전체 에피소드

평화를 되찾은 디지털 월드에 갑자기 나타난 디지몬 카이저. 그 침공에 고통스러워하는 아구몬 일행을 구하기 위해 타이치는 디지털 월드로 향하지만, 카이저의 힘에 진화를 할 수 없어 위기에 빠진다. 타이치의 위기를 알고 디지털 월드로 가려는 타케루 일행. 그러자 함께 있던 다이스케의 손에 디지바이스가… 그리고 아무도 움직일 수 없던 용기의 디지멘탈을 다이스케가 건드린 순간, 새로운 모험의 막이 열린다!

다이스케와 마찬가지로 미요코와 이오리의 손에도 디지바이스가 나타났다. 그들이 새로운 '선택받은 아이들'이라고 확신한 타이치 일행은, 다이스케 일행과 다시 디지털 월드로 향한다. 하지만 기다리고 있던 카이저에 의해 다이스케와 브이몬이 붙잡히고 만다. 태세를 재정비하기 위해 그곳에서 벗어난 일행은, 미요코와 이오리의 디지바이스만이 반응하는 곳으로. 그곳에 있던 건 사랑과 지식의 디지멘탈. 그리고 호크몬과 아르마몬이 미요코와 이오리를 기다리고 있었다!

디지털 월드에 들어간 후 갑자기 디지바이스가 무언가에 반응하고 다이스케 일행은 그곳으로 향하지만 카이저가 조종하는 티라노몬 군단이 앞길을 가로막는다. 진화할 수 없어서 싸울 수 없는 파닥몬과 가트몬. 타케루와 히카리는 그곳을 화염드라몬 일행에게 맡기고 반응이 있던 곳으로 향한다. 그곳엔 희망과 빛의 디지멘탈이… 그것은 두 사람의 디지바이스를 새롭게 만들고, 파닥몬과 가트몬을 아머 진화시킨다!

파피몬의 SOS를 캐치해 디지털 월드로 들어간 야마토 일행. 신중한 야마토의 작전에 아이들은 동조하고, 자신만 겉도는 것 같아서 재미가 없는 다이스케. 그런 다이스케의 마음을 눈치챈 브이몬이 좋은 점을 보여주려고 하지만, 오히려 적에게 신체의 자유를 빼앗기고 만다. 그저 공격을 버티는 브이몬… 하지만 적의 공격이 빗나가 다크 타워를 직격한 순간, 왜인지 진화할 수 없던 파피몬이 가루몬으로 진화한다!

다크 타워를 부수면 진화할 수 있다… 그 사실을 알게 된 선택받은 아이들은 각지에 있는 타워를 파괴하고 카이저의 지배로부터 해방시키려고 한다. 한편 조에게 쉬라몬의 SOS가 도착한다. 카이저가 디지몬들에게 가혹한 노동을 강제로 시킨단 걸 듣고 급히 달려간 아이들은 타워에 접근하지만, 적의 공격으로 이오리가 바다에 빠지고 만다. 이오리를 조에게 맡기고 다시 타워로 향하는 아이들. 하지만 남아 있던 이오리와 조를 카이저가 공격해 온다!

미국에서 미미가 잠시 귀국한다. 때마침 디지털 월드로 소풍을 가려는 선택받은 아이들과 동행하는 미미. 하지만 부주의로 미미는 이상한 곳에 떨어지는데 그곳은 다크 타워가 우뚝 솟아 있는 카이저의 지배 지역이었다. 그곳에서 팔몬과 재회한 미미는 미야코와 호크몬을 이끌고 다크 파워의 파괴를 소리 높여 선언한다. 하지만 그 앞길을 형제애가 넘치는 바퀴몬 형제가 가로막는다!

가드로몬의 대군단에 둘러싸여 일단 물러난 선택받은 아이들. 하지만 현실 세계로 돌아오는 중 게이트가 파괴되고 히카리와 가트몬이 디지털 월드에 남겨지고 만다. 이에 책임을 느끼고 다른 루트로 히카리를 구출하러 가는 다이스케와 타케루. 두 사람은 간신히 무사히 히카리와 합류하지만 그곳에 완전체 안드로몬이 나타난다. 그 모습에 반가워하는 히카리. 하지만 안드로몬에겐 이빌링이 끼워져 있었는데…

소문의 천재 소년 이치조지 켄의 팀과 시합하게 된 다이스케. 경기는 후반부터 나온 켄에 의해 압도적인 점수 차로 패배. 하지만 다이스케는 켄의 포메이션을 멋지게 돌파한다. 그리고 그다음 날 아무것도 없는 곳에 새로운 다크 타워가 우뚝 세워진다. 급히 그곳으로 간 선택받은 아이들. 하지만 다이스케를 남기고 모두 카이저의 덫에 걸리고 만다. 게다가 카이저는 동료의 생명을 구하는 것을 조건으로 다이스케에게 굴욕을 안기려고 하는데…

디지몬 카이저의 정체가 천재 소년 이치조지 켄이란 사실에 충격받은 다이스케. 코시로는 현실 세계에서 그와 접촉하려고 켄의 집을 알아보고 찾아가지만 카이저로서 디지털 월드를 정복하기로 결심한 켄은 이미 현실 세계에 작별을 고한 후였다. 그 무렵 카이저는 정복을 위한 무력으로 타이치의 아그몬을 겨냥하고, 이빌링의 폭주로 아구몬은 난폭한 스컬그레이몬으로 진화하고 만다!

아구몬이 카이저의 지배를 받자 초조함을 숨기지 못하는 타이치. 한편 카이저는 아구몬에게 가혹한 실험을 강행하고, 그 결과 이빌링을 개량하기로 한다. 디지털 월드에 들어간 타이치 일행은 추추몬의 도움으로 기지에서 도망친 아구몬을 찾아낸다. 이에 아이들은 기뻐하지만 그곳에 나타난 카이저가 가진 이빌 스파이럴로 아구몬은 사악한 색으로 물든 메탈그레이몬으로 임흑 진화하는데…

타이치의 파트너를 공격할 수 없는 다이스케는 되찾기 위해 싸운다는 타케루와 싸운다. 그런 두 사람을 보고 과거 대립에서 우정을 키운 타이치와 야마토는 따뜻한 눈으로 지켜본다. 그리고 한창 카이저를 쫓던 중 우정의 디지멘탈을 발견한 선택받은 아이들. 아무도 들지 못하고 있던 그때 메탈그레이몬이 공격해 온다. 싸우던 도중 동료의 마음을 이해하지 못했단 걸 깨달은 다이스케에게 우정의 디지멘탈이 반응한다!

피요몬의 SOS를 받고 디지털 월드로 향한 소라와 다이스케 일행. 그곳은 서부극 무대 같은 황야. 소라 일행은 이 마을의 보안관 스타몬에게 피요몬의 행방을 물었지만 스타몬은 이빌링의 지배를 받고 있어 모두 붙잡히고 만다. 이 위기에 나타난 건 정의의 편을 자처하는 카우보이몬이었지만 여자아이만 돕는다며 소라와 미야코를 데리고 어딘가로 가 버린다. 남겨진 다이스케와 이오리에게서 이 얘기를 들은 스타몬이 이들을 쫓아가는데…

While searching for Gatomon's tail ring, Yolei, Kari, Ken, and their Digimon stumble into the Dark Ocean.

미야코 일행은 디지타몬의 레스토랑에 들어갔지만 그곳의 지불은 엔화가 아닌 달러였다. 곤란에 빠진 미야코 일행을 도와준 건 미국에 있는 게이트에서 디지털 월드로 들어왔다는 미미와 마이클. 그는 미국에서 싸우고 있는 선택받은 아이였다. 그때 갑자기 성격이 변한 디지타몬이 공격해 오고 끝까지 디지타몬을 믿는 미미의 마음에 공감하는 미야코. 그녀의 숨김 없는 고백에 반응해서 갑자기 순수의 디지멘탈이 나타나는데...

에도 시대가 떠오르는 성하마을에 들어간 선택받은 아이들. 하지만 이미 마을은 이빌링에 조종당하는 디지몬들로 넘쳐나고 있었다. 개굴몬의 안내로 성으로 도망친 다이스케 일행. 성엔 성주인 왕개굴몬 외에도 많은 디지몬들이 피난 와 있었다. 하지만 숨어든 닌자몬에 의해 왕개굴몬은 이빌 스파이럴이 채워진다. 게다가 닌자몬은 수리몬에게 수리검사의 이름을 건 1대1 결투를 신청하는데…

선택받은 아이들은 반응이 있던 해저 유전으로 향하지만 메가시드라몬의 공격으로 해저 유전에 갇히고 만다. 그곳에서 이오리를 1인용 탈출 캡슐에 태워 내보내는 아이들. 도움을 요청하러 현실 세계로 돌아온 이오리는 시험 중인 조를 만나기 위해 거짓말을 한다. 그 덕분에 구조 시간에 맞춘 조와 원뿔몬. 하지만 거짓말을 한 자신을 용서할 수 없던 이오리는 애써 발견한 성실의 디지몬을 가질 자격이 없다며 자신을 책망하는데…

8월 1일… 그것은 운명의 여름 캠프가 있던 날. 선택받은 아이들은 3년 전을 그리워하며 이날 모여 추억을 이야기하고 있었다. 그날 밤 오랜만에 함께 지내는 야마토와 타케루는 아빠가 일하는 방송국에서 유령 소동이 일어나고 있단 얘기를 듣는다. 3년 전을 그리워하던 아이들은 마지막 8월 3일에 그 오다이바에 있는 방송국으로 발길을 돌렸다. 하지만 방송국은 유령 소동이 패닉으로. 그리고 가트몬은 이 현상에 뭔가를 느끼는데…

카이저의 기지를 발견한 김에 본격적으로 디지털 월드에 갈 계획을 세우는 선택받은 아이들. 타이치 일행의 협력으로 캠프에 가는 것으로 하고 카이저를 쓰러뜨릴 때까지 계속 쫓는 작전이다. 하지만 발견했던 카이저의 기지는 어느새 사라져 있었다. 지나치게 긴장했던 미야코는 주위가 아연해질 만큼 헛도는 행동을 하고 그 결과 갑자기 나타난 스파이더몬의 맹독에 미야코를 감싸던 호크몬이 쓰러진다.

카이저의 기지가 하늘을 이동하는 요새인 걸 알아낸 선택받은 아이들. 타케루와 이오리가 기지로 잠입하는 데 성공하지만 카이저는 스스로 진행하던 마지막 계획에 필요한 암흑계 디지몬의 데이터를 입수한다. 그것을 보고 3년 전의 비극이 떠오른 타케루는 분노로 자신을 잃고 만다. 카이저의 목적, 그것은 강력한 디지몬들의 우수한 부분을 합성한 오리지널 디지몬이었다. 그리고 궁극의 괴물 키메라몬이 탄생하는데…

무의미한 파괴 활동을 계속하는 키메라몬. 카이저의 폭거를 멈추기 위해 결사의 각오로 이동 요새에 잠입하는 선택받은 아이들. 동력로만 파괴하면 이동 요새는 멈추지만 그 전에 키메라몬이 앞을 가로막는다. 그 강력한 공격에 차례로 쓰러져 유년기로 돌아가는 디지몬들을 보고 있던 카이저의 움직임이 멈춘다. 그것은 현실 세계에서 다이스케 일행이 데려고 있던 생물이었기 때문이다. 카이저는 디지몬을 그저 데이터라고 생각하고 있었는데…

이동 요새 동력실에서 황금으로 빛나는 기적의 디지멘탈을 손에 넣은 브이몬은 매그너몬으로 아머 진화한다. 그리고 추추몬의 목숨을 건 도움을 받아 매그너몬은 강적 키메라몬을 힘겹게 소멸시켰다. 이 결과를 보고 디지털 월드를 리셋해 처음부터 게임을 다시 하겠다는 카이저. 하지만 디지털 월드도 현실 세계란 걸 알고 지금까지 자신이 한 행동을 깊게 후회한다. 하지만 이미 때는 늦었고 추추몬은…

카이저가 물러나면서 디지털 월드에도 오랜만에 평온한 시간이 찾아온다. 그곳에서 황폐해진 디지털 월드를 원래대로 되돌리려고 복구 작업에 애쓰는 선택받은 아이들. 하지만 타케루와 히카리는 자신들이 아직 디지털 월드에 올 수 있는 걸로 봐서 앞으로 뭔가 좋지 않은 사건이 일어날 거라 생각하고 있었다. 한편 다이스케는 히카리에게 잘 보이기 위해 브이몬을 성숙기로 진화시키려고 이런저런 방법을 모색하고 있었는데…

디지털 월드에서 집으로 돌아온 켄. 마냥 기뻐하는 부모님이었지만 마음에 큰 상처를 받은 켄은 계속 잠을 자고 그 꿈속에서 과거를 돌아보고 있었다. 우수한 형 오사무가 자랑이었던 것, 디지바이스가 나타났을 때, 오사무가 죽은 것, 그리고 수수께끼의 메일을 따라 암흑의 힘에 사로잡혀 디지몬 카이저가 된 것. 긴 잠에서 깨어난 켄은 다시 디지몬 월드로 향한다. 잃어버린 자신의 마음을 찾기 위해…

디지털 월드의 마을도 조금씩 제 모습을 찾고 디지몬들도 마을로 돌아온다. 의욕 충만으로 복구 작업을 하기 위해 진화하려는 브이몬. 하지만 왜인지 진화할 수가 없다. 그 무렵 지하에서 작업을 하려고 하던 이오리를 번개콩알몬이 공격해 온다. 조종당하지 않는 디지몬과 싸울 수 없다며 고민하는 이오리. 그 위기에서 벗어나기 위해 아르마몬은 황금아르마몬으로 진화한다. 그리고 본 적 없는 수수께끼의 디지몬이 나타나는데!

다이스케는 켄을 동료로 삼으려고 하지만 모두 카이저였던 시절의 켄을 용서하지 못하고 있었다. 다이스케는 켄과 직접 이야기하러 찾아가지만 그는 사죄는 하지만 동료는 되지 않겠다고 한다. 한편 의문의 여자의 행동을 목격한 팔몬은 미미에게 그 사실을 알리려고 하지만 록몬의 공격으로 정신을 잃고 만다. 선택받은 아이들은 미미의 연락을 받고 급히 달려가지만 진심으로 댐을 파괴하려는 록몬을 막기 위해 어떻게 할지 의견이 갈린다.

코지로에게 디지털 월드의 이변을 알게 된 다이스케 일행. 카이저의 이동 요새 잔해에 암흑의 에너지가 모여, 이대로라면 수백km에 피해를 미치는 대폭발이 일어날 거란 것. 요새 동력로에 있던 친절의 문장이 없어진 게 원인이라고 생각한 다이스케는 켄에게 연락한다. 하지만 수수께끼의 여자가 켄의 발목을 잡고, 게다가 다이스케 일행에게 완전체 왕쿠가몬을 투입한다. 켄이 겨우 제때 도착하지만 자신이 저지른 죄의 무게로 자포자기한 행동을…?!

과거의 잘못으로 자신을 계속 책망하던 켄의 외로운 마음이 다이스케의 뜨거운 말에 녹아내린 순간, 기적이 일어났다. 엑스브이몬과 스팅몬이 합체해서 파일드라몬으로 조그레스 진화한다. 완전체에 뒤지지 않는 능력을 가진 파일드라몬의 힘으로 암흑의 힘의 폭주를 억제하고 폭발을 미연에 방지한 다이스케 일행. 이 새로운 힘, 조그레스 얘기를 들은 코시로는 아직 다이스케 일행에게 말하지 않은 지난 3년간 있었던 사건을 말하기 시작한다.

수수께끼의 여자의 행동을 미연에 방지하기 위해, 다크 타워의 파괴를 우선시하는 다이스케 일행. 한편 수수께끼의 여자는 선택받은 아이들을 모두 없애려고 건물과 가구가 거대한 저택 기가하우스로 오라며 도전장을 보내 온다. 함정인 걸 알면서도 기가 하우스로 향하는 다이스케 일행. 그들을 기다리고 있던 건 곤충형 대군단이었다. 평범한 디지몬을 상대로 다이스케 일행은 쓰러뜨리지도 못하고 고전. 하지만 기묘한 피리 소리가 울려퍼지는 곳에 도착했을 때, 그곳엔 수수께끼의 여자가 기다리고 있었다!

기묘한 피리 소리로 곤충형 디지몬을 자유자재로 조종하는 수수께끼의 여자. 스팅몬과 디그몬까지 피리 소리에 조종당하고, 적이 돼서 다이스케 일행을 공격한다. 하지만 다이스케 일행은 협력해서 컴퓨터로 피리 소리를 해석, 그 소리를 없앨 수 있는 소리를 만들어 위험에서 벗어난다. 이걸로 상황은 단숨에 역전됐다고 생각했지만, 수수께끼의 여자는 결국 본모습인 완전체 디지몬 아라크네몬으로 모습을 바꾼다. 그리고 그곳에 또 하나의 수수께끼의 디지몬이 나타난다.

거듭되는 실패에 화가 난 아라크네몬은 결국 비장의 카드를 쓰기로 한다. 한편 동료가 됐지만 서로 어울리지 못하는 켄과 이오리. 다이스케 일행은 여러 가지로 고심하지만 그곳에 아라크네몬이 모습을 나타낸다. 그리고 다이스케 일행의 눈앞에서 100개의 다크 타워를 융합, 최강이자 최악의 궁극체 디지몬 블랙워그레이몬을 탄생시킨다. 그 압도적인 전투력 앞에서 파일드라몬마저 일방적인 패배를 당하고 만다.

다이스케 일행은 블랙워그레이몬을 쫓지만, 어긋난 세계의 틈으로 인해 미야코와 히카리, 그리고 켄이 다른 공간에 빠지고 만다. 어둠의 유혹을 끊지 끊지 못하는 것이 두려운 히카리와 호전되지 않는 상황에 충격을 받은 미야코. 두 사람은 그런 서로의 마음을 터뜨리며 이해와 우정을 키워 간다. 그리고 그곳에 아라크네몬이 보낸 자객이 나타났을 때, 아큐라몬과 가트몬이 실피드몬으로 조그레스 진화한다.

목적도 없이 헤매는 블랙워그레이몬. 그것은 다크 타워로부터 태어난 자신에게 마음이 있단 것에 당황했기 때문이었다. 아구몬은 그런 블랙워그레이몬 앞에 나타나, 말을 걸려고 한다. 한편, 디지털 월드의 혼란을 바라는 아라크네몬은 미이라몬의 제안으로 홀리 스톤의 파괴를 시도한다. 다이스케 일행은 그걸 막으려고 하지만, 결국 일부가 파괴되고, 그로 인해 블랙워그레이몬에게 영향이…?!

홀리 스톤을 파괴하는 것이 자신이 태어난 의미라고 생각한 블랙워그레이몬. 다이스케 일행의 분투에도 불구하고, 제2의 홀리 포인트도 파괴된다. 수학여행으로 교토에 와 있던 미야코 앞에, 블랙워그레이몬과 디지몬들이 모습을 나타낸다. 그것은 홀리 스톤이 파괴된 영향으로, 공간에 뒤틀림이 생겼기 때문이었다. 우연히 알게 된 소라의 아버지와 조의 형의 협력으로, 미야코는 디지몬들을 디지털 월드로 돌려보내려고 한다.

또다시 홀리 포인트를 파괴한 블랙워그레이몬에게, 타케루는 그 커져 가는 어둠의 힘에 격렬한 증오의 표정을 짓는다. 그런 타케루를 이해하지 못하고 당황하는 이오리. 그리고 다이스케 일행은 제4의 홀리 포인트를 지키기 위해 만반의 준비를 하고 기다렸지만 압도적인 블랙워그레이몬의 힘 앞에 굴복하고 만다. 하지만 타케루의 분노에 호응하듯이 엔젤몬은 홀리 스톤의 힘을 빌려 홀리엔젤몬으로 초진화한다.

블랙워그레이몬의 진격은 멈추지 않고, 제5의 홀리 포인트도 파괴된다. 다이스케가 켄을 집에 초대해 진지하게 작전 회의를 하는 한편, 타케루가 가진 어둠에 대한 증오의 이유를 알고 싶은 이오리는 형인 야마토에게 그 이야기를 들으러 간다. 타케루의 슬픈 과거를 듣고, 왜 어둠의 힘을 증오하는지, 그 이유를 알게 되지만, 어떤 이유가 있어도, 마음을 가진 디지몬과 싸울 수 없다… 그렇게 생각한 이오리는 블랙워그레이몬의 앞에 서서 설득을 시도한다.

마지막 홀리 스톤을 찾는 블랙워그레이몬. 한편 다이스케 일행도 홀리 포인트가 있는 장소를 찾으러 디지털 월드의 차이나타운까지 찾아온다. 배를 채우러 들어간 가게에서 우연히 아라크네몬 일당을 만난 다이스케 일행. 하지만 에너지 부족으로 패배하고 만다. 그대로 뒤를 쫓는 것보다 배를 채우는 게 먼저라며, 성실하고 여유가 없는 자신을 바꿔 보려는 이오리. 그 행동에 타케루는 지금이라면 이오리와 조그레스 진화를 할 수 있겠다고 생각하지만…

드디어 황금아르마몬과 엔젤몬도 토우몬으로 조그레스 진화했지만, 조그레스체 3체가 동시에 맞서도 블랙워그레이몬을 막을 수 없었다. 하지만 그때, 다이스케 일행의 디지바이스에서 빛이 뿜어져 나오고, 디지털 월드를 수호하는 궁극체 청룡몬이 나타난다. 청룡몬에게 설득당해 어딘가로 사라진 블랙워그레이몬. 그리고 청룡몬은 다이스케 일행에게 이 싸움에 숨겨진 진실을 말하기 시작한다.

다크 타워도 거의 쓰러뜨리고, 디지털 월드는 평온을 되찾았다. 타이치 일행에게 줄 크리스마스 선물로 아구몬 일행을 현실 세계로 데려온 다이스케 일행. 그리고 이브 밤, 타이치 일행은 야마토의 콘서트, 다이스케 일행은 켄의 집에서 파티를 열며 오랜만에 평화를 즐긴다. 그런데 오다이바에 다크 타워와 디지몬들이 갑자기 나타나고 다이스케 일행은 사태를 수습하려 급히 현장으로 달려가지만, 그것은 앞으로 일어날 대사건의 서막에 불과했다.

하룻밤 사이 전 세계에 나타난 다크 타워. 타마치에도 나타났다고 들은 다이스케는, 켄을 구하러 홀로 타마치로 향한다. 다른 선택받은 아이들은 코시로의 집에 모여, 앞으로의 일을 의논한다. 그때 디지털 월드에서 겐나이가 나타나고, 디지바이스에 청룡몬이 맡긴 빛을 쏘인다. 빛을 받아 원래의 힘을 되찾은 디지몬들. 고전하던 파일드라몬도 빛을 받아 궁극체 황제드라몬으로 진화한다!

현실 세계에 나타난 다크 타워를 모두 파괴하기 위해, 전 세계의 선택받은 아이들과 협력하는 다이스케 일행. 다이스케는 황제드라몬으로 모두를 세계 각지에 보낸 후, 마이클의 비행기를 타고 뉴욕에 있는 미미와 합류한다. 뉴욕에서 겐나이의 동료인 벤자민에게 청룡몬의 빛을 받아 힘을 되찾은 팔몬. 그 무렵 홍콩에서는 도착한 코시로와 히카리가 언어의 장벽으로 소통하지 못해 곤란해하고 있었다.

현실 세계에 나타난 디지몬들을 디지털 월드로 되돌려 보내기 위해, 전 세계로 흩어져 현지의 선택받은 아이들과 협력하는 다이스케 일행. 남반구의 호주에 착륙한 조와 이오리는, 일본과는 반대로 여름 해변을 즐기는 사람들을 곁눈질하며 수생 디지몬들과 싸운다. 한편 파리로 온 타이치와 타케루는, 개선문 앞에서 타케루의 할아버지 미셸과 합류. 하지만 디지몬들을 찾는 도중, 베르사유 궁전이 이상한 걸 눈치채고 안으로 들어가 보는데…

멕시코에서는 몰아넣은 디지몬들의 뒤를 쫓아, 야마토와 켄이 마야 유적에 도착한다. 협력하러 온 현지의 아이 치초스가 켄에게 관심을 보이자 추추몬은 이를 못마땅해한다. 러시아에선 소라와 미야코가 현지의 아이와 합류하지만 서로 말이 통하지 않아 곤란해하지만 미야코의 제안으로 러시아 요리 이름을 사용해 작전을 수행한다. 그와 동시에 일본에서는 선택받은 아이들이 사라진 틈을 타 아라크네몬이 다음 작전을 준비하고 있는데…

도쿄에서 차례로 사라지는 아이들. 그것은 아라크네몬의 새로운 작전의 시작이었다. 게다가 도심 곳곳에 어둠의 세력의 디지몬들이 나타나고 그중 하나인 스컬사탄몬에게 고전을 면치 못하는 황제드라몬. 더구나 아무몬 일행은 현실 세계에 오랜 시간 오래 머무른 탓에 많이 지쳐 있었다. 아구몬 일행은 디지털 월드로 돌아가기 전에 남은 에너지를 황제드라몬에게 보내고 황제드라몬을 파이터 모드로 진화시킨다.

아라크네몬은 납치한 아이들을 방패 삼아 켄을 납치한다. 그들을 추격하던 다이스케 일행은 마찬가지로 켄을 노리는 마왕몬의 부하와 대결하게 된다. 한편 사건의 배후인 오이카와에게 끌려간 켄은 2년 전 모험 때 몸에 심어진 '암흑의 씨앗'의 데이터를 빼앗긴다. 거리에선 암흑 디지몬의 비열한 공격으로 무관한 사람들이 휘말리지만 마코토와 이오리는 살아 있는 디지몬을 공격할 수 없다며 공격을 망설인다.

켄의 몸속에 있는 '암흑의 씨앗'을 두고 싸우는 오이카와와 마왕몬. 그 틈에 다이스케는 켄을 구출하는 데 성공한다. 미야코 일행도 그곳에 달려와 아이들 모두 마왕몬에게 맞선다. 하지만 암흑의 힘을 가진 마왕몬의 힘엔 미치지 못한다. 게이트를 자유롭게 열 수 있는 마왕몬을 디지털 월드로 보내도 무의미. 자력으로 돌아올 수 없는 곳, 그곳은 암흑의 바다뿐. 한때 그곳에 갔던 적이 있는 켄은 결사의 각오로 암흑의 게이트를 연다.

아이들이 풀려나고 유괴 사건은 해결된 듯 보였지만 아이들에게 심어진 암흑의 씨앗을 없애지 않으면 진정한 해결이 아니다. 하지만 그 방법을 아는 오이카와의 행방을 파악하지 못했다. 그때 타이치는 디저털 월드에 있는 아구몬에게 불려 간다. 돌아온 블랙워그레이몬에게 대항하기 위해 청룡몬에게 다시 궁극체가 될 힘을 받은 것이다. 그 무렵 블랙워그레이몬은 오이카와 앞에 나타나 있었는데…

우연히 디지몬을 할아버지에게 들킨 이오리. 하지만 할아버지는 화를 내기는커녕 순직한 이오리의 아버지가 친구와 함께 소년 시절부터 디지털 월드의 존재를 믿었단 걸 알려준다. 한편 한 아이에게 심어진 '암흑의 씨앗'이 꽃을 피우려고 하고 있었다. 그 꽃을 손에 넣으려고 모습을 나탄낸 오이카와는 이오리가 자신의 친구 히로키의 아들이란 걸 알게 된다. 과거 오이카와와 히로키는 함께 디지털 월드에 가기로 했던 절친이었다.

오이카와에 의해 히카리가오카에 모인 아이들. '암흑의 씨앗'을 사용해 그곳에서 디지털 게이트를 열려는 것이다. 게이트는 자신을 희생한 블랙워그레이몬에 의해 봉인됐지만, 게이트가 열린다. 그 뒤를 쫓는 다이스케 일행. 하지만 오이카와가 도착한 곳은 디지털 월드와는 다른 별개의 세계였다. 그리고 오이카와의 몸에서 이번 사건을 뒤에서 조종하던 존재 베리얼묘티스몬이 나타난다!

모두가 압도적인 힘을 가진 베리얼묘티스몬을 두려워하는 가운데, 홀로 열정적으로 투지를 불태우는 다이스케. 그 마음에 반응하듯 엑스브이몬의 공격은 조금씩 위력이 올라간다. 베리얼묘티스몬에 의해 환상의 세계로 보내져 위기에 처하지만 각자 그 환상을 깨고 원래 세계로 돌아온다. 그리고 강한 마음이 현실이 되는 이 세계에서 베리얼묘티스몬을 쓰러뜨리려는 아이들의 마음이 기적을 일으킨다!

거의 끝까지 몰아붙였지만, 디지털 월드로 들어갈 힘을 되찾은 베리얼묘티스몬. 그리고 디지털 월드에 남은 어둠의 힘을 사용해서 현실 세계와 디지털 월드를 통합하려고 한다. 하지만 이 위기의 순간, 전 세계의 선택받은 아이들의 디지바이스가 빛을 발하고, 그 파트너 디지몬과 함께 어둠을 빛으로 비춘다. 하지만 '암흑의 씨앗'이 심어진 아이들의 어둠은 사라지지 않는다. 그런 그들에게 다이스케는 꿈에 대해 이야기하는데…