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さえない高校生・小太郎（三浦春馬）が、先祖の侍魂で学園内の問題を解決していく。戦国時代の夢を見た小太郎は、古文書から同姓同名の侍がいたことを知る。そんな中、幼なじみのあい（杏）から、同級生・剛（城田優）が不良に絡まれていると聞く。小太郎が何もできずにいると、夢で見た侍が現れ、体を乗っ取られる。

先祖の侍に操られたままの小太郎（三浦春馬）は、古風な言動で周囲から笑われるはめに。そんな中、学校に数学ワールドカップに出場する生徒・黒田（若葉竜也）のテレビ取材が入る。学校は文武両道を示すため体育祭の騎馬戦の撮影を提案。小太郎も参戦するが、黒田を目立たせるため、わざと負けるよう指示される。

あい（杏）が塾を休み、歌手を目指して路上ライブをしていることが分かった。翌日、何者かがインターネットの動画サイトに掲載し、学校で話題に。サイトでは称賛の声が上がり、あいは浮かれるが、一転して中傷が始まる。怒った小太郎（三浦春馬）に先祖の侍が乗り移り、校内にいると思われる匿名の投稿者を捜す。

不登校中のクラスメート・小清水（濱田岳）が出席日数が足りず卒業が危ういことが判明する。先祖の侍に頼らずに活躍したい小太郎（三浦春馬）は、文具店を営む小清水家を訪ね登校を促すが、追い返される。翌日、小太郎があい（杏）らを連れ再度小清水を訪ねると、小清水家には金融業者が借金返済を迫っていた。

金目的のホームレス狩りが発生した。犯人の特徴が侍のような言動をする男と、長身の男だったため、小太郎（三浦春馬）と剛（城田優）は警察署で事情聴取を受ける。証拠不十分で帰されたものの、学校では小太郎らに白い目が向けられ、剛はショックから欠席に。怒った小太郎は、真犯人を捜すため被害者を訪ねる。

小太郎（三浦春馬）は、父・信二（岸谷五朗）にリストラされたと打ち明けられ、進学をあきらめることに。小太郎はアルバイトを始めるが、勤務中に侍に変化した状態で不良高校生ともめ、解雇されてしまう。一部始終を見ていたあい（杏）は、小太郎の”多重人格”を疑う。また、信二は小太郎に解雇の理由を明かす。

校長・亀井（室井滋）の、特待生を優遇する方針と寄付金の横領疑惑が週刊誌に掲載され、社会問題に。そんな中、小太郎（三浦春馬）は亀井に退学処分にされた国会議員の息子・岩永（賀来賢人）と出くわす。岩永が何者かと電話で話している内容を聞いた小太郎は、一連の騒動に岩永がかかわっていると感じ、岩永の家へ向かう。

小太郎（三浦春馬）の家に日本刀が置かれていた。ひみこ（ミムラ）の助言で、小太郎は警察に届けず保管することに。だが、刀は仁（賀来賢人）の父・岩永（石黒賢）のもので、仁の策略だった。小太郎を逆恨みする岩永は、小太郎を刀の窃盗犯に仕立てようとする。一方、あい（杏）らは小太郎の秘密に疑惑を強めていた。

小太郎（三浦春馬）は夜の無人の教室に、日本刀を持ったまま逃げ込んだ。そこで突然目の前に現れた先祖の侍の魂と対峙し、なぜ小太郎の体に乗り移ったのか、侍の口から真意が語られる。一方、亀井（室井滋）と小太郎を陥れたい岩永（石黒賢）と仁（賀来賢人）の策略により、騒動は大事件に発展してしまう。