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ギデオンを刑務所送りにしてミステリーハウスは再開へ。ディッパーが謎の本の呪文を読み上げると、死者を起こしてしまいゾンビ軍団に襲われる！ディッパーたちの運命は！？

謎の本で新たな手がかりを発見したディッパーは、メイベルたちを伴ってミステリーハントへ。地下への入り口を見つけて中に入ると、そこにはシェルターが。さらに・・・。

ミニゴルフが得意なメイベル。ライバルのパシフィカと勝負をすることに！メイベルはゴルフコースで小さな人間たち（リリパティアン）を発見。ディッパーは彼らを利用する！

本の著者のものと思われるパソコンのパスワードが知りたいディッパー。三角のモンスターのビルと、ヒントをめぐる取引をするとディッパーの体はビルに乗っ取られてしまう！

女性とのデート経験がないスース。デート相手を探そうとして失敗、恋愛シミュレーション・ゲームで恋愛力を磨くことに。だがそれは3度も返品されたもので、騒ぎが起こる！

スタンは、旅人に商品を売りつけようと品物にまつわる逸話をでっちあげる。切断された手やブタのよったん…、だが旅人は何も買おうとしない。スタンは最後に謎の液体を…！

本の著者を調べ続けるディッパー。手がかりのパソコンの部品に「マクガケット研究室」とあるのを見つけたことで、ローブを着た男たち「見えない目の秘密結社」に辿り着く。

スースは誕生日嫌い。子ども時代に原因があった。それでもディッパーとメイベルはスースをレーザー・ゲームに連れていく。そこへ未来の男ブレンディンが復讐のため現れる！

メイベルは失恋したロビーにタンブリーをくっつけようとするが成功しない。そんな中、ミュージシャンのラブ・ゴッドが町へ。本物の愛の天使で、愛の秘薬を使っていた。

ノースウエスト家毎年恒例の大パーティーの前に、怪奇現象が発生。幽霊退治を頼まれたディッパーは、ノースウエスト家の人間に恨みがあるらしい、木こりの幽霊に遭遇する。

スタンがミステリーハウスの地下で作っていた装置がついに起動。残り１８時間のカウントダウンが始まるが、政府の処理施設から危険廃棄物を盗み出した容疑で、逮捕される。

ミステリーハウスの地下にあるゲートから、スタンの双子の兄弟フォードが現れる。仲良しだった２人はずっと一緒だと約束していたが、ある出来事により別の道へ進むことに。

ミステリーハウスの地下で謎のマシーンが動き、スタンの双子フォードが現れた。彼がグラビティフォールズの謎が詰まった本を書いた、と知ったディッパーは話を聞きたがる。

グラビティフォールズの市長が逝去し、後任を選ぶことに。スタンは双子にいいところを見せようと立候補するが、根っからの口の悪さが災いし、スタンの支持率はゼロ以下に。

フォードは夢で三角のモンスター、ビル・サイファーに再会。身を守るため、ミステリーハウスに「ビルよけ」を施そうと提案。それにはユニコーンの毛が必要なのだが・・・。

ディッパーたちはドライブ旅行へ。スタンにとっては、ミステリーハウスへのいたずらの仕返しをして回るリベンジの旅だ。ディッパーは旅先で新しい出会いを求めるが・・・。

ディッパーとメイベルは１３回目の誕生日のパーティーを計画する。その時フォードが封じ込めていた「次元の裂け目」が危険な状態になり、ディッパーはフォードと出かける。

異次元のモンスターが次々と乱入し、奇妙なアルマゲドンに見舞われたグラビティフォールズ。一刻も早くビルの暴走を食い止めるべく、ディッパーはメイベルの救出に向かう。

ディッパーは、ウェンディ、スースとともに、謎の空想世界からメイベルを取り戻そうと大奮闘。一方、次なる計画を実行に移したいビルは、フォードの協力を必要としていた。

ディッパーとメイベルは、嫌がるスタン叔父さんを説得し、ビルの弱点を握るフォードの救出に向かう。