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平和を取り戻したデジタルワールドに突如現われたデジモンカイザー。その侵攻に苦しめられているアグモンたちを救うべくデジタルワールドに向かった太一だが、カイザーの力によって進化できずピンチにおちいってしまう。その時、一緒にいた大輔の手に新たなデジヴァイスが…。

京と伊織の手にもデジヴァイスが現われた…。太一たちは彼らが新しい“選ばれし子供”だと確信。大輔たちと再びデジタルワールドへ向かう。だが、カイザーによって大輔とブイモンが囚われてしまう。京と伊織が愛情と知識のデジメンタルを手にした時、二体のデジモンが出現！

デジヴァイスが反応した場所に向かう大輔たちだったが、カイザー操るティラノモン軍団が立ちふさがる。大輔たちの危機を打開するために探索を続けるタケルとヒカリ。そこには、希望と光のデジメンタルが…。新たなデジヴァイスでパタモンとテイルモンがアーマー進化！

ガブモンからのSOSをキャッチしたヤマトたち。その途中ヤマトと意見が合わず面白くない大輔の気持ちを察したブイモンがいいところを見せようとするが、逆にとらえられてしまう。だが、敵の攻撃がそれてダークタワーを直撃した瞬間、ついにガブモンがガルルモンへと進化！

ダークタワーを壊せば進化できる―選ばれし子供たちは各地にあるタワーを破壊し、カイザーの支配を断ち切ろうとする。一方、丈の元にゴマモンからのSOSが！ デジモンたちが過酷な労働を強制されていると聞き急行した子供たちだが、敵の攻撃で伊織が海に落ちてしまった！

デジタルワールドへピクニックに行く選ばれし子供たちにミミが同行。ところが、途中ミミはダークタワーがそびえ立つカイザーの支配地域に落ち込む。そこでパルモンとの再会を果たし、実情に激怒したミミ。タワーの破壊を高らかに宣言するが、その行く手に立ちふさがるのは!?

ガードロモンの大軍団に囲まれ、一時撤退することになった選ばれし子供たち。ところがヒカリとテイルモンがデジタルワールドに取り残されてしまった！ 責任を感じ、別のルートからヒカリ救出に向かう大輔とタケル。そこへイービルリングがはめられたアンドロモンが現れ…！

ウワサの天才少年、一乗寺賢のチームと試合することになった大輔。試合は賢によって圧倒的な点差をつけられ敗北。だが大輔は賢のフォーメーションを見事破ってみせる。そしてその翌日、大輔を残し全員カイザーの罠にかかってしまう！ その狙いは大輔に屈辱を味合わせること!?

デジモンカイザーの正体は天才少年、一乗寺賢だった。賢の自宅に向かうが、すでに現実世界に別れを告げて、消えていた…。その頃カイザーは、征服のための武力として太一のアグモンに狙いをつける。だがイービルリングの暴走により、アグモンはスカルグレイモンへと進化！

カイザーの手に落ち、様々な実験に使われていたアグモン。ワームモンによって基地から逃げ出すことができたアグモンと再会し、喜ぶ太一たち。だが、そこにカイザーが現れ、改良型イービルスパイラルによって、アグモンは邪悪な色のメタルグレイモンへと暗黒進化してしまう…。

太一のパートナーに攻撃できない大輔は、取り返すためには戦うというタケルとケンカしてしまう。そしてカイザーを追う最中、みつけた友情のデジメンタル。仲間の気持ちを理解しなかったことに気づき、今まで持ち上がらなかった友情のデジメンタルを持ち上げたのは…!?

ピヨモンからのSOSを受け取ってデジタルワールドに向かった空と大輔たち。そこは西部劇の舞台のような荒野。町の保安官スターモンがイービルリングに支配されていて全員捕まってしまう。この危機に現われた正義の味方を名乗るリボルモン。だが、女の子しか助けないと…。

誰かに海のようなところへと呼ばれている気がすると、最近ヒカリの様子がおかしい。心配するタケルだが、太一ばかり頼りにすることに怒る。その放課後、ヒカリがテイルモンの目の前で忽然と消えた。タケルはヒカリが別の世界に行ったことを直感しお台場の海へと向かう。

デジタマモンのレストランに入った京たちだが、そこの支払いは円でなくドルだった。困った京たちを救ったのは、アメリカにあるゲートからデジタルワールドに入ったというミミとマイケル。彼もアメリカの選ばれし子供だ。そこへ突然、豹変したデジタマモンが襲いかかる。

江戸時代の城下町を思わせる町はイービルリングに操られたデジモンであふれていた。ゲコモンの手引きで城へと逃げ込むが、城に忍び込んだイガモンによってトノサマゲコモンにもイービルリングが！ シュリモンがイガモンに手裏剣使いの名をかけた1対1の決闘を申し込まれ…！

メガシードラモンの攻撃で海底油田に閉じ込められた選ばれし子供たち。そこで伊織を一人乗りの脱出ポットに乗せて丈に助けを求める。その際にウソをついてしまう伊織。丈とイッカクモンは救助に間に合うが、ウソをついた自分が許せない伊織は誠実のデジメンタルを前に…。

8月1日…それは運命のサマーキャンプがあった日。“選ばれし子供”たちは3年前を懐かしんで、思い出を語っていた。その晩、久しぶりに一緒に過ごすヤマトとタケルは父の勤めるテレビ局で幽霊騒ぎが起きていることを聞く。テレビ局の幽霊騒ぎを起こしていたのは、なんと…。

太一たちの協力を得て、選ばれし子供たちは、カイザーを倒すまでデジタルワールドで基地を追い続ける作戦に出た。しかし見つけたはずのカイザーの基地は消えてしまい、緊張が続き過ぎて京はカラ回りを始める。そこに現われたドクグモンの猛毒から京をかばいホークモンが…！

カイザーの基地は空を移動する要塞だった。タケルと伊織が基地への侵入に成功するが、カイザーは自らが進めていた最終計画に必要な暗黒系デジモンのデータを入手するのだった。カイザーの目的、それは強力なデジモンたちの優秀な部分を合成したオリジナルデジモンだった。

破壊活動を続けるキメラモンとカイザーの暴挙を止めようと、決死の覚悟で移動要塞に侵入する選ばれし子供たち。動力炉を破壊すれば移動要塞は止まる。だが、キメラモンの強力な攻撃によって次々倒れ、幼年期に戻っていくデジモンたち。だが、それを見ていたカイザーに変化が！

動力室で黄金に輝くデジメンタルを手に入れたブイモンはマグナモンへとアーマー進化。そしてワームモンの捨て身の援護を受けてマグナモンは強敵キメラモンを消滅させる。決着の後、今まで自分がやってきた行動を激しく後悔するカイザー。しかし時すでに遅く、ワームモンは…。

カイザーが倒れたことで、デジタルワールドにも久しぶりに平穏な時間が訪れた。荒廃してしまったデジタルワールドを元に戻そうと復旧作業に走り回る“選ばれし子供”たち。だがタケルとヒカリは、デジタルワールドにこの先も何か良くない事件が起こる予感がしていた。

デジタルワールドから自宅へと戻ってきた賢。心に大きな傷を受けた賢はひたすら眠り続け、その夢の中で過去を振り返る。優秀な兄、治が自慢だったこと、デジヴァイスが現われた時のこと、治が死んでしまったこと、そして謎のメールに従ってデジモンカイザーとなったこと…。

デジタルワールドの街の復旧のため、地下で作業しようとしていた伊織をサンダーボールモンが襲ってきた。操られていないデジモンと戦えないと悩む伊織。この危機を救うためアルマジモンは新たな進化を遂げる。そんな中、見たこともない謎のデジモンが現われる！

賢を仲間にしようとする大輔に対し、みんなはカイザーだったころの賢を忘れられない。賢も仲間になれないと言う。一方、デジタルワールドで謎の女が目撃され、ゴーレモンが暴れ始める。駆けつけた選ばれし子供たちだったが、ダムを破壊しようとするゴーレモンを前に…。

光子郎からデジタルワールドの異変を知らされる大輔たち。カイザーの移動要塞の残骸に暗黒のエネルギーが集まり、このままでは数百キロに被害を及ぼす大爆発が起こるというのだ。要塞動力炉にあった優しさの紋章が無くなったのが原因と考えた大輔は賢に連絡を取るが…。

過去の自分を責め続ける賢の孤独な心が大輔の熱い言葉で氷解したその時、奇跡が起きた。エクスブイモンとスティングモンが合体し、パイルドラモンへとジョグレス進化を果たす！ 完全体にもひけをとらない能力を持ったパイルドラモンの力で、暗黒の力の暴走は止められるのか!?

謎の女の行動を未然に阻止するため、ダークタワーの破壊を優先する大輔たち。一方選ばれし子供たちを一掃しようと、謎の女は建物も家具も巨大な館、ギガハウスへこいと挑戦状を送る。罠と知りつつもギガハウスに向かう大輔たち。彼らを待っていたのは昆虫型デジモンの大軍団！

妖しい笛の音によってスティングモンとディグモンまで操られ、敵となり大輔たちを襲う。しかし大輔たちは協力してパソコンにより笛の音を解析、その音を打ち消すことで危機を脱した。これにより状況は一気に逆転かと思えたが、謎の女はついにそのデジモンとしての正体を現す！

仲間になったもののお互いになじめない賢と伊織。いろいろと思案する大輔たちだったが、そこへアルケニモンが姿を現した。そして大輔たちの目の前で百本のダークタワーを融合させ、最強にして最悪の究極体デジモン、ブラックウォーグレイモンを誕生させたのだ！

ブラックウォーグレイモンを追う大輔たちだったが、異相のズレによって京とヒカリ、そして賢が別空間へと迷い込む。闇の誘惑を恐れるヒカリと、好転しない状況にパニックにおちいる京。お互いの気持ちをぶつけることで理解と友情を育て、新たな進化を呼び起す！

ブラックウォーグレイモンはダークタワーから生まれた自分に心があることに戸惑っていた。アグモンはそんなブラックウォーグレイモンに話しかける。一方、デジタルワールドの混乱を望むアルケニモンは、ホーリーストーンの破壊をはじめ、ブラックウォーグレイモンにも影響が…。

ホーリーストーンを破壊することが自分の生きる意味だと考えたブラックウォーグレイモン。大輔たちの奮闘も空しく、第2のホーリーポイントも破壊される。一方、空間に生じた歪みのために、ブラックウォーグレイモンとデジモンたちが、修学旅行で京都にきていた京の前に出現する！

ホーリーストーンを破壊され、増大する闇の力にタケルは激しい怒りを抱いていた。そんなタケルに戸惑う伊織。第4のホーリーポイントが圧倒的なブラックウォーグレイモンの力の前に破壊されようとした時、エンジェモンがタケルの怒りとホーリーストーンの力で超進化をとげる！

第5のホーリーポイントも破壊された。大輔が賢を家に招いて真剣に作戦会議を行う。一方、タケルの闇に対する憎悪の訳を知りたい伊織もヤマトにタケルの話を聞き、その理由を知る。しかしどんな理由があろうとも、自分は心を持つデジモンと戦えない。そう考えた伊織は…？

最後のホーリーストーンを探すブラックウォーグレイモン。一方、大輔たちもホーリーポイントのある場所を探しにデジタルワールドの中華街まできていたが、空腹のエネルギー不足からアルケニモンたちに敗北してしまう。タケルの感じた伊織とのジョグレス進化の鍵とは…!?

ついにアンキロモンとエンジェモンもシャッコウモンへジョグレス進化！ だが、ジョグレス体三体の同時攻撃でもブラックウォーグレイモンは止められない。しかしその時、大輔たちのデジヴァイスから光が飛び出し、デジタルワールドを守護する究極体、チンロンモンが現われる！

デジタルワールドはつかの間の平穏を取り戻す。大輔たちは太一たちへのクリスマスプレゼントにアグモンたちを現実世界に運び、ヤマトのコンサートや賢の家でのパーティーと、全員久しぶりの平和を楽しむ。ところが、お台場にデジモンが突如現れ、大輔たちも急行するが…!?

一夜にして世界中に出現したダークタワー。 田町にも現れたと知り、大輔は賢を救いに単身田町に向かう。他の子供たちは光子郎の家に集合。今後のことを話していた。そこへデジタルワールドからゲンナイが現われ、そしてチンロンモンから預かってきた光をデジヴァイスへと注ぐ！

現実世界に現われたダークタワーをすべて破壊するため、世界中の選ばれし子供たちと協力する大輔たち。大輔はインペリアルドラモンで皆を世界各地に送った後、ニューヨークにいるミミと合流する。そのころ香港では、駆けつけた光子郎とヒカリが言葉が通じず困っていた…。

現実世界に現われたデジモンたちをデジタルワールドへと戻すため、各地に散った子供たちの内、南半球のオーストラリアに降り立った丈と伊織は、ビーチで水棲デジモンたちと格闘。一方パリへとやってきた太一とタケルは、凱旋門の前でタケルの祖父、ミシェルと合流するが…！

メキシコでは追い込んだデジモンたちの後を追って、ヤマトと賢がマヤ遺跡にきていた。協力にやってきた現地の子供：チチョスが賢にべったりしてワームモンは面白くない。ロシアでは空と京が現地の子供と合流するも、言葉が通じない。そこで京の発案した料理名の作戦とは!?

東京から次々と姿を消す子供たち。それはアルケニモンたちの新しい作戦の始まりだった。都内各所で闇の勢力のデジモンたちが現われ、その内の一体、スカルサタモンに苦戦を強いられるインペリアルドラモン。しかもアグモンたちは現実世界に長時間いたため、疲弊していた！

アルケニモンは誘拐した子供たちを盾に賢を拉致した。それを追いかける大輔たちだったが、同じく賢を狙うデーモンの部下と対決することに。一方、事件の黒幕である及川の元へ連れてこられた賢は、2年前の冒険の際に身体に埋め込まれた“暗黒の種”のデータを奪われて…。

賢の体内にある“暗黒の種”をめぐって争う及川とデーモン。その隙を突いて賢の救出に成功する大輔たち。だが、全員でデーモンと戦ってもかなわない。ゲートを自由に開けられるデーモンを片づけるには、自力で戻れない場所、つまり暗黒の海にゲートを開けて送り込むしかない！

誘拐事件は解決したかに見えたが、子供たちに植えつけられた“暗黒の種”を取り除かなければ、真の解決にはならない…しかしその方法を知る及川の行方がつかめない。突然デジタルワールドのアグモンに呼ばれる太一。そして、その頃ブラックウォーグレイモンは及川の前に…。

ふとしたことからデジモンのことを祖父に知られてしまう伊織。だが祖父は、殉職した伊織の父が少年時代からデジタルワールドの存在を信じていたことを告げる。一方、一人の子供に植えつけられていた“暗黒の種”が花開こうとしていた。及川と伊織の父の意外な関係とは!?

光ヶ丘に集めた子供たちの“暗黒の種”を使って、及川はデジタルゲートを開こうとする。ゲートは自らを犠牲にしたブラックウォーグレイモンによって封印されているはずなのに…！ はたして及川が辿りついた場所とは…？ そして及川の身体にひそんでいた事件の黒幕とは!?

子供たちが圧倒的な力を持ったベリアルヴァンデモンに恐怖する中、一人熱く闘志をみなぎらせる大輔。その心に応えるかのように、エクスブイモンの攻撃は少しずつ威力を上げていく。しかしベリアルヴァンデモンによって幻の世界に送り込まれ、ピンチに陥るが…!?

もう一歩のところまで追い詰めながら、デジタルワールドに入って力を取り戻してしまうベリアルヴァンデモン。そしてデジタルワールドに残った闇の力を使い現実世界とデジタルワールドを統一しようとする。だがこの危機に、世界中の選ばれし子供たちのデジヴァイスが光を放つ！