛三と太陽、互いが抱く想いを胸に真正面から刃を交える!!

二次試験を見事突破し、最終試験に進む太陽。そこには試験官として夜桜家の長男・凶一郎が待ち受けていた。暗闇の中で宙吊りにされた15人の受験者に対し、銀級受験者黒歴史全録を片手にティータイムを楽しむ凶一郎。静寂に包まれた暗闇の中で恐怖の面接が幕を開ける。ここで求められるのは冷静な心だが、受験者が悲鳴を上げながら次々と闇に消えていく。 そしていよいよ太陽の番が。凶一郎からの質問に太陽の鼓動が激しさを増す！

兄妹たちに見送られ、スパイ協会最深部に収容された皮下 真の元へ向かう太陽。そこには「開花」時のように瞳が発光し全身から桜が咲いた、変わり果てた皮下の姿があった。夢の中でつぼみに託された言葉を伝える太陽。「全てを終わらせる。私を殺してください」という言葉に、皮下はつぼみとのかつての記憶を思い起こしながら、彼女を滅ぼすための方法を太陽に話し始める。そんな中、突然、六美たちの父・百が姿を現し…!?

太陽の身体に咲く桜から万花繚乱を調べるべく、六美は太陽の身体をくまなく検査することに。兄妹たちの力を借りて全身を調べていくが、観測される太陽の能力は普段とは段違いのものだった！その三日後、すっかり元気になった太陽のもとに二刃が訪れる。パソコンを直して欲しいそうだが、不思議なエラーに太陽にもお手上げ。今後のためにも自分で直せるようになりたい二刃は四怨を頼るが、修理するだけで直し方を教えてくれず…。

二ノ前御前との戦闘から、二刃たちの様子がわずかにおかしいことを感じ取ったアイは、みんなを元気づけるためにトンカツ用のお肉を買いに行くことに！初めてのひとりでのお遣いにやる気満々のアイ。一方、心配で居ても立っても居られない太陽と六美は、変装してアイの後をこっそりつけることに。信号できちんと止まったり、手をあげて横断歩道を渡るアイの姿に六美は感動。無事肉屋に到着するが、肝心のお肉が完売していた…!!

二ノ前御前と百の関係を知るために、夜桜家の一級資料「二ノ前日記」を探す太陽たち。屋敷内を手分けして捜索するが、広すぎる屋敷から200年前の書籍を探し出すのは不可能！それを見越した六美から「夜桜屋敷大掃除大作戦」が発令される。意図のわからない石像や、同じコミックやゲーム、弾道ミサイルなど。各々の私物であふれかえる物置に、六美のツッコミが止まらない！さらに凶一郎自作の六美グッズまで大量に見つかり…!?

凶一郎が家出した!?ある朝、リビングで書き置きを見つけた太陽。そこには凶一郎の筆跡で「探さないでください」の文字が。さらに凶一郎の存在をほのめかす仕掛けが屋敷のいたるところに施されていた。その様子からいつものプチ家出だと思い、つかの間の息抜きをする二刃たち。凶一郎がいない間に、太陽も六美と出かけることに。デートを楽しむ中、太陽が人混みからただならぬ気配を感じ取る。さらに四怨から緊急の呼び出しが入り!?

凶一郎の反応を辿り、洞窟に突撃する太陽たち。そこには静かに佇む凶一郎と、横たわる歴代当主たちの姿が。その光景に驚きながらも、太陽は一緒に帰ろうと凶一郎に手を伸ばす。だが凶一郎はそれを強く拒絶し、兄妹たちの前から姿を消してしまう。 家族を傷つけ、姿を消した凶一郎に対して怒りを露わにする二刃。凶一郎を尊重したい嫌五。そして当主として気持ちを押さえつける六美。兄妹それぞれの想いが激しくぶつかり合い…!?

ついに凶一郎を見つけ出した夜桜兄妹。太陽も駆けつけ家に帰ろうと促すが、凶一郎の身体には異変が…！全身に黒い桜が発現し、初代当主・つぼみの猛毒に侵されていた。大切な家族を守るために、再び姿を消そうとする凶一郎。太陽は兄妹のサポートのもと凶一郎を追うが、相手は最強のスパイと謳われる男。埋まらない実力の差に、凶一郎の背中は遠ざかっていく。 今度は凶一郎を守るために！太陽は必死に凶一郎へ手を伸ばす!!

夜桜歴代当主に関わる一連の騒動が、愛する妻・零の復活を企む百の策略だったことが判明。歪んだ家族愛をささやきながら、百は六美たちの前から姿を消した。一方、太陽の「万花繚乱」によって救われた凶一郎は、兄妹たちの元へ帰宅。感動の再会はつかの間、家族を守るために自らを犠牲にしようとした凶一郎を反省させるべく、凶一郎の家族サービスデーが幕を開ける！長男を待ち受けるのは、弟妹たちからの容赦ないリクエスト…!?そんな折、六美に一通のメッセージ届く。

六美の指示で逃走する百を追う凶一郎と太陽。一度は太陽の拳が百を捉えるも、凶一郎と互角にやり合う百との実力差は歴然で防戦一方。さらに、つぼみの体を利用して生み出した人間を養分とする生物・桜坊が複数体出現し、太陽たちの行く手を阻む。太陽は再び攻撃を仕掛けるも、一歩届かず百を取り逃してしまう。桜坊を破壊し太陽を連れて六美のもとに引き返そうとする凶一郎に、突如スパイ協会会長・出雲 灰からの呼び出しが…。

スパイ協会内に爆弾が仕掛けられていることを知った太陽たち。爆発まで１時間弱！止められなければ、表社会まで巻き込む大事故になってしまう。さらに侵入者は職員やスパイに擬態する能力を持っており、灰を中心に金級スパイたちは協会内を手分けして探すことに。龍と辛三と一緒に太陽が訪れたのは、協会で生活する子供たちがトレーニングに励む訓練棟。龍の姿を見つけ駆け寄ってくる子供たちと会話を弾ませる龍だったが…!?

百と共に二刃と辛三が太陽たちの前から姿を消した。奪われた家族を取り戻すため体制を整える六美たちだったが、二刃と辛三の信じがたい行動に兄妹たちは動揺を隠しきれずにいた。そんなある日、四怨からお遣いを頼まれ、ガオンモールを訪れる嫌五と太陽。だが百のせいでさらに夜桜への恨みを募らせるスパイたちに囲まれてしまう。一触即発の状況で、たった一言でケンカを収める女性が現れ…!?