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リースとフィンチは、マシンのソースコードが崩壊してしまう前に、マシンを救おうとする。ルートは、サマリタンの工作員の猛攻撃に遭いながらも戦い続けた。一方ファスコは、厳しい問題に直面する。

マシンは再起動時に、とうとうシステムに異常をきたしてしまった。実際のところマシンは、犯罪に巻き込まれていない多くの人々のナンバーを大量にはじき出して、リースとファスコに提示したのだった。

リースは、次の対象者が、以前彼が所属していたCIAの同僚と何らかの関係性あることに気付いた。それは、捜査を進めるとリースの正体が暴露されてしまうかもしれない、ということを意味していたが...。

ショウは、ようやく捕らわれの身という状況から脱出した。しかし、ショウが偏執妄想的になったり、無謀な行動を取ったりし始めるので、POIチームは彼女の精神状態について確信を持つことができず、不安に陥る。

ニューヨーク市警の分析官が、あるソフトウェアの不具合を調べていたが、そのことがサマリタンの目に留まって注目されたため、リースは守ろうとする。またファスコ刑事は、イライアスの仲間だった男から脅され...。

リースとフィンチを結婚式へと送り込むマシン。対象者が、結婚式に臨もうとしている新郎と新婦だからだ。リースとフィンチは、式が始まる前に2人の元へ駆け付け、彼らを守らなければならなかった。

陰謀論についての番組の司会者は、秘密を守るためなら殺人さえ犯そうとする人物がいるという情報を偶然に知ってしまった可能性があった。そのため、ルートは、あるラジオ局を訪れることになる。

ある病院で殺人ウイルスが大発生した。リースとフィンチはその病院に閉じ込められ、身動きが取れなくなる。一方、サマリタンの下で働くことになった新メンバーは仕事のことを考え直し、ショウは現実と闘っていた。

リースとファスコの昔の敵でボイスと呼ばれる犯罪者の黒幕が戻ってくる。リースとファスコは、彼らの管轄区域内でボイスに捕まり、武装したギャングや最近の捜査対象者と一緒に閉じ込められてしまう。

致命的なエラーが発生したため、フィンチの偽っていた身元が暴かれてしまう。そして、フィンチのナンバーが表面化したために、サマリタンの工作員がフィンチを追い詰めようと激しく迫ってくる。

対象者はアメリカ合衆国の大統領だということが明らかになり、POIチームは、シークレット・サービスよりも早くこの暗殺計画を阻止する必要に迫られる。そんな中、フィンチは自身をチームから切り離そうとする。

フィンチは、命懸けでサマリタンを破壊しようと決意。また、リースとショウは、そんなフィンチを必死に追い掛ける。絶望的な状況に陥ってしまったフィンチは、最後の手段を取る以外に選択肢がなくなり...。

POIチームが、サマリタンを阻止するという任務を遂行すべく、行動を始めた。マシンを破壊して、人類への強大な支配力を持ち続けようとするサマリタンを阻止しなければ、彼らと人類に未来はなかった。