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北海道·函馆。小学六年级的遥，非常在意青梅竹马的佑因母亲强求考中学而倍感压力。在遥眼皮底下，朋友们之间关于目击幽灵的传闻正盛。此时，遥和佑面前，出现了神秘男子·卡拉斯斯。伴随着巨大的“乌洛波洛斯之环”…

卡拉斯斯他们寻找的“龙之转矩”正是遥。围绕遥而发生争执的卡拉斯斯及其同伴阿托利。接着，卡拉斯斯与阿托利伴随着蓝光从遥面前消失了。翌日，佑因逃补习班而遭到母亲责备。怀着全力反抗之心，背着睡袋前往暮色初降的函馆山的佑…

离家出走的遥和佑，在函馆山的缆车上遭到阿托利袭击。救了他们的是卡拉斯斯。遥和佑已确信自己二人被卷入了非比寻常的事态，但父母和朋友都不相信他们。随后，遥再次感到了异变…

从企图将遥带往拉库利玛时空界的龙骑兵手中救出遥的，是突然出现的龙假面男子“Noein”。他也称遥为“龙之转矩”。意识到自己被卡拉斯斯等人盯上，并为此分心的遥。对此，遥的好友爱，对遥感到了焦躁…

为准备中学考试，佑被母亲关在房间里。担心佑的遥和友人们。另一方面，从拉库利玛时空转移而来的卡拉斯斯等龙骑兵，围绕遥的对立日益加深。遥被卷入了他们的战斗。佑感知到遥的危险，但赶到的佑所目睹的是…

遥与卡拉斯斯一同转移到了拉库利玛时空界。为突然从眼前消失的遥而担心的佑，接触了前来调查函馆发生的怪异现象的内田和郡山。另一方面，自由被剥夺的遥设法逃出单人牢房，试图前往地面查明作为异常世界的拉库利玛时空界的真面目，但是…

得知拉库利玛时空界是未来世界后，遥深受打击。另一方面，卡拉斯斯以及长大成人的爱——阿马米克，对于作为“龙之转矩”被带来的遥，竟与自己熟知的遥如此相似而难掩惊讶。此时，敌对的香格里拉时空界的游弋艇入侵了拉库利玛时空界！

与卡拉斯斯一同从拉库利玛时空界回到自己世界的遥。然而，函馆只过去了遥消失后的3小时。此时，佑撞见了遥和卡拉斯斯在一起。他因升学问题与母亲激烈对立，最终离家出走。无处可去的佑，朝着遥的家走去…

佑的母亲美有树来遥家寻找佑。美有树似乎是将优秀却已故的姐姐的形象重叠在佑身上，想让他报考名牌中学。遥牵着佑的手，想直接与美有树谈谈。然而，美有树对姐姐的强烈思念扭曲了时空，她消失在了过去的世界里…

遥和佑一直隐瞒着卡拉斯斯在家的事，但在爱、美穗、勇等人的逼问下，卡拉斯斯的事情暴露了。阿托利作为消灭“龙之转矩”的作战，袭击了佑。拯救这一危机的是枭。而枭的目的，终究在于捕获遥——“龙之转矩”…

返回东京，出席绝对临界阻止委员会会议的内田和郡山，在那里被绊住了脚步。内田注意到遥的父亲正是他们调查的“魔术团计划”（Magic Circle）的项目负责人。另一方面，对于决定参加中学考试去东京的佑的态度，勇感到焦躁并与佑争吵起来，但是…

不顾遥的担心，卡拉斯斯与枭展开了拼死之战。拼命寻找卡拉斯斯下落的遥，遭到了佑冷漠的对待。卡拉斯斯与枭的战斗几乎势均力敌。终于赶到他们战斗现场的遥，呼喊着想阻止曾是挚友的二人争斗，但是…

遥拼命想帮助身受重伤的卡拉斯斯。悔恨卡拉斯斯等人倒下是因自己而起的遥。接到佑联络赶往仓库的勇等人，途中遇到了托比和阿托利。被告知若能大量补充“レイズ”（Layers）或许能救卡拉斯斯后，遥他们…

开始在遥家寄住的托比等人。久违的明亮氛围中，唯有佑因遥和卡拉斯斯关系亲密而闷闷不乐。对此，卡拉斯斯对佑说：“变强吧。”…。另一方面，遥听到楼梯下那台现已不用的旧电话的铃声。拿起听筒的遥，在那里听到了意外人物的声音。

遥时隔许久与父亲拓也会面。拓也每三个月会来函馆见遥一次。遥和拓也一同前往充满回忆的公园。另一方面，为将量子势的扭曲数值化而来到函馆山的内田和郡山，在那里接触了卡拉斯斯与托比。在日益紧张的气氛中，郡山将枪口对准了卡拉斯斯。同一时间，回到家的遥…

从次元缝隙时空转移而来的遥。那时空是佑正要离家出走时相近的过去时空。遥同化于那时空并度过那时光，但她发觉发生的一切都曾经历过一次。而且每次都有些许不同。在这个时空里，卡拉斯斯没有出现在遥面前。

应母亲要求帮忙整理储藏室的佑，在那里发现了父亲买的旧摄像机。佑渐渐沉迷于那台摄像机。内田和郡山察觉到筱原的魔术团计划（Magic Circle）未获绝对临界计划阻止委员会的批准便已在进行。另一方面，香格里拉人开始出现在遥的周围。

我是否真的曾存在于这个世界？因假面男子Noein谜一般的话语而陷入不安的遥，从架子上找到了一盘8毫米录像带。里面应该记录着幼年遥的身影。遥拼命地奔走，想看录像带。但此时，Noein与游弋艇出现在了函馆市区。

遥在街角看到了东京居住时的同班同学。然而，对方并不记得遥。同一时间，在拉库利玛时空界，奎纳正准备执行某个计划。那是一个以让拉库利玛时空本身陷入重大危机为代价，来确保捕获龙之转矩的计划。

遥再次前往拉库利玛之地……。但是，时空转移对遥并无影响，却给佑带来了致命的伤害。同一时间，为夺回遥和佑，卡拉斯斯等人正齐心协力试图进行时空转移。其中，也有小鹭的身影。为拯救佑的危机，遥做出了某个决定。

无法从香格里拉时空界脱身的遥、佑、卡拉斯斯三人。托比他们也无法锁定遥等人所在的时空，焦急万分。在焦躁感日益加剧之中，为攻入香格里拉时空界，一位意外的人物主动请缨……

遥试图用自己拥有的力量，努力将爱和美穗他们送回原来的世界。但是，不知为何龙之转矩无法发动。失意的遥面前，Noein说道：“未来，只有无限的不幸。”不愿相信此言的遥，Noein让她看到了爱、美穗、勇“未来的时空”。那个未来是…

被Noein带走的遥，听闻了香格里拉的真相，并被请求为时空统合提供力量，然而…。另一方面，为从Noein手中救出遥，卡拉斯斯与佑朝着香格里拉的要塞都市前进。挡在他们面前的，是Noein为阻止两人而派出的游弋艇。

Noein已夺取并开始与作为龙之转矩的遥同化。为拯救遥而与Noein对峙的佑，但遥正被拉向Noein身边。那时佑…。在与游弋艇的战斗中，卡拉斯斯的体力逐渐消耗殆尽。佑虽感知到遥的危机，却无法摆脱游弋艇的攻击。此时，一道影子飞来，出现在卡拉斯斯面前…