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少年エルクは飛行船ハイジャック事件の騒乱の中で囚われの少女リーザに出会う。彼女を狙う男たちとエルクの過去。様々な謎が交錯し始める…。

リーザが連れていたモンスターのパンディットが新たな賞金首として手配された。人を襲うようなモンスターではなかったとエルクは不思議に思う…。

シュウのアパートに匿われたリーザ。組織の手を逃れたとはいえ、追われる身で心細い。そんな彼女にもエルクは「白い家」の情報を求めてしまうのだった…。

女神像の除幕式典にプロディアスの街は浮き立っていた。組織の男に追われるエルクたちはいつしか除幕の瞬間に立ち会うのだが…。

女神像除幕式典に突如現れたシルバーノア。容赦なく女神像を破壊するその姿が、エルクの少年時代の記憶を揺り動かす…。

小型飛行船ヒエンに乗ってシルバーノアを追うエルクたち。しかし無茶な暴走のためオーバーヒートを起こしたヒエンは墜落してしまい…。

ヒエンの修理を進めるエルクだったがどうしても部品が足りない。そんな時ヤゴス島に住む少女リアが「機械部品が捨てられている洞窟がある」と言うが…。

プロディアスに戻ったエルクとリーザを待ち受けていたのはハンターたちの襲撃だった。なんとエルク自身が賞金首として手配されていて…。

リーザの故郷ホルンに着いた二人であったが、そこはすでに廃墟と化していた。エルクは悲しみにくれるリーザにかける言葉もなく…。

「白い家」を目指して砂漠を進むエルクとリーザ。しかし、戦火に巻き込まれた二人は、遭難同然の状態となり気を失い…。

突如エルクの前に姿を現したシルバーノア。エルクは激情のままにアークに襲いかかるが、あっけなく倒されてしまう。目を覚ましたとき彼はシルバーノアの中にいた…。

ついに「白い家」に潜入したエルクは収容されていた少年たちにかつての自分の姿をだぶらせる。ミリルを探し、ただひたすら走るエルクだが…。

ミリルの変わり果てた姿に打ちひしがれるエルク。引き留めようとするトッシュの言うことも聞かず、暴走し始める…。

ミリルを失ったショックに暮れるエルクを連れて、アーク一行はククルの神殿へと戻ってきた。しかしそこにも新たな敵の影がせまっていた…。

反政府組織が潜伏する村に攻撃をかけるアンデルの部下ケルブ。その目的はアークとシルバーノアを誘き寄せることであった…。

アンデルが捕虜を処刑する計画をたてていることを知るアークたち。それが罠であることを感じつつも、アークはスメリア奪還のために戦うことを決意する…。

シルバーノアはついに王都へ侵攻する。トッシュの制止も聞かず暴走するエルクは、地下の実験室でアンデルと対峙する…。

戦う目的を見失いひとりさすらうエルクは、ある町で花売りの少女に出会う。彼女がともに暮らしているのは、なんと半キメラ化した男であった…。

エルクの情報を掴んである町へやってきたトッシュはある男と出会う。それは同じくエルクを探していたハンターのシュウであった…。

さすらいの中で何かを見つけ始めるエルク。シルバーノアと連携した洗脳装置攻略作戦に参加しながら、徐々に自分を取り戻し始める…。

すぐにでもリーザの行方を追いたいエルクは、アークの冷徹とも言える振る舞いに反抗する…。

スメリア近海での激しい戦いが始まった。アークたちは、クオートら反乱軍の協力のもと、ヤグンの旗艦へと向かう。そしてそのころ囚われのリーザは…。

ついにヤグンを追いつめ、直接対峙するエルク。しかしリーザの居場所はわからなかった。そんな時、シュウがリーザに関する情報を得て…。

負傷したアークを乗せてスメリアへと急ぐシルバーノア。ククルの手当を受けたアークと一行は、シュウから世界的規模で起きつつある異変を知り…。

最後の戦いへの決意を固めたアークたち。シルバーノアは黒雲の中リーザが囚われているロマリアのキメラ研究所本部へと向かう。一方クライブは着々と聖柩を開く準備を進めていた…。

ついに聖柩を前にクライブと対峙するアークとエルク。聖柩に封印された暗黒の力を借りてクライブの力は強大化していた。そして闇に囚われたリーザが聖柩を開けようとするが…。