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消灭反社会组织蒲公英并确保皮下真后，太阳等人一边执行日常任务，一边过着平稳的生活。某一天，雏菊室长不动凛带着某个人造访夜樱家。那个人就是蒲公英前干部、叶樱实验的受害者蓝。蒲公英解体后，蓝一直受到雏菊保护，如今为了回归社会，决定在夜樱家生活。蓝很快就和太阳、六美打成一片，也渐渐露出笑容，然而……！？

明明应该是久违地上学，太阳却从一大早就灾难不断。他突然“开花”，又因为被发现带着一本自己毫无印象的杂志来代替课本而挨骂……此外，新闻部还流出了一则被夸张渲染的热恋独家新闻，并在全校扩散。太阳被接连发生的麻烦现象搞得焦头烂额，但他对犯人似乎有头绪！？那个偷偷摸摸在太阳身边嗅探的人，正是他的同班同学、青铜级间谍道端草助！他为什么只盯着太阳下手！？

为了购买改良八重所需的零件，辛三前往血飞沫商店街。太阳提出要帮忙，但辛三以太危险为由拒绝，改由熟悉那里的杀香同行。看到这一幕的嫌五和七恶觉得能看到有趣的东西，便强行带上太阳，跟踪辛三他们。杀香看着各式各样的商品，眼睛闪闪发亮。另一方面，不擅长与人交流的辛三，就连面对杀香也手忙脚乱。眼看辛三因为紧张快要到达极限，嫌五和七恶看不下去，便从暗处支援他！

作为间谍升级考试第一场考试的考官现身的，竟然是武器专家辛三！夜樱家登场让会场一片骚动，随后第一场考试的内容正式公布。只要在3小时内哪怕稍微碰到辛三一下，就能通过考试的捉迷藏就此开始！开始信号响起的同时，辛三毫不留情的攻击袭向考生们。考生一个接一个被淘汰，太阳则用自己的方式寻找突破口！辛三与太阳怀抱着各自的心意，正面交锋、刀刃相向！！

顺利突破第二次考试后，太阳进入最终考试。等待在那里的考官，是夜樱家的长男凶一郎。面对在黑暗中被吊在半空的15名考生，凶一郎一手拿着《银级考生黑历史全记录》，一边悠闲地享受下午茶。在被寂静笼罩的黑暗中，恐怖的面试拉开帷幕。这里要求的是冷静的内心，但考生们接连发出惨叫，消失在黑暗之中。终于轮到太阳上场。面对凶一郎提出的问题，太阳的心跳越发剧烈！

在兄妹们的送行下，太阳前往被收容在间谍协会最深处的皮下真所在之处。在那里，他看到的是如同“开花”时一样双眼发光、全身开满樱花，已经面目全非的皮下。太阳将梦中由蕾托付给他的话传达出来。听到“结束一切……请杀了我”这句话，皮下一边回想起自己与蕾过去的记忆，一边开始向太阳讲述消灭她的方法。就在这时，六美等人的父亲百突然现身……

为了调查太阳身上绽放的樱花与万花缭乱，六美决定对太阳的身体进行彻底检查。她借助兄妹们的力量检查太阳全身，然而观测到的太阳能力，竟然与平时完全不是一个级别！三天后，已经彻底恢复精神的太阳身边，二刃前来拜访。她似乎想请太阳修电脑，但面对不可思议的错误，太阳也束手无策。为了今后能自己修好电脑，二刃转而求助四怨，可四怨只是帮她修好，却不肯教她修理方法……

与二之前御前一战后，蓝察觉到二刃她们的样子有些不对劲，于是为了让大家打起精神，决定去买做炸猪排用的肉！第一次独自跑腿的蓝干劲十足。另一方面，担心得坐立不安的太阳和六美决定乔装打扮，偷偷跟在蓝后面。看到蓝会好好在红绿灯前停下、举起手走过人行横道，六美深受感动。蓝平安抵达肉店，然而最关键的肉却已经卖完了……！！

为了弄清二之前御前与百之间的关系，太阳等人开始寻找夜樱家的一等资料“二之前日记”。他们在宅邸内分头搜寻，但要从过于宽广的宅邸里找出200年前的书籍，根本不可能！看准这一点的六美下达了“夜樱宅邸大扫除大作战”的命令。意图不明的石像、重复的漫画和游戏、弹道导弹等等。面对被各自私人物品塞得满满当当的储物间，六美吐槽个不停！甚至还发现了大量凶一郎自制的六美周边……

凶一郎离家出走了！？某天早上，太阳在客厅发现了一张留言。上面用凶一郎的笔迹写着“请不要找我”。不仅如此，宅邸各处还设置了暗示凶一郎存在的机关。二刃等人看着这副状况，觉得这只是他一如既往的小离家出走，于是趁机短暂放松一下。在凶一郎不在的期间，太阳也决定和六美一起出门。两人正享受约会时，太阳从人群中察觉到了非同寻常的气息。紧接着，四怨又发来了紧急召集！？

跟随凶一郎的踪迹，太阳一行人冲进了洞窟。那里有静静伫立的凶一郎，以及横躺在地的历代家主们的身影。太阳虽然对眼前的光景感到震惊，但仍向凶一郎伸出手，想和他一起回去。然而凶一郎强烈地拒绝了他，并从家人们面前消失了。对于伤害家人又消失无踪的凶一郎，二刃毫不掩饰自己的愤怒。嫌五则希望尊重凶一郎的意愿。而身为当主的六美，则压抑着自己的情感。兄妹们各自的想法激烈地碰撞交织……！？

夜樱兄妹终于找到了凶一郎。太阳也赶到现场，劝他一起回家，但凶一郎的身体却发生了异变……！黑色樱花在他全身显现，他已经遭到初代家主蕾的剧毒侵蚀。为了守护重要的家人，凶一郎打算再次消失。太阳在兄妹们的支援下追赶凶一郎，但对手是被誉为最强间谍的男人。面对无法弥补的实力差距，凶一郎的背影越来越远。这一次，是为了守护凶一郎！太阳拼命向凶一郎伸出了手！！

围绕夜樱历代当家的一连串骚动，原来是百为复活爱妻零而策划的阴谋。百低语着扭曲的家族爱，从六美等人面前消失了。另一边，被太阳的“万花缭乱”救下的凶一郎，回到了兄弟姐妹们身边。感动的重逢转瞬即逝——为了让曾试图为保护家人而牺牲自己的凶一郎反省，凶一郎的家庭服务日就此开幕！等待这位长子的是弟弟妹妹们毫不留情的请求……！？就在此时，六美收到了一条消息。

凶一郎与太阳遵照六美的指示，追击逃跑的百。太阳的拳头一度击中百，但百能与凶一郎势均力敌，双方实力差距显而易见，太阳一方只能一味防守。紧接着，利用蕾的身体制造出的、以人类为养分的生物“樱坊”出现多只，挡住了太阳等人的去路。太阳再次发动攻击，却终究差了一步，让百逃走了。凶一郎破坏樱坊，准备带着太阳返回六美身边时，突然接到了间谍协会会长出云灰的传唤……

太阳等人得知间谍协会内被安装了炸弹。距离爆炸已不足一小时！一旦无法阻止，就会酿成波及普通社会的大事故。而且入侵者拥有拟态成职员或间谍的能力，以灰为中心，金级间谍们决定分头在协会内展开搜索。太阳与龙、辛三一同来到的是协会中生活的孩子们努力训练的训栋。孩子们发现龙的身影后跑了过来，龙也与他们愉快地交谈起来，然而……！？

百与共、二刃和辛三从太阳等人面前消失了。为了夺回被夺走的家人，六美等人着手整顿体制，但二刃和辛三令人难以置信的行为让兄妹们难掩动摇。就在某一天，嫌五和太阳受四怨所托前往Gaon Mall。然而，他们却被因百而进一步加深对夜樱怨恨的间谍们包围。在一触即发的局势下，一位仅凭一句话就平息了争执的女性出现了……！？