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ハルカは、幼馴染のユウが母親に中学受験を強要されてストレスを感じていることが気になって仕方がない。そんなハルカを尻目に、友人たちの間では幽霊の目撃談が盛んになっていた。そしてハルカとユウの前に再び青い雪の中に見た謎の男“カラス”が現れる。巨大な“ウロボロスの環”とともに...

ハルカを巡って諍いを起こすカラスとその仲間であるアトリ。争いは激しくなり、時間すら止まってしまう。そして、青い雪とともにカラスとアトリはハルカの前から姿を消した。翌日、ユウは塾をさぼったことを母親に責められていた。

家出したハルカとユウは函館山のロープウェイでアトリに襲われる。二人を助けたのは、カラスだった。もはや、自分たち二人がただならぬ事態に巻き込まれていることを確信するハルカとユウだったが、親はもちろん友達すら信用してくれない。あれだけ大きな事件だったのに、何故か新聞にも載っていなければロープウェイも無傷なのだ。そして、ハルカは再び異変を感じる．．．

“ラクリマ時空界”に連れ去ろうとする竜騎兵たちからハルカを助けたのは、突如、空間から出現した龍の仮面の男“ノエイン”だった。彼もまたハルカのことを“龍のトルク”と呼んでいた。カラスたちが狙っているのはユウではなく、自分。そのことに気をとられるハルカ。親友のアイは、自分に携帯ストラップをくれたイサミが、ハルカにも同じストラップを渡したことに苛立つ。ふたつの携帯ストラップが、ハルカとアイの間に溝をつくってしまった…

中学受験へ向けて勉強に集中させようと、ユウの母親はユウを部屋へ閉じ込めてしまう。そんなユウのことを心配するハルカたち。一方、ラクリマ時空界から転移してきたカラスたち竜騎兵は、龍のトルクを巡って対立を深めていく。彼らの戦いに巻き込まれていくハルカ。部屋に閉じ込められていたユウは、ハルカの身にせまった危険を感じとり、部屋を抜け出す。だが、駆けつけたユウが目にしたものは…

ハルカはカラスと共にラクリマ時空界へと転移してしまう。突然目の前から消えたハルカのことを案じるユウたちに、函館に起きる量子ポテンシャルの異常を調査していた内田と郡山が接触する。ラクリマ時空界に拉致されたハルカだったが、何とか独房を抜け出し、異様な世界であるラクリマ時空界の正体を突き止めようと地上を目指す。そこで、ハルカは思いがけない再会を果たすことになるが…

“ラクリマ時空界”が未来の世界であることを知り、ショックを受けるハルカ。自分が15年後のアイだというアマミクは、ラクリマ時空界を「ここは、無数にある未来のうちのひとつ」だと告げる。しかし、アマミクもカラスも“龍のトルク”として連れてこられたハルカが、あまりにも自分たちの知るハルカと似ていることに動揺を隠せない。そんなとき、敵対する“シャングリラ時空界”の攻撃兵器が“ラクリマ時空界”に侵攻してきた！

カラスとともに“ラクリマ時空界”から自分の世界へ戻ってきたハルカ。函館の町ではハルカがいなくなってから3時間しか経っていなかった。カラスに抱かれたハルカを見たユウは、二人の親密そうな雰囲気に苛立つ。彼は母と激しく対立し、ついに家を飛び出す。行くあてのないユウは、ハルカの家へ。ひさびさに幼なじみらしくふざけ合う二人。しかし、ハルカは物置部屋にカラスをかくまっていた…。

ユウの母・美有樹は、ハルカの家へユウを捜しに来る。美有樹は、亡くなった姉の姿をユウに重ねて中学受験させようとしているようだ。そのことを理解できないユウ。「じゃあ、聞いてみようよ！」　ハルカは、ユウの手をとって美有樹と直接話をしようとする。しかし、ハルカの力により美有樹は過去へ転移してしまう。ハルカは消えた美有樹を連れ戻そうと決意する。

カラスが家にいる事を隠していたハルカとユウだったが、アイやミホ、イサミたちに詰め寄られ、カラスのことがバレてしまう。アトリは、“龍のトルク”を消すための作戦として、ユウに襲いかかる。そのピンチを救ったのはフクロウ。そして、フクロウの目的はあくまでもハルカ――“龍のトルク”の捕獲にあった．．．

東京に戻り、絶対臨界計画阻止委員会の会議に出席していた内田と郡山は、そこで足止めをくらっていた。内田はハルカの父親が、内田達の調査しているマジックサークル計画のプロジェクトリーダーだったことに目をつける。中学受験をして東京へ行くと決めたユウの態度にイサミは苛立つ。言い争う二人の姿を、二つの影が優しく見守っていた…

ハルカの心配をよそに、カラスとフクロウは死力を尽くした戦いを展開する。懸命にカラスの行方を捜すハルカに、ユウは冷たい態度をとってしまう。カラスとフクロウとの戦いは、ほぼ互角。ようやく彼らの戦いの場にたどりついたハルカは、かつて親友同士だった二人の争いを止めようと叫ぶ。　だが、カラスとフクロウの悲痛な戦闘を見守っていたのは、ハルカ一人だけではなかった！

ハルカは、重傷を負ったカラスを懸命に助けようとする。カラスやフクロウが倒れたのは、自分のせいだと悔やむハルカ。ユウからの連絡を受けて倉庫へ向かっていたイサミ達は、その途中でトビとアトリに出会う。レイズを大量に補充することができれば、カラスを助けられるかもしれないと告げるトビ。ハルカ達は、雪恵の運転する車で、レイズの褶曲ポイントへと向かう。

ハルカの家に居候することになったトビ達。ひさびさに明るいムードが漂う中、ユウだけはハルカとカラスの仲の良さにうかない顔。そんなユウにカラスは言う。「強くなれ」と…。一方、ハルカは、階段下に置いてある、今はもう使われていない古い電話のベルを聞く。受話器をとったハルカは、そこで意外な人物の声を聞く。

ハルカは、ひさびさに父の拓也と会う。拓也は三ヶ月に一度、ハルカに会いに東京から函館に来ているのだ。拓也と一緒に、家族の思い出がつまった公園に出かけるハルカ。量子ポテンシャルの歪みを数値化するべく函館山にきた内田と郡山は、そこでカラスとトビに接触する。高まる緊張の中、カラスに銃を向ける郡山。同じ頃、家に戻ったハルカの前には現れたのはー

次元の狭間から時空転位したハルカ。その時空はユウが家出しようとしていた頃の近似値の過去の時空。ハルカはその時空に同化しその時を過ごすが、起こる出来事が全て一度経験したことに気づく。しかもそれは少しだけ違っていた。この時空ではハルカの前にカラスは出現しないのであった。

母親に頼まれ、納戸の整理を手伝っていたユウは、そこで父の買った古いビデオカメラを見つける。ユウは次第にそのカメラに夢中になっていく。　内田と郡山は、篠原のマジックサークル計画が、絶対臨界計画阻止委員会のOKを待たずに着々と進行していることに気付く。一方、ハルカの周囲にはシャングリラ人が出現するようになっていた。

自分は本当にこの世界に存在していたのだろうか？仮面の男・ノエインの謎めいた言葉で不安におちいったハルカは、棚から一本の8ミリビデオのテープを見つける。その中には、幼い頃のハルカの姿が写っているはず。ムキになってビデオを見ようと奔走するハルカ。だが、そんなハルカをあざ笑うように、函館市街にノエインと遊撃艇が現れる。

ハルカは、東京に住んでいた頃の同級生を街角で見かける。しかし、彼女はハルカのことを覚えていなかった。同じ頃、ラクリマ時空界では、クイナがある計画を実行に移そうとしていた。それは、ラクリマ時空そのものを重大な危機にさらすことと引き換えに、龍のトルクを確実に捕獲するための計画だった。

ハルカは再びラクリマの地へ・・・。だが、時空間の移転はハルカではなく、ユウの身に致命的な影響をもたらしてしまう。同じ頃、ハルカとユウを取り戻すためにカラスたちは時空間転移を行おうと力を合わせていた。その中には、コサギの姿もあった。ユウの危機を救うため、ハルカはある決意をする。

シャングリラ時空界から抜け出すことのできないハルカ、ユウ、カラスの三人。トビたちもハルカらの存在する時空を特定できずに焦っていた。焦燥感が高まる中、シャングリラ時空界へ乗り込むべく、意外な人物が名乗りを上げた…また、郡山と内田は篠原が強行するマジックサークル計画を阻止するべく、コサギとトビの協力をあおぐのだった。そして、カラスはユウに“自分の知っているハルカ”の15年後の運命を語りはじめた。

自分の持つ力で、何とかアイやミホたちをもとの世界へ戻そうと努めるハルカ。しかし、どういうわけか龍のトルクは発動しない。失意のハルカにノエインは語る。「未来には、無限の不幸しかない」と。それを信じようとしないハルカにノエインは、アイやミホ、イサミの“未来の時空”を見せる。 その未来は・・・。

ノエインに連れ去れたハルカは、シャングリラの真実を聞かされ、時 空の統合の為に力を貸せと請われるが…。一方、ハルカをノエインから救うためシャングリラの要塞都市を目指すカラスとユウ。その目の前にノエインが二人を阻止するために送り出した遊撃艇が現れる。カラスはユウをハルカのもとへ進めるために、一人遊撃艇に向かう…。カラスと別れたユウは一人シャングリラの草原を走りハルカのいる要塞都市を目指すがその前に現れた者は…。現代では篠原が量子加速船を起動させ、マジックサークルを発現させようとする。それを阻止すべく内田と郡山はトビ達の協力を得て司令船に侵入するが…。

ハルカを救うべくノエインと対峙するユウ、しかしハルカは既にノエインの元へ引き込まれ、同化を始めようとしていた。その時ユウは…。カラスは遊撃艇との戦いの中、徐々に体力を消費して行く。ユウが発するハルカの危機を感じつつも遊撃艇の攻撃から逃れられない。その時一つの影が飛来し、カラスの目の前に現れた…。マジックサークルが臨界に達した時、函館に巨大なウロボロスの輪が出現し、時空の収縮が起こり始める。黛は量子共鳴が発生し、全時空が収縮を初めていることを知るが、それを防ぐためには既に時を逸した事に愕然とする…。アイ達は函館山の展望台からハルカとユウをシャングリラから救うために祈り始める…。その祈りは時空を越えてハルカの元へ届くが…。