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行方不明だったゴーシュと巡り会うことが出来たラグ。しかし、彼は「略奪者（マローダー）・ノワール」と名乗りラグのテガミを奪い去ってゆく。傷つき倒れていたラグは、ジギー・ペッパーに助けられ、「郵便館（ハチノス）」に運び込まれたのだが、ラグの「相棒（ディンゴ）」のニッチはこの事態に深く傷ついていた…。

ラグの相棒（ディンゴ）を失格したと思い込んだニッチは、珍獣のステーキとともに家出をしてしまった。お腹を空かせ、あてもなく町をさまよい歩いていたニッチは、パンと武器の店であるシナーズに忍び込む。そしてニッチが、いよいよステーキを焼きあげようとしたその時、店主のゴベーニ夫妻に見つかってしまい…。

屋敷の女主人、レイ・アトリーからラグは差出人不明の絵テガミの送り主を探してほしいと頼まれた。故郷を思い出すその絵テガミは、病と闘う今の自分にとって生きる支えになっているらしい。「心弾」に頼らず送り主を探そうとがんばるラグは、絵テガミに使われている絵の具が彼女の故郷と関係があることをつきとめるが…。

祖父だと名乗る老人と荒野に建つ幻灯台で働く少年ルーグは「ここを離れろ」というどこからともなく聞こえる謎の声に悩まされていた。同じ頃、その場所を配達途中のジギー・ペッパーが通りかかり、幻灯台の上に巣食う鎧虫コロナに気づく。「鉄の馬」を駆り、幻灯台を駆け上るジギー・ペッパーの心弾「群青」が炸裂する…！

南部で反政府組織リバースにテガミを奪われる事件が相次いでいた。その監査人として首都アカツキから元テガミバチのカリブス・ガラードたちがやってくる。その中、モック・サリヴァンも襲撃を受け、テガミを谷底に落としてしまう。ガラードはリバースがテガミバチの行動を知りすぎていることから内通者の存在を疑うが…。

シルベット宛にファンレターが届いた。それはM・クローチェという少女からのもので、もうすぐ故郷から離れ、炭鉱で働くことになる兄のために自分そっくりの人形を作ってほしいというものだった。そのテガミを読んだ「人形作家」シルベットは人形作りに取りかかると徹夜で完成させた人形を少女の家へ届けに出かけるが…。

ヨダカ北の辺境で、ノワールらしき人物が目撃された。ハチノス館長のラルゴ・ロイドから、ノワールの目的を探るよう指示されたラグは、ニッチやステーキと現地に向かう。そこで、鎧虫とよく似た巨大生物の抜け殻を発見。ノワールが残したと思われる心弾銃の薬莢も見つける。ラグはその薬莢に自分自身の心弾を撃ち込む…！

ブルー・ノーツ・ブルースの町を訪れたラグ。ノワールらしき人物を目撃したという洞窟へ行こうとするラグに町長のハリ・トーノフは、摩訶の住処のある神聖で危険な場所である洞窟はたとえ誰であろうと立ち入ることはできないと言う。それでもノワールの目的を知りたいラグはニッチの言葉に励まされ、洞窟へと向かい…。

ニッチと双子の姉は、呪われた子として人々に疎まれ、彼らの手で葬り去られることになった。妹と引き離された姉は、たった一人で暮らしてきた。だが、やっとめぐり会った妹のニッチはそのときのことを覚えておらず、ラグを守ろうとする。そんな妹の姿にショックを受けた姉は、妹もろとも人々を抹殺しようとして…。

ザジと合流し、コナーのいるラメントの町へ立ち寄ることにしたラグ。そこで、倒れているコナーを発見して驚く二人。ところが、コナーはサニーという修道女が焼いたクッキーを食べ過ぎただけだった。そんな中、ラグはサニーが暮らす修道院でノワールのディンゴ、ロダが、テガミの束を受け取るのを見てしまい…。

修道院の厨房でクッキーを焼くサニーのもとに院長が現れた。そして、猛毒の含まれた葉をクッキーに混ぜ、コナーに食べさせるよう指示する。一方、ラグと戦うロダを目撃したコナーは一目ぼれの相手であるロダがリバースの一員だと知りショックを受ける。いくつもの混乱と錯綜の中、巨大鎧虫「カベルネ」が襲来した…！

ラグとノワールの戦いが続く中、ヴァシュカに伝令を任せ加勢に戻ったザジ。そこへ小型鎧虫「ラオラオ」が空から大群で押し寄せてきた。ラグとザジは必死で鎧虫を倒そうとするが、数が多い上にディンゴの助けを期待できない二人は苦戦する。だが、そこに頼もしい味方が現れ、ついにラグの「手紙（テガミ）弾」が放たれる…。

政府の要請でカベルネ追跡と討伐にテガミバチたちがかりだされることになった。人員不足もあり、ハチノス副館長のアリア・リンクも通常業務の配達に出かけることになる。その配達先はホーダイ・フランクリン。「瞬きの日」に飛行船に乗っていて、事故にあった人物だった。ニッチがディンゴとして、アリアに同行するが…。

テガミを渡そうとするアリアは、突然殴りかかってきたホーダイのせいでケガを負ってしまった。それでもひるむことなく説得を続けるアリアは、瞬きの日に自分の大切な人もこころの一部を失ったと話す。その言葉を聞いたホーダイは、彼女たちを家に招き入れると、飛行船で起こった忌まわしい事故の記憶を語り始めて…。

ラグが撃ち込んだ「手紙弾」の効果が現れたのか、ノワールが「ゴーシュ・スエード」の記憶を取り戻した。そしてラグは、シルベットのためにもゴーシュを家に帰してほしいと館長のラルゴとサンダーランドJr.に頼み込む。ゴーシュの帰宅を許可したが、ラルゴとサンダーランドJr.にはぬぐいきれない懸念があった…。

ノワールを追ってきたロダは、ラグやシルベットと楽しそうに過ごすノワールの姿を目にし、複雑な思いを抱いていた。そんなとき、ガラの悪い男たちに絡まれたロダはサラとハントに助けられる。日雇いディンゴの斡旋所で働いているサラは、ロダが以前、誰かのディンゴをしていたと聞き、自分の職場に彼女を連れてゆき…。

姿を消したノワールを見つけ出し、アカツキへ連行すると主張するガラードとバレンタインは、シルベットを尋問し、彼の居場所をつきとめようとする。一方、ロダと合流したノワールは、リバースの拠点の一つだった廃墟へきていた。そこに現れたラグにノワールは、今の自分はリバースの一員であると言い、銃口を向けて…。

カベルネの追跡をしていたザジはジールと名乗るマローダーに襲撃された。心弾の青棘で対抗するザジだが、アンバーグラウンド政府に強い憎しみを持つジールには悪意のこもった青棘ではダメージを与えられず、逆に追い詰められてしまう。一方、ザジからの伝令を受けたラグの前にリバースの首謀者・ロレンスが現れて…。

ザジがジールへとむしゃらに撃ち込んだ心弾、青棘に引き寄せられてカベルネが目覚めた。そして討伐のためにカベルネを追ったザジとラグは、ジールの「こころ」の断片を見てしまう。そのジールが目指すものを知り、思わず彼を助けるザジ。だが、それぞれに譲れないものを持つ二人が互いに相容れることはなく…。

カベルネの追跡を協力してもらおうと、コナーを訪ねることにしたラグ。カベルネに「こころ」を喰われたサニーの世話をするコナーと再会したラグは、サニーとも再会する。だが、サニーには記憶や「こころ」が残っていなかった。そんなとき、「こころ」も表情も失ったはずのサニーの顔に微笑みが浮かぶ出来事が起きて…。

地中にいるカベルネをおびき出して倒す作戦が始まり、ラグやザジ、復帰したコナーが作戦に参加することになった。一方、リバースの計画は最終段階に入っていた。ロレンスは、カベルネの力をより強大にするため、精霊になれなかった者たちの増幅された「こころ」を利用しようと彼らをある場所へと連れ出そうとしていた…。

ロレンスの計画を阻止し、精霊になれなかった者たちを守るため、シナーズを訪れたノワール。心弾銃を用意してもらったノワールは、店を出たところでシルベットに出会ってしまう。兄の変化に気づきつつも何事もなかったかのようにふるまい、気遣うシルベット。ノワールはそんなシルベットの想いに後ろ髪を引かれるが…。

「祈りの丘」が崩れ、地下の空洞に落ちてしまったラグとノワール。「自分はもうゴーシュ・スエードではない」と言うノワールにラグは、ゴーシュの「こころ」を取り戻そうと心弾銃を向ける。だが、一瞬早くノワールの心弾がラグを撃ち抜く。そして、ラグが触れた「こころ」の欠片の一つが思いがけない光景を映し出す…。

自らの計画を見届けるため、ユウサリセントラルに現れたロレンスを待ち受けていたのは、最悪の事態に備えていたアリアやモックらハチノスの仲間だった。さらに、カベルネを阻止するために摩訶やニッチの姉までもが集結する。何としてもアカツキを壊滅させたいと考えるロレンスは、最後の手段に打って出て…。

最強の鎧虫、カベルネが襲来し混乱に陥ったユウサリセントラルでの戦いは熾烈を極めた。仲間たちが傷ついてゆく中、ノワールの「こころ」を受け継いだラグが立ち上がる。たくさんの人々と出会い、そしてたくさんの思い出のできたユウサリセントラルをリバースの野望から守るため、ラグは渾身の心弾を撃ち出す…！