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私立高中高三学生望月小太郎是个 “草食系男孩”，报考志愿还未决定，青梅竹马的永泽爱对他几乎不抱希望。一天，他偶然来到历史图书馆，图书管理员绵贯巫女给了他一本描写 400 年前真田幸村家臣望月小太郎的古文书。小太郎对书中与自己同名同姓且同样 17 岁的武将颇感兴趣，脑海中还闪现出自己手持大刀的身影。父亲信二告诉他，家族祖先曾服侍过真田家，小太郎感到十分震惊。

小太郎的身体突然变成了战国时代的祖先武士小太郎，帮助他摆脱了困境，但他对武士小太郎的行为感到为难。第二天，小太郎仍未恢复，语言和行动保持着武士风范，还挑衅家人遭到怒斥。得到救助的中村刚宣称要做他的家臣。电视台采访小组为宣传参加世界杯数学竞赛的特 S 班黑田里二，希望他参加体育节骑马战，校长龟井恭子决定安排其他选手落败让黑田胜出。

小太郎变回了普通人，因模拟考试名落孙山而情绪低落。此时传来永泽爱去向不明的消息，他和刚以及班主任清一起寻找，发现爱正在路边弹吉他唱歌，原来爱梦想成为音乐家。爱唱歌的视频被放在动画网站上，收到很多支持和招募新人的消息，小太郎对自己毫无理想的未来感到迷茫。

小太郎的身体再次转换成武士小太郎，看到爱对更有男人味的武士小太郎倾心，他有些嫉妒。神秘图书管理员警告小太郎，这样下去他的身体可能会被武士小太郎夺走。高三年级进行前程愿望调查，小太郎前程未定，还得知同班的小清水和也因从特 S 班掉到普通班而旷课，可能无法毕业。校长让班主任清劝说和也退学，清则希望和也在旷课不超过 3 天内来校上课，小太郎为了让爱看到自己优秀的一面，和清一起去说服和也，却被和也用水泼了一身。

小太郎变成武士小太郎已有一个月，附近河滩的流浪汉遭到袭击钱财被抢，他和刚被定为怀疑对象。警察调查时，目击者证言与他们吻合，刚的母亲因过度担心卧床不起，妹妹对未来绝望，父亲决定近期不上班。刚深受伤害，认为自己被当作犯人，小太郎决定找到真凶。

小太郎转变为武士小太郎一个月了，他的家庭遭遇危机，父亲信二被公司裁员，母亲圭子和妹妹优奈备受打击。

刚和爱渐渐感觉到小太郎的人格在发生变化，小太郎冲动地想说出事实真相，但巫女威胁他，若全盘托出就会被处死。

小太郎转变成先祖武士小太郎已经 2 个月，被因他退学而怀恨在心的岩永仁监禁，武士小太郎用自己的能量阻止了岩永的不良企图。一天，小太郎家门前放了一把日本刀。

小太郎变成武士小太郎已经 3 个月，岩永设计陷害他，使他成为盗走名刀 “村正” 的嫌疑犯，武士小太郎只好带着刀逃走。此时，武士小太郎的灵魂从小太郎的体内脱出，出现了两个小太郎。