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ティーバッグのもとに７年前に死んだはずのマイケルの生存をにおわす封書が届く。リンカーンはシーノートとともにマイケルを捜すべく内戦の地、イエメンへと向かう。

マイケルとウィップたちは脱獄のため停電を待っていた。リンカーンは折り鶴のメッセージを受け取り"光の首長"を探しに行く。サラは国務省でケラーマンと再会するが…。

ウィップはマイケルとラマールが仲間なのではと疑い始める。リンカーンはパスポート入手を試みるが、シバが過激派の男に襲われてしまう。シーノートは停電に成功するが…。

脱獄に失敗し、独房に入れられたマイケルたち。看守がいなくなった刑務所で、他の囚人たちに命を狙われる。リンカーンはマイケルの赦免状を手に入れ、刑務所へ向かう。

ラマールを殺したことで過激派組織から追われることになったマイケルたち。シーノートは飛行機を用意し、空港で彼らを待つ。サラはジェイコブが黒幕なのではと疑い始める。

イエメンから出国するため、オマールとともにファイーシャを目指すことになったマイケルたち。過激派組織に追われながら、マイケルたちは地図もないまま砂漠を疾走する。

重体となったマイケルを救うため、サラはクレタ島へ飛ぶ。７年ぶりの再会を果たした２人だったが、マイケルは自分を操ってきたポセイドンの正体を知る。

貨物船から脱出した後、サラの身に危険が迫っていることを感じ取ったマイケルは、ルカを利用して無事アメリカへ帰国する。マイケルを待ち受けるポセイドンのワナとは…？

マイケルは息子を取り戻し、ポセイドンの陰謀を暴く最後の作戦に出る。一方、リンカーンはルカと決着の時を迎える。２人は自由な人生を取り戻すことができるのか。